SAXSdb — 7mgm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

dynein AAA3-WalkerB mutant (E2488Q)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Nuclear distribution protein PAC1 × 2 （P39946） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A7I9C1Z7_YEASX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–2875； UniProt 1219–4092

Nuclear distribution protein PAC1

物种未注明

UniProt P39946

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	dynein AAA3-WalkerB mutant (E2488Q) × 1 （A0A7I9C1Z7） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIS1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–495； UniProt 1–494 作者链 C； PDB构建体 2–495； UniProt 1–494

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7mgm
沉积日期 deposition_date	2021-04-12
结构标题 title	Structure of yeast cytoplasmic dynein with AAA3 Walker B mutation bound to Lis1
关键词 keywords	motor, AAA, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7mgm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7mgm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7mgm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.16 Å
Rg（电子密度）	53.16 Å
总 Rg	53.25 Å
原子数	24079
残基数	2964
排除体积	431210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7mgm__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	dynein AAA3-WalkerB mutant (E2488Q)
分子量 formula_weight	331524.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	24079

GDQLTHVVEEVKTYDLVWRSIKNLWEDVQRTFETPWCRVDVLLLQSDLANFLRRADELPRAVKQFEMYKSLFSQVNMLTSVNKILVELKDGALKPRHWNMIFRDIGKRQIQKNLLDKLEFSLKDVMVLNLTLNEILLTKIIERAQKEFVIEKSLNRIKKFWKEAQYEVIEHSSGLKLVREWDVLEQACKEDLEELVSMKASNYYKIFEQDCLDLESKLTKLSEIQVNWVEVQFYWLDLYGILGENLDIQNFLPLETSKFKSLTSEYKMITTRAFQLDTTIEVIHIPNFDTTLKLTIDSLKMIKSSLSTFLERQRRQFPRFYFLGNDDLLKIIGSGKHHDQVSKFMKKMFGSIESIIFFEDSITGVRSVEGEVLNLNEKIELKDSIQAQEWLNILDTEIKLSVFTQFRDCLGQLKDGTDIEVVVSKYIFQAILLSAQVMWTELVEKCLQTNEFSKYWKEVDMKIKGLLDKLNKSSDNVKKKIEALLVEYLHFNNVIGQLKNCSTKEEARLLWAKVQKFYQKNDTLDDLNSVFISQSGYLLQYKFEYIGIPERLIYTPLLLVGFATLTDSLHQKYGGCFFGPAGTGKTETVKAFGQNLGRVVVVFNCDDSFDYQVLSRLLVGITQIGAWGCFDEFNRLDEKVLSAVSANIQQIQNGLQVGKSHITLLEEETPLSPHTAVFITLNPGYNGRSELPENLKKSFREFSMKSPQSGTIAEMILQIMGFEDSKSLASKIVHFLELLSSKCSSMNHYHFGLRTLKGVLRNCSPLVSEFGEGEKTVVESLKRVILPSLGDTDELVFKDELSKIFDSAGTPLNSKAIVQCLKDAGQRSGFSMSEEFLKKCMQFYYMQKTQQALILVGKAGCGKTATWKTVIDAMAIFDGHANVVYVIDTKVLTKESLYGSMLKATLEWRDGLFTSILRRVNDDITGTFKNSRIWVVFDSDLDPEYVEAMNSVLDDNKILTLPNGERLPIPPNFRILFETDNLDHTTPATITRCGLLWFSTDVCSISSKIDHLLNKSYEALDNKLSMFELDKLKDLISDSFDMASLTNIFTCSNDLVHILGVRTFNKLETAVQLAVHLISSYRQWFQNLDDKSLKDVITLLIKRSLLYALAGDSTGESQRAFIQTINTYFGHDSQELSDYSTIVIANDKLSFSSFCSEIPSVSLEAHEVMRPDIVIPTIDTIKHEKIFYDLLNSKRGIILCGPPGSGKTMIMNNALRNSSLYDVVGINFSKDTTTEHILSALHRHTNYVTTSKGLTLLPKSDIKNLVLFCDQINLPKLDKYGSQNVVLFLRQLMEKQGFWKTPENKWVTIERIHIVGACNPPTDPGRIPMSERFTRHAAILYLGYPSGKSLSQIYEIYYKAIFKLVPEFRSYTEPFARASVHLYNECKARYSTGLQSHYLFSPRELTRLVRGVYTAINTGPRQTLRSLIRLWAYEAWRIFADRLVGVKEKNSFEQLLYETVDKYLPNQDLGNISSTSLLFSGLLSLDFKEVNKTDLVNFIEERFKTFCDEELEVPMVIHESMVDHILRIDRALKQVQGHMMLIGASRTGKTILTRFVAWLNGLKIVQPKIHRHSNLSDFDMILKKAISDCSLKESRTCLIIDESNILETAFLERMNTLLANADIPDLFQGEEYDKLLNNLRNKTRSLGLLLDTEQELYDWFVGEIAKNLHVVFTICDPTNNKSSAMISSPALFNRCIINWMGDWDTKTMSQVANNMVDVVPMEFTDFIVPEVNKELVFTEPIQTIRDAVVNILIHFDRNFYQKMKVGVNPRSPGYFIDGLRALVKLVTAKYQDLQENQRFVNVGLEKLNESVLKVNELNKTLSKKSTELTEKEKEARSTLDKMLMEQNESERKQEATEEIKKILKVQEEDIRKRKEVVMKSIQDIEPTILEAQRGVKNIKKQQLTEIRSMVNPPSGVKIVMEAVCAILGYQFSNWRDIQQFIRKDDFIHNIVHYDTTLHMKPQIRKYMEEEFLSDPNFTYETINRASKACGPLYQWVNAQINFSKVLENVDPLRQEMKRIEFESLKTKANLLAAEEMTQDLEASIEVSKQKYSLLIRDVEAIKTEMSNVQANLDRSISLVKSLTFEKERWLNTTKQFSKTSQELIGNCIISSIYETYFGHLNERERGDMLVILKRLLGKFAVKYDVNYRFIDYLVTLDEKMKWLECGLDKNDYFLENMSIVMNSQDAVPFLLDPSSHMITVISNYYGNKTVLLSFLEEGFVKRLENAVRFGSVVIIQDGEFFDPIISRLISREFNHAGNRVTVEIGDHEVDVSGDFKLFIHSCDPSGDIPIFLRSRVRLVHFVTNKESIETRIFDITLTEENAEMQRKREDLIKLNTEYRLKLKNLEKRLLEELNNSQGNMLENDELMVTLNNLKKEAMNIEKKLSESEEFFPQFDNLVEEYSIIGKHSVKIFSMLEKFGQFHWFYGISIGQFLSCFKRVFIKKSRETRAARTRVDEILWLLYQEVYCQFSTALDKKFKMIMAMTMFCLYKFDIESEQYKEAVLTMIGVLSESSDGVPKLTVDTNDDLRYLWDYVTTKSYISALNWFKNEFFVDEWNIADVVANSENNYFTMASERDVDGTFKLIELAKASKESLKIIPLGSIENLNYAQEEISKSKIEGGWILLQNIQMSLSWVKTYLHKHVEETKAAEEHEKFKMFMTCHLTGDKLPAPLLQRTDRVVYEDIPGILDTVKDLWGSQFFTGKISGVWSVYCTFLLSWFHALITARTRLVPHGFSKKYYFNDCDFQFASVYLENVLATNSTNNIPWAQVRDHIATIVYGGKIDEEKDLEVVAKLCAHVFCGSDNLQIVPGVRIPQPLLQQSEEEERARLTAILSNTIEPADSLSSWLQLPRESILDYERLQAKEVASSTEQLLQEM

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear distribution protein PAC1
分子量 formula_weight	57030.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,B

GMTNWQQQLPLTDTQKNELDKSVLRYLNWNYKQTVRHEHAQDYESVRHAIVTLSGFLLQESVDRQEFISNNDTSNESMVDIDELLLPKKWNSIVRLQKKIIELEQNTETLVSQIKDLNTQVSELAQFKPTTSNGTSAHNVLKWIPRNLPSCLINVESSVTSVKLHPNLPIVFVATDHGKLYAFDLFNYTIPLASLQSHTKAITSMDVLFTNYTNSSKKNYLVIVTASKDLQIHVFKWVSEECKFQQIRSLLGHEHIVSAVKIWQKNNDVHIASCSRDQTVKIWDFHNGWSLKTFQPHSQWVRSIDVLGDYIISGSHDTTLRLTHWPSGNGLSVGTGHEFPIEKVKFIHFIEDSPEIRFRTPSTDRYKNWGMQYCVSASRDRTIKIWEIPLPTLMAHRAPIPNPTDSNFRCVLTLKGHLSWVRDISIRGQYLFSCADDKSVRCWDLNTGQCLHVWEKLHTGFVNCLDLDVDFDSNVTPRQMMVTGGLDCKSNVFMR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	83975

Structure of yeast cytoplasmic dynein with AAA3 Walker B mutation bound to Lis1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

dynein AAA3-WalkerB mutant (E2488Q)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear distribution protein PAC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7mgm__assembly_1__model_1

7mgm__assembly_1__model_1 | I(q)

7mgm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of yeast cytoplasmic dynein with AAA3 Walker B mutation bound to Lis1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

dynein AAA3-WalkerB mutant (E2488Q)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nuclear distribution protein PAC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7mgm__assembly_1__model_1

7mgm__assembly_1__model_1 | I(q)

7mgm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)