7n9z

E. coli cytochrome bo3 in MSP nanodisc

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 100.6 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–663	未记录	Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 （A0A024L5V9） Cytochrome o ubiquinol oxidase × 1 （D6I7E4） Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV × 1 （I2RK84） UQ8 Ubiquinone-8 × 1 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7N9Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WTI The Cryo-EM structure of the ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2020-05-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–663（663 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 U9V pentadecyl(tetradecyl)peroxyanhydride × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.38 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4KCU1_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–663； UniProt 1–663

Ubiquinol oxidase subunit 2

物种未注明

UniProt A0A024L5V9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–315	未记录	Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I × 1 （H4KCU1） Cytochrome o ubiquinol oxidase × 1 （D6I7E4） Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV × 1 （I2RK84） UQ8 Ubiquinone-8 × 1 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7N9Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WTI The Cryo-EM structure of the ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2020-05-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–315（315 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 U9V pentadecyl(tetradecyl)peroxyanhydride × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.38 Å
7XMC Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, apo structure with DMSO 提交 2022-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–315（315 aa）	未记录	HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
7XMD Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, the structure complexed with an allosteric inhibitor N4 提交 2022-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–315（315 aa）	未记录	HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JYR methyl 3-oxidanyl-5-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]-1-benzothiophene-2-carboxylate × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A024L5V9_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315

Cytochrome o ubiquinol oxidase

物种未注明

UniProt D6I7E4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–204	未记录	Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I × 1 （H4KCU1） Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 （A0A024L5V9） Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV × 1 （I2RK84） UQ8 Ubiquinone-8 × 1 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7N9Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WTI The Cryo-EM structure of the ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2020-05-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–204（204 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 U9V pentadecyl(tetradecyl)peroxyanhydride × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.38 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D6I7E4_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–204； UniProt 1–204

Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV

物种未注明

UniProt I2RK84

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–109	未记录	Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I × 1 （H4KCU1） Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 （A0A024L5V9） Cytochrome o ubiquinol oxidase × 1 （D6I7E4） UQ8 Ubiquinone-8 × 1 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7N9Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WTI The Cryo-EM structure of the ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2020-05-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–109（109 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 U9V pentadecyl(tetradecyl)peroxyanhydride × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.38 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I2RK84_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7n9z
沉积日期 deposition_date	2021-06-19
结构标题 title	E. coli cytochrome bo3 in MSP nanodisc
关键词 keywords	Ubiquinone, Heme-copper Oxidoreductase, Electron transport, Bioenergetics, Proton pump, Membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.91 Å
零角强度 I(0) i0	243401000.00
分子量 molecular_weight	144590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	188710 Å³
包络体积 envelope_volume	208920 Å³
水化壳体积 shell_volume	53230 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.23 Å
包络 Rg envelope_rg	31.19 Å
形状 Rg shape_rg	30.91 Å
总 Rg total_rg	31.72 Å
总原子数 total_atoms	20611
残基数 n_residues	1202
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.6 Å
Rg (实空间) rg_real	32.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	243400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9015
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.185
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.465
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.930

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I
分子量 formula_weight	74424.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	20938

MFGKLSLDAVPFHEPIVMVTIAGIILGGLALVGLITYFGKWTYLWKEWLTSVDHKRLGIMYIIVAIVMLLRGFADAIMMRSQQALASAGEAGFLPPHHYDQIFTAHGVIMIFFVAMPFVIGLMNLVVPLQIGARDVAFPFLNNLSFWFTVVGVILVNVSLGVGEFAQTGWLAYPPLSGIEYSPGVGVDYWIWSLQLSGIGTTLTGINFFVTILKMRAPGMTMFKMPVFTWASLCANVLIIASFPILTVTVALLTLDRYLGTHFFTNDMGGNMMMYINLIWAWGHPEVYILILPVFGVFSEIAATFSRKRLFGYTSLVWATVCITVLSFIVWLHHFFTMGAGANVNAFFGITTMIIAIPTGVKIFNWLFTMYQGRIVFHSAMLWTIGFIVTFSVGGMTGVLLAVPGADFVLHNSLFLIAHFHNVIIGGVVFGCFAGMTYWWPKAFGFKLNETWGKRAFWFWIIGFFVAFMPLYALGFMGMTRRLSQQIDPQFHTMLMIAASGAVLIALGILCLVIQMYVSIRDRDQNRDLTGDPWGGRTLEWATSSPPPFYNFAVVPHVHERDAFWEMKEKGEAYKKPDHYEEIHMPKNSGAGIVIAAFSTIFGFAMIWHIWWLAIVGFAGMIITWIVKSFDEDVDYYVPVAEIEKLENQHFDEITKAGLKNGN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquinol oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	34947.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MRLRKYNKSLGWLSLFAGTVLLSGCNSALLDPKGQIGLEQRSLILTAFGLMLIVVIPAILMAVGFAWKYRASNKDAKYSPNWSHSNKVEAVVWTVPILIIIFLAVLTWKTTHALEPSKPLAHDEKPITIEVVSMDWKWFFIYPEQGIATVNEIAFPANTPVYFKVTSNSVMNSFFIPRLGSQIYAMAGMQTRLHLIANEPGTYDGISASYSGPGFSGMKFKAIATPDRAAFDQWVAKAKQSPNTMSDMAAFEKLAAPSEYNQVEYFSNVKPDLFADVINKFMAHGKSMDMTQPEGEHSAHEGMEGMDMSHAESAH

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome o ubiquinol oxidase
分子量 formula_weight	22642.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MATDTLTHATAHAHEHGHHDAGGTKIFGFWIYLMSDCILFSILFATYAVLVNGTAGGPTGKDIFELPFVLVETFLLLFSSITYGMAAIAMYKNNKSQVISWLALTWLFGAGFIGMEIYEFHHLIVNGMGPDRSGFLSAFFALVGTHGLHVTSGLIWMAVLMVQIARRGLTSTNRTRIMCLSLFWHFLDVVWICVFTVVYLMGAM

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV
分子量 formula_weight	12037.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MSHSTDHSGASHGSVKTYMTGFILSIILTVIPFWMVMTGAASPAVILGTILAMAVVQVLVHLVCFLHMNTKSDEGWNMTAFVFTVLIIAILVVGSIWIMWNLNYNMMMH

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	Ubiquinone-8
分子量 formula_weight	727.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	HEME O
分子量 formula_weight	838.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	250

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.190 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	94681

fit	/app/data/saxs_computation/n9/7n9z/7n9z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n9/7n9z/7n9z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n9/7n9z/7n9z.dat

E. coli cytochrome bo3 in MSP nanodisc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquinol oxidase subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome o ubiquinol oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)