7ml8

The crystal structure of I38T mutant PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with SJ001023038

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	GLUTAMIC ACID × 8 5-hydroxy-N-[2-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)ethyl]-6-oxo-2-phenyl-1,6-dihydropyrimidine-4-carboxamide × 8 Hexa Vinylpyrrolidone K15 × 8 MANGANESE (II) ION × 16 SULFATE ION × 16 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3W5S0_I09A0
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–70； UniProt 1–50 作者链 A； PDB构建体 74–197； UniProt 73–196

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ml8
沉积日期 deposition_date	2021-04-27
结构标题 title	The crystal structure of I38T mutant PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with SJ001023038
关键词 keywords	NUCLEASE, INFLUENZA, INHIBITOR RESISTANCE, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-Inhibitor complex; VIRAL PROTEIN/Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ml8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ml8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ml8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.91 Å
Rg（电子密度）	34.67 Å
总 Rg	35.20 Å
原子数	12064
残基数	1432
排除体积	213430 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ml8__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase acidic protein
分子量 formula_weight	23136.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
突变 mutation	I38T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1529

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMEDFVRQCFNPMIVELAEKAMKEYGEDPKIETNKFAATCTHLEVCFMYSDGGSKHRFEIIEGRDRIMAWTVVNSICNTTGVEKPKFLPDLYDYKENRFIEIGVTRREVHIYYLEKANKIKSEKTHIHIFSFTGEEMATKADYTLDEESRARIKTRLFTIRQEMASRSLWDSFRQSER

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	641501
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLUTAMIC ACID
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5-hydroxy-N-[2-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)ethyl]-6-oxo-2-phenyl-1,6-dihydropyrimidine-4-carboxamide
分子量 formula_weight	381.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	Hexa Vinylpyrrolidone K15
分子量 formula_weight	668.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

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晶胞边长 a length_a	89.644 Å
晶胞边长 b length_b	89.644 Å
晶胞边长 c length_c	133.729 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	74.460 Å
R 因子 r_factor	0.2335
R_work r_work	0.2313
R_free r_free	0.2762

The crystal structure of I38T mutant PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with SJ001023038

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ml8__assembly_1__model_1

7ml8__assembly_1__model_1 | I(q)

7ml8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (2)

The crystal structure of I38T mutant PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with SJ001023038

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ml8__assembly_1__model_1

7ml8__assembly_1__model_1 | I(q)

7ml8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (2)