7n0i

Structure of the SARS-CoV-2 N protein C-terminal domain bound to single-domain antibody E2

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoprotein

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Single-domain antibody E2 × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Single-domain antibody E2 × 1 ACETATE ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Single-domain antibody E2 × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Single-domain antibody E2 × 1 ACETATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCAP_SARS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–96； UniProt 269–364 作者链 B； PDB构建体 1–96； UniProt 269–364 作者链 C； PDB构建体 1–96； UniProt 269–364 作者链 D； PDB构建体 1–96； UniProt 269–364 作者链 E； PDB构建体 1–96； UniProt 269–364 作者链 F； PDB构建体 1–96； UniProt 269–364 作者链 G； PDB构建体 1–96； UniProt 269–364 作者链 H； PDB构建体 1–96； UniProt 269–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7n0i
沉积日期 deposition_date	2021-05-25
结构标题 title	Structure of the SARS-CoV-2 N protein C-terminal domain bound to single-domain antibody E2
关键词 keywords	SARS-CoV-2, nanobody, nucleocapsid, VIRUS, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7n0i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7n0i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7n0i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.74 Å
Rg（电子密度）	21.99 Å
总 Rg	22.78 Å
原子数	2578
残基数	328
排除体积	45194 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7n0i__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7n0i__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7n0i__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7n0i__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoprotein
分子量 formula_weight	10820.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,H,G
原子数 atom_count	11100

NVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQELIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYTGAIKLDDKDPNFKDQVILLNKHIDAYKTFP

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV, SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Single-domain antibody E2
分子量 formula_weight	15435.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

MAEVQLQASGGGLVQAGGSLRLSCAASGRTDSTQHMAWFRQAPGKEREFVTAIQWRGGGTSYTDSVKGRFTISRDNAKNTVYLEMNSLKPEDTAVYYCATNTRWTYFSPTVPDRYDYWGQGTQVTVSSAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	862

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d7n0ia_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.254 — Nucleocapsid protein dimerization domain
超家族 Superfamily superfamily	d.254.1 — Nucleocapsid protein dimerization domain
家族 Family family	d.254.1.2 — Coronavirus nucleocapsid protein

结构域编号 domain_id	d7n0ib_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.254 — Nucleocapsid protein dimerization domain
超家族 Superfamily superfamily	d.254.1 — Nucleocapsid protein dimerization domain
家族 Family family	d.254.1.2 — Coronavirus nucleocapsid protein

结构域编号 domain_id	d7n0ic_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.254 — Nucleocapsid protein dimerization domain
超家族 Superfamily superfamily	d.254.1 — Nucleocapsid protein dimerization domain
家族 Family family	d.254.1.2 — Coronavirus nucleocapsid protein

结构域编号 domain_id	d7n0id_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.254 — Nucleocapsid protein dimerization domain
超家族 Superfamily superfamily	d.254.1 — Nucleocapsid protein dimerization domain
家族 Family family	d.254.1.2 — Coronavirus nucleocapsid protein

结构域编号 domain_id	d7n0ie_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.254 — Nucleocapsid protein dimerization domain
超家族 Superfamily superfamily	d.254.1 — Nucleocapsid protein dimerization domain
家族 Family family	d.254.1.2 — Coronavirus nucleocapsid protein

结构域编号 domain_id	d7n0if_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.254 — Nucleocapsid protein dimerization domain
超家族 Superfamily superfamily	d.254.1 — Nucleocapsid protein dimerization domain
家族 Family family	d.254.1.2 — Coronavirus nucleocapsid protein

结构域编号 domain_id	d7n0ig_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.254 — Nucleocapsid protein dimerization domain
超家族 Superfamily superfamily	d.254.1 — Nucleocapsid protein dimerization domain
家族 Family family	d.254.1.2 — Coronavirus nucleocapsid protein

结构域编号 domain_id	d7n0ih_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.254 — Nucleocapsid protein dimerization domain
超家族 Superfamily superfamily	d.254.1 — Nucleocapsid protein dimerization domain
家族 Family family	d.254.1.2 — Coronavirus nucleocapsid protein

结构域编号 domain_id	d7n0ii1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d7n0ii2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d7n0ij1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d7n0ij2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d7n0ik1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d7n0ik2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d7n0il1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d7n0il2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7n0iI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7n0iJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7n0iK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7n0iL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	75.846 Å
晶胞边长 b length_b	131.557 Å
晶胞边长 c length_c	140.048 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	49.690 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2394
R_free r_free	0.2714

Structure of the SARS-CoV-2 N protein C-terminal domain bound to single-domain antibody E2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7n0i__assembly_1__model_1

7n0i__assembly_1__model_1 | I(q)

7n0i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

Structure of the SARS-CoV-2 N protein C-terminal domain bound to single-domain antibody E2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7n0i__assembly_1__model_1

7n0i__assembly_1__model_1 | I(q)

7n0i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)