7o6r

Crystal structure of bovine Hsc70(aa1-554)E213A/D214A in complex with 1H-Indazole

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat shock cognate 71 kDa protein

Bos taurus

UniProt P19120

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–554 突变:E213A, D214A EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 LZ1 1H-indazole × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 2 TMO trimethylamine oxide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 7.5;291 K;PEG 8000, TMAO, potassium chloride, HEPES-NaOH, glycerol 分辨率 2.00 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HSP7C_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–554; UniProt 1–554

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7o6r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7o6r
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7o6r
沉积日期 deposition_date2021-04-12
结构标题 titleCrystal structure of bovine Hsc70(aa1-554)E213A/D214A in complex with 1H-Indazole
关键词 keywordsCHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.23
零角强度 I(0) i058235500.00
分子量 molecular_weight59518.0 kDa
排除体积 excluded_volume74511 ų
包络体积 envelope_volume93298 ų
水化壳体积 shell_volume29300 ų
包络直径 envelope_diameter103.2
壳层 Rg shell_rg33.53
包络 Rg envelope_rg28.26
形状 Rg shape_rg28.23
总 Rg total_rg28.75
总原子数 total_atoms4180
残基数 n_residues536
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.6
Rg (实空间) rg_real28.81
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real5.8240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.3910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal58230000.0000
解质量估计 total_estimate0.8530
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.5
偏度 Skewness skewness0.524
峰度 Kurtosis kurtosis-0.138
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12480000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.787; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.848; Smooth: 0.875

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7o6rA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id7o6rA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology34 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)