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7nux

Crystal structure of the TIR domain of human TLR1 (crystallised without ZN2+ ions)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toll-like receptor 1

Homo sapiens

UniProt Q15399

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 625–785 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；170 mM Ammonium acetate, 85 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 25.5% w/v Polyethylene glycol 4,000, 15% v/v glycerol (#9 from HR2-122 Hampton) Growth at +4 for 3-4 months. 分辨率 2.47 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7NUX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FYV CRYSTAL STRUCTURE OF THE TIR DOMAIN OF HUMAN TLR1 提交 2000-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 625–785（161 aa） 片段：TIR DOMAIN
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；100 mM Tris, 1.2M NaH2PO4/K2HPO4 5 mM DTT, 20% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
分辨率 2.90 Å R-free 0.296
2Z7X Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide 提交 2007-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 25–476（452 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 PLM PALMITIC ACID × 1 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2M sodium citrate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.10 Å R-free 0.270
6NIH Crystal structure of human TLR1 提交 2018-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–475（475 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic pH7.0, 0.1 M imidazole pH7.5 and 18% PEG1900 MME
分辨率 2.30 Å R-free 0.274
6NIH Crystal structure of human TLR1 提交 2018-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–475（475 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M ammonium citrate tribasic pH7.0, 0.1 M imidazole pH7.5 and 18% PEG1900 MME
分辨率 2.30 Å R-free 0.274
7NT7 Solution structure of toll like receptor 1 (TLR1) TIR domain 提交 2021-03-09 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 625–786（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 AMBIENT
NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TLR1-TIR, 20 mM PIPES, 25 mM sodium chloride, 3 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
7NUW Crystal structure of the TIR domain of human TLR1 (crystallised with Zn2+ ions) 提交 2021-03-15 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 625–785（161 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；170 mM Ammonium acetate, 85 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 25.5% w/v Polyethylene glycol 4,000, 15% v/v glycerol (#9 from HR2-122 Hampton) + Zinc chloride(molar ratio zinc chloride:protein 1:1). Growth at +4 for 3-4 months.
分辨率 1.90 Å R-free 0.245

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TLR1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–162； UniProt 625–785

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7nux

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7nux
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7nux
沉积日期 deposition_date2021-03-15
结构标题 titleCrystal structure of the TIR domain of human TLR1 (crystallised without ZN2+ ions)
关键词 keywordsTOLL-LIKE RECEPTOR, TIR DOMAIN, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.11 Å
零角强度 I(0) i05838360.00
分子量 molecular_weight18287.0 kDa
排除体积 excluded_volume23229 ų
包络体积 envelope_volume26049 ų
水化壳体积 shell_volume14469 ų
包络直径 envelope_diameter50.0 Å
壳层 Rg shell_rg21.03 Å
包络 Rg envelope_rg15.34 Å
形状 Rg shape_rg15.11 Å
总 Rg total_rg16.27 Å
总原子数 total_atoms1296
残基数 n_residues160
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.3 Å
Rg (实空间) rg_real16.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real5.8380e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0200e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5838000.0000
解质量估计 total_estimate0.7715
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks4
主峰位置 r_peak_primary18.9 Å
偏度 Skewness skewness0.021
峰度 Kurtosis kurtosis-0.403
角度范围 angular_range— – 0.4800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1024000.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.745; Stabil: 0.938; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7nuxA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10140 — Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)