7nvj

Crystal structure of UFC1 Y110A & F121A

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 AAA； UniProt 1–167	突变：Y110A, F121A	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES pH 7.5, 2M Ammonium sulfate	分辨率 2.20 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7NVJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K07 Solution NMR structure of human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (UFC1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-01-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）na；压力 ambient NMR样品组成 1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein UFC1, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2Z6O Crystal Structure of the Ufc1, Ufm1 conjugating enzyme 1 提交 2007-08-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–167（167 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；28% (w/v) PEG 4000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.221
2Z6P Crystal Structure of the Ufc1, Ufm1 conjugating enzyme 1 提交 2007-08-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 7.0, 10%(w/v) dioxan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3EVX Crystal structure of the human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (Ufc1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-10-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution:100mM Sodium acetate, 18% PEG8000, 100mM (NH4)SCN, 50mM LiSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.54 Å R-free 0.279
3EVX Crystal structure of the human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (Ufc1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-10-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution:100mM Sodium acetate, 18% PEG8000, 100mM (NH4)SCN, 50mM LiSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.54 Å R-free 0.279
3EVX Crystal structure of the human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (Ufc1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-10-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution:100mM Sodium acetate, 18% PEG8000, 100mM (NH4)SCN, 50mM LiSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.54 Å R-free 0.279
3EVX Crystal structure of the human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (Ufc1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-10-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution:100mM Sodium acetate, 18% PEG8000, 100mM (NH4)SCN, 50mM LiSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.54 Å R-free 0.279
7NVK Crystal structure of UBA5 fragment fused to the N-terminus of UFC1 提交 2021-03-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2% (v/v) Tacsimate pH 7.0, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 6mM zinc sulfate	分辨率 2.65 Å R-free 0.264
7NW1 Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5 提交 2021-03-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 1–167（167 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；35 mM citric acid, 65 mM bis-tris propane, 19% PEG3350, 100 mM lithium chloride	分辨率 1.95 Å R-free 0.280
7NW1 Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5 提交 2021-03-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 BBB 1–167（167 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；35 mM citric acid, 65 mM bis-tris propane, 19% PEG3350, 100 mM lithium chloride	分辨率 1.95 Å R-free 0.280
7OVC Structure of the human UFC1 protein in complex with the UBA5 C-terminal UFC1-binding motif. 提交 2021-06-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1, 1.0 mM Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 5 mM AEBSF protease inhibitor, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.2 mM Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1, 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 5 mM AEBSF protease inhibitor, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
8BZR UFC1-UFM1 conjugate 提交 2022-12-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–167（167 aa）	突变：C116K	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；30% v/v PEG400, 0.1M Tris, 0.2M Na citrate	分辨率 1.78 Å R-free 0.226
8C0D UFL1/DDRGK1 bound to UFC1 提交 2022-12-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；0.1M HEPES, 1.03M Li2SO4	分辨率 2.56 Å R-free 0.286
8C0D UFL1/DDRGK1 bound to UFC1 提交 2022-12-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；0.1M HEPES, 1.03M Li2SO4	分辨率 2.56 Å R-free 0.286
9GLH Crystal Structure of UFC1 T106S 提交 2024-08-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：T106S	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.4M Sodium Malonate dibasic monohydrate pH 6.0.	分辨率 1.11 Å R-free 0.192
9GLI Crystal Structure of UFC1 T106C 提交 2024-08-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1M Ammonium Citrate tribasic pH 7.0, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0.	分辨率 1.43 Å R-free 0.208
9GLJ Crystal Structure of UFC1 T106A 提交 2024-08-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：T106A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 1.5M Ammonium sulfate.	分辨率 1.21 Å R-free 0.199
9GLK Crystal Structure of UFC1 E149I 提交 2024-08-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：E149I	IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 2.0M Ammonium sulfate	分辨率 2.03 Å R-free 0.247
9GLL Crystal Structure of UFC1 T106L 提交 2024-08-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：T106L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；1.4M Sodium potassium monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 9.0	分辨率 1.65 Å R-free 0.231
9GLM Crystal Structure of UFC1 W145F 提交 2024-08-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：W145F	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5M Ammonium sulfate; 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0	分辨率 1.79 Å R-free 0.238
9GLN Crystal Structure of UFC1 C116E 提交 2024-08-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：C116E	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 1.8 M smmonium sulfate.	分辨率 1.92 Å R-free 0.227
9GLO Crystal Structure of UFC1 C116E&T106S 提交 2024-08-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：C116E, T106S	GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate	分辨率 1.53 Å R-free 0.208
9GLP Crystal Structure of UFC1 C116E&T106I 提交 2024-08-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：C116E, T106I	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate.	分辨率 1.77 Å R-free 0.200
9GMM Crystal Structure of UFC1 T106I 提交 2024-08-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：T106I	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0	分辨率 1.35 Å R-free 0.201
9GMN Crystal Structure of UFC1 T106V 提交 2024-08-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：T106V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.0.	分辨率 2.00 Å R-free 0.231
9GN8 Crystal Structure of UFC1 E149D 提交 2024-08-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：E149D	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2% (v/v) Tacsimate Ph 7.0, 0.1M Hepes pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.96 Å R-free 0.257
9I9M Crystal structure of chimeric UFC1, TAK MotiF replaced with HPN motif of other E2 proteins 提交 2025-02-06	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 20% w/v 2-propanol, 20% w/v PEG 4000	分辨率 1.54 Å R-free 0.209
9I9N Crystal Structure of UFC1 C116E & K108A 提交 2025-02-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：C116E, K108A	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M Tris pH 8.0, 2M Ammonium sulfate	分辨率 1.88 Å R-free 0.229
9I9O Crystal Structure of UFC1 K108M 提交 2025-02-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：K108M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.15M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium Hepes pH 7.0, 20%w/v PEG 4000	分辨率 2.05 Å R-free 0.253
9I9P Crystal Structure of UFC1 W145H 提交 2025-02-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：W145H	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3350	分辨率 2.02 Å R-free 0.267
9IA8 Crystal Structure of UFC1 K108R 提交 2025-02-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：K08R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 2M Ammonium Sulfate	分辨率 1.90 Å R-free 0.247

共 26 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UFC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AAA； PDB构建体 2–168； UniProt 1–167

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7nvj
沉积日期 deposition_date	2021-03-15
结构标题 title	Crystal structure of UFC1 Y110A & F121A
关键词 keywords	Ubiquitin fold conjugating enzyme 1 (UFC1), Ufmylation, Y110A, F121A, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.95 Å
零角强度 I(0) i0	6411360.00
分子量 molecular_weight	18800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23747 Å³
包络体积 envelope_volume	27712 Å³
水化壳体积 shell_volume	14737 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.5 Å
壳层 Rg shell_rg	21.70 Å
包络 Rg envelope_rg	16.33 Å
形状 Rg shape_rg	15.91 Å
总 Rg total_rg	17.13 Å
总原子数 total_atoms	1328
残基数 n_residues	164
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.4 Å
Rg (实空间) rg_real	17.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4110e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9670e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6411000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8566
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.147
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.362
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1158000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.713; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
分子量 formula_weight	19375.3 kDa
突变 mutation	Y110A, F121A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA
原子数 atom_count	1375

GMADEATRRVVSEIPVLKTNAGPRDRELWVQRLKEEYQSLIRYVENNKNADNDWFRLESNKEGTRWFGKCWYIHDLLKYEFDIEFDIPITYPTTAPEIAVPELDGKTAKMARGGKICLTDHAKPLWARNVPKFGLAHLMALGLGPWLAVEIPDLIQKGVIQHKEKCNQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	47

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.161 Å
晶胞边长 b length_b	46.161 Å
晶胞边长 c length_c	143.755 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	33.240 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1928
R_free r_free	0.2460

fit	/app/data/saxs_computation/nv/7nvj/7nvj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nv/7nvj/7nvj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nv/7nvj/7nvj.dat