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7o7n

(h-alpha2M)4 semiactivated I state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 250.8 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-2-macroglobulin

物种未注明

UniProt P01023

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1474 链 B； UniProt 1–1474 链 C； UniProt 1–1474 链 D； UniProt 1–1474 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7O7N Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AYO RECEPTOR BINDING DOMAIN OF BOVINE ALPHA-2-MACROGLOBULIN 提交 1997-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1338–1468（131 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
链 B 1338–1468（131 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.9；38% PEGMMES 2000, 25 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 6.9
分辨率 1.90 Å R-free 0.239
1BV8 RECEPTOR DOMAIN FROM ALPHA-2-MACROGLOBULIN 提交 1998-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1337–1474（138 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 1
分辨率未提供
2P9R Human alpha2-macroglogulin is composed of multiple domains, as predicted by homology with complement component C3 提交 2007-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 126–227（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；11% PEG 3350, 200mM di-ammonium hydrogen citrate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.30 Å R-free 0.281
2P9R Human alpha2-macroglogulin is composed of multiple domains, as predicted by homology with complement component C3 提交 2007-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 126–227（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；11% PEG 3350, 200mM di-ammonium hydrogen citrate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.30 Å R-free 0.281
6TAV Crystal structure of endopeptidase-induced alpha2-macroglobulin 提交 2019-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1474（1474 aa）
链 B 1–1474（1474 aa）
链 C 1–1474（1474 aa）
链 D 1–1474（1474 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Equivolumetric drops consisting of 0.2M tribasic ammonium citrate, pH6.4, 15% (w/v) polyethylene glycol 3350, plus 0.05M sodium fluoride as an additive, and protein solution at 4.9 absorption units at lambda=280nm yielded a single large well-shaped monocrystal after several months. This crystal could not be reproduced despite extensive trials.
分辨率 4.20 Å R-free 0.282
7O7L (h-alpha2M)4 native I 提交 2021-04-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1474（1474 aa）
链 B 1–1474（1474 aa）
链 C 1–1474（1474 aa）
链 D 1–1474（1474 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7O7M (h-alpha2M)4 native II 提交 2021-04-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1474（1474 aa）
链 B 1–1474（1474 aa）
链 C 1–1474（1474 aa）
链 D 1–1474（1474 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
7O7O (h-alpha2M)4 semiactivated II state 提交 2021-04-13 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1474（1474 aa）
链 B 1–1474（1474 aa）
链 C 1–1474（1474 aa）
链 D 1–1474（1474 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7O7P (h-alpha2M)4 activated state 提交 2021-04-13 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1474（1474 aa）
链 B 1–1474（1474 aa）
链 C 1–1474（1474 aa）
链 D 1–1474（1474 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7O7Q (h-alpha2M)4 trypsin-activated state 提交 2021-04-13 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1474（1474 aa）
链 B 1–1474（1474 aa）
链 C 1–1474（1474 aa）
链 D 1–1474（1474 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7O7R (h-alpha2M)4 plasmin-activated I state 提交 2021-04-13 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1474（1474 aa）
链 B 1–1474（1474 aa）
链 C 1–1474（1474 aa）
链 D 1–1474（1474 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7O7S (h-alpha2M)4 plasmin-activated II state 提交 2021-04-13 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1474（1474 aa）
链 B 1–1474（1474 aa）
链 C 1–1474（1474 aa）
链 D 1–1474（1474 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7VON Native alpha-2-macroglobulin monomer 提交 2021-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–1468（1442 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.20 Å
7VOO Induced alpha-2-macroglobulin monomer 提交 2021-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–1335（1309 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 13 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A2MG_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1474； UniProt 1–1474 作者链 B； PDB构建体 1–1474； UniProt 1–1474 作者链 C； PDB构建体 1–1474； UniProt 1–1474 作者链 D； PDB构建体 1–1474； UniProt 1–1474

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7o7n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7o7n
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7o7n
沉积日期 deposition_date2021-04-13
结构标题 title(h-alpha2M)4 semiactivated I state
关键词 keywordsalpha2-macroglobulin, proteinase, serum proteostasis, hydrolase inhibitor, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier71.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron70.97 Å
零角强度 I(0) i04943720000.00
分子量 molecular_weight601860.0 kDa
排除体积 excluded_volume755990 ų
包络体积 envelope_volume1380800 ų
水化壳体积 shell_volume166250 ų
包络直径 envelope_diameter231.3 Å
壳层 Rg shell_rg73.19 Å
包络 Rg envelope_rg65.31 Å
形状 Rg shape_rg70.95 Å
总 Rg total_rg71.04 Å
总原子数 total_atoms42372
残基数 n_residues5370
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax250.8 Å
Rg (实空间) rg_real73.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real4.9440e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0240e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal71.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4953000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9018
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary102.6 Å
偏度 Skewness skewness0.388
峰度 Kurtosis kurtosis0.237
角度范围 angular_range— – 0.1100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.0260
最高正则化参数 α highest_alpha325600000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.742; Stabil: 0.898; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.890
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)