7n9z

E. coli cytochrome bo3 in MSP nanodisc

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 （A0A024L5V9） Cytochrome o ubiquinol oxidase × 1 （D6I7E4） Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV × 1 （I2RK84） Ubiquinone-8 × 1 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 HEME O × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CARDIOLIPIN × 1 COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H4KCU1_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–663； UniProt 1–663

Ubiquinol oxidase subunit 2

物种未注明

UniProt A0A024L5V9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I × 1 （H4KCU1） Cytochrome o ubiquinol oxidase × 1 （D6I7E4） Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV × 1 （I2RK84） Ubiquinone-8 × 1 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 HEME O × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CARDIOLIPIN × 1 COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A024L5V9_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315

Cytochrome o ubiquinol oxidase

物种未注明

UniProt D6I7E4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I × 1 （H4KCU1） Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 （A0A024L5V9） Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV × 1 （I2RK84） Ubiquinone-8 × 1 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 HEME O × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CARDIOLIPIN × 1 COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D6I7E4_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–204； UniProt 1–204

Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV

物种未注明

UniProt I2RK84

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I × 1 （H4KCU1） Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 （A0A024L5V9） Cytochrome o ubiquinol oxidase × 1 （D6I7E4） Ubiquinone-8 × 1 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 HEME O × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CARDIOLIPIN × 1 COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	I2RK84_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7n9z
沉积日期 deposition_date	2021-06-19
结构标题 title	E. coli cytochrome bo3 in MSP nanodisc
关键词 keywords	Ubiquinone, Heme-copper Oxidoreductase, Electron transport, Bioenergetics, Proton pump, Membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7n9z__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7n9z__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7n9z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.43 Å
Rg（电子密度）	30.91 Å
总 Rg	31.72 Å
原子数	20611
残基数	1202
排除体积	188710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7n9z__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I
分子量 formula_weight	74424.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	20938

MFGKLSLDAVPFHEPIVMVTIAGIILGGLALVGLITYFGKWTYLWKEWLTSVDHKRLGIMYIIVAIVMLLRGFADAIMMRSQQALASAGEAGFLPPHHYDQIFTAHGVIMIFFVAMPFVIGLMNLVVPLQIGARDVAFPFLNNLSFWFTVVGVILVNVSLGVGEFAQTGWLAYPPLSGIEYSPGVGVDYWIWSLQLSGIGTTLTGINFFVTILKMRAPGMTMFKMPVFTWASLCANVLIIASFPILTVTVALLTLDRYLGTHFFTNDMGGNMMMYINLIWAWGHPEVYILILPVFGVFSEIAATFSRKRLFGYTSLVWATVCITVLSFIVWLHHFFTMGAGANVNAFFGITTMIIAIPTGVKIFNWLFTMYQGRIVFHSAMLWTIGFIVTFSVGGMTGVLLAVPGADFVLHNSLFLIAHFHNVIIGGVVFGCFAGMTYWWPKAFGFKLNETWGKRAFWFWIIGFFVAFMPLYALGFMGMTRRLSQQIDPQFHTMLMIAASGAVLIALGILCLVIQMYVSIRDRDQNRDLTGDPWGGRTLEWATSSPPPFYNFAVVPHVHERDAFWEMKEKGEAYKKPDHYEEIHMPKNSGAGIVIAAFSTIFGFAMIWHIWWLAIVGFAGMIITWIVKSFDEDVDYYVPVAEIEKLENQHFDEITKAGLKNGN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquinol oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	34947.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MRLRKYNKSLGWLSLFAGTVLLSGCNSALLDPKGQIGLEQRSLILTAFGLMLIVVIPAILMAVGFAWKYRASNKDAKYSPNWSHSNKVEAVVWTVPILIIIFLAVLTWKTTHALEPSKPLAHDEKPITIEVVSMDWKWFFIYPEQGIATVNEIAFPANTPVYFKVTSNSVMNSFFIPRLGSQIYAMAGMQTRLHLIANEPGTYDGISASYSGPGFSGMKFKAIATPDRAAFDQWVAKAKQSPNTMSDMAAFEKLAAPSEYNQVEYFSNVKPDLFADVINKFMAHGKSMDMTQPEGEHSAHEGMEGMDMSHAESAH

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome o ubiquinol oxidase
分子量 formula_weight	22642.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MATDTLTHATAHAHEHGHHDAGGTKIFGFWIYLMSDCILFSILFATYAVLVNGTAGGPTGKDIFELPFVLVETFLLLFSSITYGMAAIAMYKNNKSQVISWLALTWLFGAGFIGMEIYEFHHLIVNGMGPDRSGFLSAFFALVGTHGLHVTSGLIWMAVLMVQIARRGLTSTNRTRIMCLSLFWHFLDVVWICVFTVVYLMGAM

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV
分子量 formula_weight	12037.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MSHSTDHSGASHGSVKTYMTGFILSIILTVIPFWMVMTGAASPAVILGTILAMAVVQVLVHLVCFLHMNTKSDEGWNMTAFVFTVLIIAILVVGSIWIMWNLNYNMMMH

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	Ubiquinone-8
分子量 formula_weight	727.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	HEME O
分子量 formula_weight	838.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	250

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.190 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	94681

E. coli cytochrome bo3 in MSP nanodisc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquinol oxidase subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome o ubiquinol oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7n9z__assembly_1__model_1

7n9z__assembly_1__model_1 | I(q)

7n9z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 water

7. 引用文献 (1)