7nw1

Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 × 1 （Q9GZZ9） 1,2-ETHANEDIOL × 9 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GLYCEROL × 5 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 × 1 （Q9GZZ9） 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UFC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AAA； PDB构建体 2–168； UniProt 1–167 作者链 BBB； PDB构建体 2–168； UniProt 1–167

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5

Homo sapiens

UniProt Q9GZZ9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 × 1 （Q9Y3C8） 1,2-ETHANEDIOL × 9 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GLYCEROL × 5 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 × 1 （Q9Y3C8） 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBA5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 CCC； PDB构建体 1–16； UniProt 389–404 作者链 FFF； PDB构建体 1–16； UniProt 389–404

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7nw1
沉积日期 deposition_date	2021-03-16
结构标题 title	Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5
关键词 keywords	;Ubiquitin like fold modifier enzyme 5 (UBA5), E1, Ubiquitin fold modifier 1 (UFM1), Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme2 (UFC1), Ufmylation, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7nw1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7nw1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7nw1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.78 Å
Rg（电子密度）	16.46 Å
总 Rg	17.66 Å
原子数	1541
残基数	177
排除体积	27790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7nw1__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7nw1__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
分子量 formula_weight	19543.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,BBB
原子数 atom_count	3051

GMADEATRRVVSEIPVLKTNAGPRDRELWVQRLKEEYQSLIRYVENNKNADNDWFRLESNKEGTRWFGKCWYIHDLLKYEFDIEFDIPITYPTTAPEIAVPELDGKTAKMYRGGKICLTDHFKPLWARNVPKFGLAHLMALGLGPWLAVEIPDLIQKGVIQHKEKCNQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
分子量 formula_weight	1801.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	CCC,FFF

DSGESLEDLMAKMKNM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	51

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晶胞边长 a length_a	47.204 Å
晶胞边长 b length_b	67.421 Å
晶胞边长 c length_c	133.984 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	23.761 Å
R 因子 r_factor	0.2185
R_work r_work	0.2146
R_free r_free	0.2801

Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7nw1__assembly_1__model_1

7nw1__assembly_1__model_1 | I(q)

7nw1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7nw1__assembly_1__model_1

7nw1__assembly_1__model_1 | I(q)

7nw1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)