SAXSdb — 7ogm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-binding protein Hfq

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 1	Polyribonucleotide nucleotidyltransferase × 3 （P05055） 3'ETS(LeuZ) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HFQ_ECOK1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 E； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 I； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 J； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102 作者链 K； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102

Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P05055

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 1	RNA-binding protein Hfq × 6 （A1AJ78） 3'ETS(LeuZ) × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PNP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–711； UniProt 1–711 作者链 N； PDB构建体 1–711； UniProt 1–711 作者链 O； PDB构建体 1–711； UniProt 1–711

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ogm
沉积日期 deposition_date	2021-05-06
结构标题 title	A cooperative PNPase-Hfq-RNA carrier complex facilitates bacterial riboregulation. PNPase-3'ETS(leuZ)-Hfq
关键词 keywords	RNA chaperone, Ribonuclease, Small regulatory RNA, Riboregulation, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ogm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ogm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ogm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.97 Å
Rg（电子密度）	50.71 Å
总 Rg	50.82 Å
原子数	17683
残基数	2503
排除体积	311240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ogm__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-binding protein Hfq
分子量 formula_weight	11179.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,J,I,D,E,F
原子数 atom_count	17683

MAKGQSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPSRPVSHHSNNAGGGTSSNYHHGSSAQNTSAQQDSEETE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
分子量 formula_weight	77189.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,N,O

MLNPIVRKFQYGQHTVTLETGMMARQATAAVMVSMDDTAVFVTVVGQKKAKPGQDFFPLTVNYQERTYAAGRIPGSFFRREGRPSEGETLIARLIDRPIRPLFPEGFVNEVQVIATVVSVNPQVNPDIVAMIGASAALSLSGIPFNGPIGAARVGYINDQYVLNPTQDELKESKLDLVVAGTEAAVLMVESEAQLLSEDQMLGAVVFGHEQQQVVIQNINELVKEAGKPRWDWQPEPVNEALNARVAALAEARLSDAYRITDKQERYAQVDVIKSETIATLLAEDETLDENELGEILHAIEKNVVRSRVLAGEPRIDGREKDMIRGLDVRTGVLPRTHGSALFTRGETQALVTATLGTARDAQVLDELMGERTDTFLFHYNFPPYSVGETGMVGSPKRREIGHGRLAKRGVLAVMPDMDKFPYTVRVVSEITESNGSSSMASVCGASLALMDAGVPIKAAVAGIAMGLVKEGDNYVVLSDILGDEDHLGDMDFKVAGSRDGISALQMDIKIEGITKEIMQVALNQAKGARLHILGVMEQAINAPRGDISEFAPRIHTIKINPDKIKDVIGKGGSVIRALTEETGTTIEIEDDGTVKIAATDGEKAKHAIRRIEEITAEIEVGRVYTGKVTRIVDFGAFVAIGGGKEGLVHISQIADKRVEKVTDYLQMGQEVPVKVLEVDRQGRIRLSIKEATEQSQPAAAPEAPAAEQGE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	3'ETS(LeuZ)
分子量 formula_weight	15748.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P

AGAUAAGAAUAAAAUCAAUUUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUUUUUUUUU

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	7ogmL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7ogmL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

结构域编号 domain_id	7ogmL03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	7ogmN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7ogmN02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

结构域编号 domain_id	7ogmO01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7ogmO02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	133607

A cooperative PNPase-Hfq-RNA carrier complex facilitates bacterial riboregulation. PNPase-3'ETS(leuZ)-Hfq

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-binding protein Hfq

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ogm__assembly_1__model_1

7ogm__assembly_1__model_1 | I(q)

7ogm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

A cooperative PNPase-Hfq-RNA carrier complex facilitates bacterial riboregulation. PNPase-3'ETS(leuZ)-Hfq

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-binding protein Hfq

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ogm__assembly_1__model_1

7ogm__assembly_1__model_1 | I(q)

7ogm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)