SAXSdb — 7ndy

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–89 链 B； UniProt 2–89	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Emerin × 1 （P50402） EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Hepes Sodium salt 0.1 M pH 7.5 PEG 600 25% W/V	分辨率 1.44 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7NDY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CI4 THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR (BAF) 提交 1999-04-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；DIALYSIS OF PROTEIN AT 8.3 MG/ML IN 20MM TRIS HCL AT PH7.0, 10%(W/V) GLYCEROL, 150MM NACL, 10MM DTT, AND 0.1MM EDTA AGAINST 20MM IMIDAZOLE AT PH 6.5, 80MM NACL, AND 10MM DTT. DIALYSIS DONE AT ROOM TEMPERATURE.(ALL CONCENTRATIONS ARE IN MILLI-MOLAR)	分辨率 1.90 Å R-free 0.262
1QCK SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR BAF, NMR, REGULARIZED MEAN STRUCTURE PLUS 20 INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES 提交 1999-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；313 K	分辨率未提供
2BZF Structural basis for DNA bridging by barrier-to-autointegration factor (BAF) 提交 2005-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.40	分辨率 2.87 Å R-free 0.268
2EZX SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR BAF, NMR, REGULARIZED MEAN STRUCTURE 提交 1998-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；313 K	分辨率未提供
2EZY SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR BAF, NMR, ENSEMBLE OF 20 SIMULATED ANNEALING STRUCTURES 提交 1998-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；313 K	分辨率未提供
2EZZ SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN BARRIER-TO-AUTOINTEGRATION FACTOR BAF NMR, ENSEMBLE OF 20 SIMULATED ANNEALING STRUCTURES 提交 1998-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；313 K	分辨率未提供
2ODG Complex of barrier-to-autointegration factor and LEM-domain of emerin 提交 2006-12-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–89（89 aa）片段：RESIDUES 1-89 链 B 1–89（89 aa）片段：RESIDUES 1-89	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM POTASSIUM PHOSPHATE 200 mM NACL	分辨率未提供
6GHD Structural analysis of the ternary complex between lamin A/C, BAF and emerin identifies an interface disrupted in autosomal recessive progeroid diseases 提交 2018-05-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–89（88 aa）链 E 2–89（88 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；25% PEG3.350, 20mM Tris-BispH5.5, 30mM NaCl, 0.2M NH4SO4	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
6GHD Structural analysis of the ternary complex between lamin A/C, BAF and emerin identifies an interface disrupted in autosomal recessive progeroid diseases 提交 2018-05-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–89（88 aa）链 C 2–89（88 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；25% PEG3.350, 20mM Tris-BispH5.5, 30mM NaCl, 0.2M NH4SO4	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
6UNT Barrier-to-autointegration factor soaked in DMSO: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.75 Å R-free 0.223
6URE Barrier-to-autointegration factor Aqueous: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.65 Å R-free 0.202
6URJ Barrier-to-autointegration factor soaked in Acetone: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.65 Å R-free 0.192
6URK Barrier-to-autointegration factor soaked in Glycerol: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.86 Å R-free 0.226
6URL Barrier-to-autointegration factor soaked in isopropanol: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.72 Å R-free 0.201
6URN Barrier-to-autointegration factor t-butanol: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.68 Å R-free 0.204
6URR Barrier-to-autointegration factor soaked in Dioxane: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.80 Å R-free 0.230
6URZ Barrier-to-autointegration factor soaked in methanol: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2 MOH METHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.65 Å R-free 0.201
6US0 Barrier-to-autointegration factor soaked in R,S,R-bisfuranol (RSR): 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.65 Å R-free 0.201
6US1 Barrier-to-autointegration factor soaked in isobutanol: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.65 Å R-free 0.199
6US7 Barrier-to-autointegration factor soaked in TMAO: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.65 Å R-free 0.198
6USB Barrier-to-autointegration factor soaked in urea: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.68 Å R-free 0.210
6USD Barrier-to-autointegration factor soaked in ethanol: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.65 Å R-free 0.202
6USI Barrier-to-autointegration factor soaked in 1,6-hexanediol: 1 of 14 in MSCS set 提交 2019-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–89（89 aa）链 B 1–89（89 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277.15 K；80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450	分辨率 1.65 Å R-free 0.208
7ABM X-ray structure of phosphorylated Barrier-to-autointegration factor (BAF) 提交 2020-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–88（86 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CS CESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；pBAF was crystallized by the hanging drop method against 0.2 M sodium fluoride, 20% w/v PEG 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
7Z21 BAF A12T bound to the lamin A/C Ig-fold domain 提交 2022-02-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–89（88 aa）链 C 2–89（88 aa）	突变：A12T 突变：A12T	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；3 M ammonium sulfate 0.1 M bicine pH 9	分辨率 1.63 Å R-free 0.300
7Z21 BAF A12T bound to the lamin A/C Ig-fold domain 提交 2022-02-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–89（88 aa）链 D 2–89（88 aa）	突变：A12T 突变：A12T	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；3 M ammonium sulfate 0.1 M bicine pH 9	分辨率 1.63 Å R-free 0.300
9J8M Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-nucleosome complex (High mobility complex) 提交 2024-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 K 1–89（89 aa）链 L 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
9J8N Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-nucleosome complex (Low mobility complex) 提交 2024-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：32-meric	链 K 1–89（89 aa）链 L 1–89（89 aa）链 N 1–89（89 aa）链 O 1–89（89 aa）链 k 1–89（89 aa）链 l 1–89（89 aa）链 n 1–89（89 aa）链 o 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.14 Å
9J8O Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-H1-nucleosome complex 提交 2024-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric	链 K 1–89（89 aa）链 L 1–89（89 aa）链 k 1–89（89 aa）链 l 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å

共 27 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BAF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–89； UniProt 2–89 作者链 B； PDB构建体 2–89； UniProt 2–89

Emerin

Homo sapiens

UniProt P50402

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 2–187	未记录	Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed × 2 （O75531） EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Hepes Sodium salt 0.1 M pH 7.5 PEG 600 25% W/V	分辨率 1.44 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7NDY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JEI LEM DOMAIN OF HUMAN INNER NUCLEAR MEMBRANE PROTEIN EMERIN 提交 2001-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–54（53 aa）片段：LEM DOMAIN (RESIDUES 2-54)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM NMR样品组成 LEM domain of emerin 1mM \| NaH2PO4/Na2HPO4 20mM, pH 6.3, 90% H2O/10% D2O or 100% D2O	分辨率未提供
2ODC LEM-domain of the nuclear envelope protein emerin 提交 2006-12-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 2–47（46 aa）片段：residues 2-47	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM POTASSIUM PHOSPHATE	分辨率未提供
2ODG Complex of barrier-to-autointegration factor and LEM-domain of emerin 提交 2006-12-22	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–47（46 aa）片段：RESIDUES 2-47	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM POTASSIUM PHOSPHATE 200 mM NACL	分辨率未提供
6GHD Structural analysis of the ternary complex between lamin A/C, BAF and emerin identifies an interface disrupted in autosomal recessive progeroid diseases 提交 2018-05-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 2–45（44 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；25% PEG3.350, 20mM Tris-BispH5.5, 30mM NaCl, 0.2M NH4SO4	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
6GHD Structural analysis of the ternary complex between lamin A/C, BAF and emerin identifies an interface disrupted in autosomal recessive progeroid diseases 提交 2018-05-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 2–45（44 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；25% PEG3.350, 20mM Tris-BispH5.5, 30mM NaCl, 0.2M NH4SO4	分辨率 2.10 Å R-free 0.247

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EMD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 2–187； UniProt 2–187

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ndy
沉积日期 deposition_date	2021-02-02
结构标题 title	Di-phosphorylated Barrier-to-Autointegration Factor (BAF) in complex with LEM domain of Emerin
关键词 keywords	Phosphorylation Complex High Resolution, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.46 Å
零角强度 I(0) i0	11535000.00
分子量 molecular_weight	25058.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31278 Å³
包络体积 envelope_volume	35402 Å³
水化壳体积 shell_volume	17065 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.0 Å
壳层 Rg shell_rg	23.56 Å
包络 Rg envelope_rg	17.82 Å
形状 Rg shape_rg	17.39 Å
总 Rg total_rg	18.61 Å
总原子数 total_atoms	1764
残基数 n_residues	214
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.6 Å
Rg (实空间) rg_real	18.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7452
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.173
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.504
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2285000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.295; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.971

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed
分子量 formula_weight	10031.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2008

GTTSQKHRDFVAEPMGEKPVGSLAGIGEVLGKKLEERGFDKAYVVLGQFLVLKKDEDLFREWLKDTAGANAKQSRDAFGALREWADAFL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Emerin
分子量 formula_weight	21372.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

GDNYADLSDTELTTLLRRYNIPHGPVVGSTRRLYEKKIFEYETQRRRLSPPSSSAASSYSFSDLNSTRGDADMYDLPKKEDALLYQSKGYNDDYYEESYFTTRTYGEPESAGPSRAVRQSVTSFPDADAFHHQVHDDDLLSSSEEECKDRERPMYGRDSAYQSITHYRPVSASRSSLDLSYYPTSSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	208

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d7ndya_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.5 — Barrier-to-autointegration factor, BAF
家族 Family family	a.60.5.1 — Barrier-to-autointegration factor, BAF

结构域编号 domain_id	d7ndyb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.5 — Barrier-to-autointegration factor, BAF
家族 Family family	a.60.5.1 — Barrier-to-autointegration factor, BAF

结构域编号 domain_id	d7ndyg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.140 — LEM/SAP HeH motif
超家族 Superfamily superfamily	a.140.1 — LEM domain
家族 Family family	a.140.1.1 — LEM domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	33.050 Å
晶胞边长 b length_b	40.628 Å
晶胞边长 c length_c	43.224 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	69.51 °
晶胞夹角 β angle_beta	69.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	85.03 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.440 Å
最低分辨率 resolution_low	38.030 Å
R 因子 r_factor	0.1829
R_work r_work	0.1808
R_free r_free	0.2250

fit	/app/data/saxs_computation/nd/7ndy/7ndy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nd/7ndy/7ndy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nd/7ndy/7ndy.dat

Di-phosphorylated Barrier-to-Autointegration Factor (BAF) in complex with LEM domain of Emerin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Barrier-to-autointegration factor, N-terminally processed

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Emerin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)