7mbl

Crystal structure of Equine Serum Albumin in complex with Cobalt (II)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.1 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serum albumin

物种未注明

UniProt P35747

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–607 未记录 CO COBALT (II) ION × 5 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:COUNTER-DIFFUSION;pH 7.4;291 K;Protein: 1 uL of 34 mg/mL ESA dissolved in 10 mM Tris (pH 7.4) and 150 mM NaCl. Precipitant: 1 uL of 0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.4. 15-Well hanging drop crystallization plate (Qiagen, EasyXtal). 3.3 uL of 50 mM cobalt (II) chloride dissolved in the reservoir solution were added directly to the 2 uL crystallization drop containing crystals to reach a final cobalt concentration of 31 mM and then incubated for a few hours before harvesting. Paratone was used as a cryoprotectant 分辨率 2.70 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ALBU_HORSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–583; UniProt 25–607

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7mbl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7mbl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7mbl
沉积日期 deposition_date2021-03-31
结构标题 titleCrystal structure of Equine Serum Albumin in complex with Cobalt (II)
关键词 keywords;serum albumin, complex with Cobalt, TRANSPORT PROTEIN, Structural Genomics, Center for Structural Genomics of Infectious Diseases, CSGID ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.37
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.41
零角强度 I(0) i074017900.00
分子量 molecular_weight66027.0 kDa
排除体积 excluded_volume82078 ų
包络体积 envelope_volume101790 ų
水化壳体积 shell_volume32360 ų
包络直径 envelope_diameter93.1
壳层 Rg shell_rg33.55
包络 Rg envelope_rg26.49
形状 Rg shape_rg26.41
总 Rg total_rg27.14
总原子数 total_atoms4607
残基数 n_residues581
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.1
Rg (实空间) rg_real27.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real7.4020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal74020000.0000
解质量估计 total_estimate0.9011
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.4
偏度 Skewness skewness0.221
峰度 Kurtosis kurtosis-0.437
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11640000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.985

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd7mbla1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.126 — Serum albumin-like
超家族 Superfamily superfamilya.126.1 — Serum albumin-like
家族 Family familya.126.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7mbla2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.126 — Serum albumin-like
超家族 Superfamily superfamilya.126.1 — Serum albumin-like
家族 Family familya.126.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7mbla3
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.126 — Serum albumin-like
超家族 Superfamily superfamilya.126.1 — Serum albumin-like
家族 Family familya.126.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id7mblA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id7mblA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id7mblA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id7mblA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id7mblA05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id7mblA06
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)