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Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with PFE-PKIS12

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 136.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peripheral plasma membrane protein CASK

Homo sapiens

UniProt O14936

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–337 未记录 V5W 4-(Cyclopentylamino)-2-[(2,5-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M MES pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl 分辨率 2.30 Å R-free 0.213
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–337 未记录 V5W 4-(Cyclopentylamino)-2-[(2,5-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M MES pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl 分辨率 2.30 Å R-free 0.213
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–337 未记录 V5W 4-(Cyclopentylamino)-2-[(2,5-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M MES pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl 分辨率 2.30 Å R-free 0.213
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–337 未记录 V5W 4-(Cyclopentylamino)-2-[(2,5-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M MES pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl 分辨率 2.30 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7OAI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1KGD Crystal Structure of the Guanylate Kinase-like Domain of Human CASK 提交 2001-11-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 734–909（176 aa） 片段：guanylate kinase like domain
未记录 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；sodium formate, potassium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.31 Å R-free 0.212
1KWA HUMAN CASK/LIN-2 PDZ DOMAIN 提交 1998-01-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 487–572（86 aa） 片段：PDZ DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 1.8M AMMONIUM SULFATE AND 100MM MES PH 6.5 AT 21 DEGREES C., temperature 294K
分辨率 1.93 Å R-free 0.298
1KWA HUMAN CASK/LIN-2 PDZ DOMAIN 提交 1998-01-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 487–572（86 aa） 片段：PDZ DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 1.8M AMMONIUM SULFATE AND 100MM MES PH 6.5 AT 21 DEGREES C., temperature 294K
分辨率 1.93 Å R-free 0.298
1KWA HUMAN CASK/LIN-2 PDZ DOMAIN 提交 1998-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 487–572（86 aa） 片段：PDZ DOMAIN
链 B 487–572（86 aa） 片段：PDZ DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 1.8M AMMONIUM SULFATE AND 100MM MES PH 6.5 AT 21 DEGREES C., temperature 294K
分辨率 1.93 Å R-free 0.298
1KWA HUMAN CASK/LIN-2 PDZ DOMAIN 提交 1998-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 487–572（86 aa） 片段：PDZ DOMAIN
链 B 487–572（86 aa） 片段：PDZ DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 1.8M AMMONIUM SULFATE AND 100MM MES PH 6.5 AT 21 DEGREES C., temperature 294K
分辨率 1.93 Å R-free 0.298
1KWA HUMAN CASK/LIN-2 PDZ DOMAIN 提交 1998-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 487–572（86 aa） 片段：PDZ DOMAIN
链 B 487–572（86 aa） 片段：PDZ DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 1.8M AMMONIUM SULFATE AND 100MM MES PH 6.5 AT 21 DEGREES C., temperature 294K
分辨率 1.93 Å R-free 0.298
1ZL8 NMR structure of L27 heterodimer from C. elegans Lin-7 and H. sapiens Lin-2 scaffold proteins 提交 2005-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 403–456（54 aa） 片段：L27 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 2mM Lin-7/Lin-2C; 20mM HEPES, 5mM TCEP, 0.05% DSS, 0.05% sodium azide, 90% H2O, 10% D2O | 90% D2O, 10% D2O
分辨率未提供
3C0G CASK CaM-Kinase Domain- 3'-AMP complex, P1 form 提交 2008-01-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–337（337 aa） 片段：CaM-Kinase Domain
未记录 3AM [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5%(v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.19 Å R-free 0.270
3C0G CASK CaM-Kinase Domain- 3'-AMP complex, P1 form 提交 2008-01-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–337（337 aa） 片段：CaM-Kinase Domain
未记录 3AM [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5%(v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.19 Å R-free 0.270
3C0H CASK CaM-Kinase Domain- AMPPNP complex, P1 form 提交 2008-01-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–337（337 aa） 片段：CaM-Kinase Domain
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5%(v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.239
3C0H CASK CaM-Kinase Domain- AMPPNP complex, P1 form 提交 2008-01-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–337（337 aa） 片段：CaM-Kinase Domain
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5%(v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.239
3C0I CASK CaM-Kinase Domain- 3'-AMP complex, P212121 form 提交 2008-01-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–337（337 aa） 片段：CaM-Kinase Domain
未记录 3AM [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5%(v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.85 Å R-free 0.234
3MFR CASK-4M CaM Kinase Domain, native 提交 2010-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–337（337 aa） 片段：CASK-4M CaM kinase domain, residues 1-337
突变：Pro22Ala, His145Glu, Gly162Asp, Cys146Asn ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5 % (v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.241
3MFS CASK-4M CaM Kinase Domain, AMPPNP 提交 2010-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–337（337 aa） 片段：CASK-4M CaM kinase domain, rersidues 1-337
突变：Pro22Ala, His145Glu, Gly162Asp, Cys146Asn ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5 % (v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.268
3MFT CASK-4M CaM Kinase Domain, Mn2+ 提交 2010-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–337（337 aa） 片段：CASK-4M CaM kinase domain, residues 1-337
突变：Pro22Ala, His145Glu, Gly162Asp, Cys146Asn 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5 % (v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.270
3MFU CASK-4M CaM Kinase Domain, AMPPNP-Mn2+ 提交 2010-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–337（337 aa） 片段：CASK-4M CaM kinase domain, residues 1-337
突变：Pro22Ala, His145Glu, Gly162Asp, Cys146Asn ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5 % (v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.234
3TAC Crystal Structure of the Liprin-alpha/CASK complex 提交 2011-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–345（345 aa） 片段：UNP residues 1-345
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.4M ammonium sulfate, 0.2M NaCl, MES buffer, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K
分辨率 2.20 Å R-free 0.236
6KMH The crystal structure of CASK/Mint1 complex 提交 2019-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–319（319 aa）
未记录 IOD IODIDE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M KI, 20% PEG 3350, pH 7.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.224
6KMH The crystal structure of CASK/Mint1 complex 提交 2019-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–319（319 aa）
未记录 IOD IODIDE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M KI, 20% PEG 3350, pH 7.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.224
6NH9 Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain 提交 2018-12-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 102–187（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；291 K；30% v/v PEG 400 0.1M CAPS
分辨率 1.85 Å R-free 0.263
6NH9 Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain 提交 2018-12-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 102–187（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；291 K；30% v/v PEG 400 0.1M CAPS
分辨率 1.85 Å R-free 0.263
6NH9 Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain 提交 2018-12-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 102–187（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；291 K；30% v/v PEG 400 0.1M CAPS
分辨率 1.85 Å R-free 0.263
6NID Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain in complex with Neurexin-1 peptide 提交 2018-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 102–187（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.01M tri-sodium citrate 33% (w/v) PEG 6000
分辨率 1.86 Å R-free 0.240
6NID Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain in complex with Neurexin-1 peptide 提交 2018-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 102–187（86 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.01M tri-sodium citrate 33% (w/v) PEG 6000
分辨率 1.86 Å R-free 0.240
6NID Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain in complex with Neurexin-1 peptide 提交 2018-12-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 102–187（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.01M tri-sodium citrate 33% (w/v) PEG 6000
分辨率 1.86 Å R-free 0.240
7OAJ Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 7 提交 2021-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–337（337 aa）
未记录 V6E 4-(cyclopentylamino)-2-[(3,4-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；9% medium molecular weight PED Smears, 0.1 M magnesium acetate, 10% ethylene glycol, 0.1 M MES, pH 6.5
分辨率 1.93 Å R-free 0.224
7OAJ Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 7 提交 2021-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–337（337 aa）
未记录 V6E 4-(cyclopentylamino)-2-[(3,4-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；9% medium molecular weight PED Smears, 0.1 M magnesium acetate, 10% ethylene glycol, 0.1 M MES, pH 6.5
分辨率 1.93 Å R-free 0.224
7OAJ Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 7 提交 2021-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–337（337 aa）
未记录 V6E 4-(cyclopentylamino)-2-[(3,4-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；9% medium molecular weight PED Smears, 0.1 M magnesium acetate, 10% ethylene glycol, 0.1 M MES, pH 6.5
分辨率 1.93 Å R-free 0.224
7OAJ Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 7 提交 2021-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–337（337 aa）
未记录 V6E 4-(cyclopentylamino)-2-[(3,4-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；9% medium molecular weight PED Smears, 0.1 M magnesium acetate, 10% ethylene glycol, 0.1 M MES, pH 6.5
分辨率 1.93 Å R-free 0.224
7OAK Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 26 提交 2021-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–337（337 aa）
未记录 V6B 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclopentylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 2.23 Å R-free 0.264
7OAK Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 26 提交 2021-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–337（337 aa）
未记录 V6B 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclopentylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 2.23 Å R-free 0.264
7OAK Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 26 提交 2021-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–337（337 aa）
未记录 V6B 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclopentylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 2.23 Å R-free 0.264
7OAK Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 26 提交 2021-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–337（337 aa）
未记录 V6B 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclopentylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 2.23 Å R-free 0.264
7OAL Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 25 提交 2021-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–337（337 aa）
未记录 V62 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclohexylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；9% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 2.17 Å R-free 0.274
7OAL Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 25 提交 2021-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–337（337 aa）
未记录 V62 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclohexylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；9% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 2.17 Å R-free 0.274
7OAL Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 25 提交 2021-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–337（337 aa）
未记录 V62 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclohexylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；9% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 2.17 Å R-free 0.274
7OAL Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 25 提交 2021-04-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–337（337 aa）
未记录 V62 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclohexylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；9% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 2.17 Å R-free 0.274
8Y68 the crystal structure of apo CASK-CaMK 提交 2024-02-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–332（332 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (v/v) PEG6000.
分辨率 2.20 Å R-free 0.264
8Y68 the crystal structure of apo CASK-CaMK 提交 2024-02-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–332（332 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (v/v) PEG6000.
分辨率 2.20 Å R-free 0.264
9KYS the Ca2+/CaM-CASK-ARD complex 提交 2024-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 287–332（46 aa）
链 D 287–332（46 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；magnesium chloride, PEG 3350
分辨率 1.76 Å R-free 0.231
9M5Y the crystal structure of the Ca2+/CaM-CASK-CaMK complex 提交 2025-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–332（332 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (v/v) PEG 6000.
分辨率 1.80 Å R-free 0.197
9M6G the crystal structure of the Ca2+/CaM-CASK-CaMK-Mint1-CID complex 提交 2025-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–319（319 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MLI MALONATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；289 K；0.1 M Sodium malonate, pH 5.0, 12% (v/v) PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.187

共 21 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSKP_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 17–353； UniProt 1–337 作者链 B； PDB构建体 17–353； UniProt 1–337 作者链 C； PDB构建体 17–353； UniProt 1–337 作者链 D； PDB构建体 17–353； UniProt 1–337

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7oai

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7oai
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7oai
沉积日期 deposition_date2021-04-19
结构标题 titleCrystal structure of pseudokinase CASK in complex with PFE-PKIS12
关键词 keywordspseudokinase, kinase, inhibitor, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.25 Å
零角强度 I(0) i0273277000.00
分子量 molecular_weight138590.0 kDa
排除体积 excluded_volume174520 ų
包络体积 envelope_volume242370 ų
水化壳体积 shell_volume45551 ų
包络直径 envelope_diameter143.1 Å
壳层 Rg shell_rg49.19 Å
包络 Rg envelope_rg43.34 Å
形状 Rg shape_rg44.25 Å
总 Rg total_rg44.50 Å
总原子数 total_atoms9731
残基数 n_residues1195
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.1 Å
Rg (实空间) rg_real44.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real2.7330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal273200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8302
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary35.0 Å
偏度 Skewness skewness0.233
峰度 Kurtosis kurtosis-0.814
角度范围 angular_range— – 0.1750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22440000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.874; Smooth: 0.064
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd7oaia_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7oaib_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7oaic_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd7oaid_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)