SAXSdb — 7nms

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Internalin B

Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 36–392	突变：T332E	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；Reservoir solution: 0.1 M succinate, pH 7.0, 0.2 M Li2SO4, 22.5 % PEG mixture consisting of equal amounts of eight low molecular weight PEGs (PEG 300, PEG 400, PEG 500MME, PEG 550MME, PEG 600, PEG 750MME, PEG 1,000, PEG 1,000MME); Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)	分辨率 1.80 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7NMS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7PV8 InlB392_T332E: T332E variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2021-10-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–392（357 aa）	突变：T332E	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition G2): 0.1 M (imidazole / MES), pH 6.5; 20 % v/v ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8,000; 0.02 M sodium formate; 0.02 M ammonium acetate; 0.02 M sodium citrate tribasic dehydrate; 0.02 M sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.02 M sodium oxamate; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)	分辨率 2.05 Å R-free 0.229
7PV9 Listeria monocytogene InlB (internalin B) residues 36-392 (internalin domain and B-repeat) 提交 2021-10-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–392（357 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition E6): 0.1 M (HEPES sodium salt / MOPS acid), pH 7.5, 20 % v/v ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8,000, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene-glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)	分辨率 3.30 Å R-free 0.272
7PV9 Listeria monocytogene InlB (internalin B) residues 36-392 (internalin domain and B-repeat) 提交 2021-10-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–392（357 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition E6): 0.1 M (HEPES sodium salt / MOPS acid), pH 7.5, 20 % v/v ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8,000, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene-glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)	分辨率 3.30 Å R-free 0.272
7PV9 Listeria monocytogene InlB (internalin B) residues 36-392 (internalin domain and B-repeat) 提交 2021-10-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 36–392（357 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition E6): 0.1 M (HEPES sodium salt / MOPS acid), pH 7.5, 20 % v/v ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8,000, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene-glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)	分辨率 3.30 Å R-free 0.272
8QP7 Crystal structure of Hepatitis C Virus E2 glycoprotein epitopeI 411-424 scaffold design 4CIL_04 提交 2023-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 84–321（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% (w/v) PEG 1500, 100 mM MMT buffer pH 9.0	分辨率 2.05 Å R-free 0.262
9QR4 InlB392_T336Y: T336Y variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2025-04-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–392（357 aa）	突变：T336Y	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Reservoir solution: MORPHEUS Screen, Condition F3: 0.1 M mixture of imidazole and MES (acid) pH 6.5, 10% PEG4000, 20% glycerol, 0.02 M of each monosaccaharide: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine. Protein buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Protein concentration: 10 mg/ml. Drop size: 1 ul protein + 1 ul reservoir.	分辨率 1.60 Å R-free 0.196
9QR4 InlB392_T336Y: T336Y variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2025-04-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–392（357 aa）	突变：T336Y	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Reservoir solution: MORPHEUS Screen, Condition F3: 0.1 M mixture of imidazole and MES (acid) pH 6.5, 10% PEG4000, 20% glycerol, 0.02 M of each monosaccaharide: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine. Protein buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Protein concentration: 10 mg/ml. Drop size: 1 ul protein + 1 ul reservoir.	分辨率 1.60 Å R-free 0.196
9QR4 InlB392_T336Y: T336Y variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2025-04-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 36–392（357 aa）	突变：T336Y	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Reservoir solution: MORPHEUS Screen, Condition F3: 0.1 M mixture of imidazole and MES (acid) pH 6.5, 10% PEG4000, 20% glycerol, 0.02 M of each monosaccaharide: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine. Protein buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Protein concentration: 10 mg/ml. Drop size: 1 ul protein + 1 ul reservoir.	分辨率 1.60 Å R-free 0.196
9QR5 InlB392_V333E: V333E variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2025-04-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–392（357 aa）	突变：V333E	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；Reservoir solution: PEG Smear Screen Medium Molecular Weight, Condition E1: 0.1 M HEPES pH 7.5, 22.5% PEG medium molecular weight (MMW) mixture consisting of PEG1500, PEG2000, PEG2000MME, PEG3000, PEG3350, PEG4000, PEG5000MME. Protein Buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Drop size: 200 nl protein + 100 nl reservoir.	分辨率 1.45 Å R-free 0.179

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INLB_LISMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–362； UniProt 36–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7nms
沉积日期 deposition_date	2021-02-23
结构标题 title	InlB392_T332E: T332E variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392
关键词 keywords	LEUCINE RICH REPEAT, PROTEIN BINDING, PATHOGENICITY, VIRULENCE FACTOR, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.86 Å
零角强度 I(0) i0	25800000.00
分子量 molecular_weight	40566.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51218 Å³
包络体积 envelope_volume	68364 Å³
水化壳体积 shell_volume	20471 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.97 Å
包络 Rg envelope_rg	31.01 Å
形状 Rg shape_rg	30.90 Å
总 Rg total_rg	31.06 Å
总原子数 total_atoms	5743
残基数 n_residues	357
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.9 Å
Rg (实空间) rg_real	31.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5439
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.447
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.615
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3579000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.738; Stabil: 0.997; Sysdev: 0.040; Positv: 1.000; Valcen: 0.428; Smooth: 0.314

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Internalin B
分子量 formula_weight	40449.8 kDa
突变 mutation	T332E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6134

GPLGSETITVPTPIKQIFSDDAFAETIKDNLKKKSVTDAVTQNELNSIDQIIANNSDIKSVQGIQYLPNVTKLFLNGNKLTDIKPLANLKNLGWLFLDENKVKDLSSLKDLKKLKSLSLEHNGISDINGLVHLPQLESLYLGNNKITDITVLSRLTKLDTLSLEDNQISDIVPLAGLTKLQNLYLSKNHISDLRALAGLKNLDVLELFSQECLNKPINHQSNLVVPNTVKNTDGSLVTPEIISDDGDYEKPNVKWHLPEFTNEVSFIFYQPVTIGKAKARFHGRVTQPLKEVYTVSYDVDGEVIKTKVEAGTRITAPKPPTKQGYVFKGWYTEKNGGHEWNFNTDYMSGNDFTLYAVFKAET

来源 Source

来源生物 organism	Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	169963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	329

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	7nmsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	7nmsA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 —

结构域编号 domain_id	7nmsA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4270 — Listeria-Bacteroides repeat domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.410 Å
晶胞边长 b length_b	88.730 Å
晶胞边长 c length_c	102.020 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	26.770 Å
R 因子 r_factor	0.1736
R_work r_work	0.1713
R_free r_free	0.2175

fit	/app/data/saxs_computation/nm/7nms/7nms.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nm/7nms/7nms.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nm/7nms/7nms.dat

InlB392_T332E: T332E variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Internalin B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction