7ok7

Crystal structure of the UNC119B ARL3 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor-like protein 3

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein unc-119 homolog B × 1 （A6NIH7） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein unc-119 homolog B × 1 （A6NIH7） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein unc-119 homolog B × 1 （A6NIH7） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein unc-119 homolog B × 1 （A6NIH7） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARL3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–180； UniProt 3–182 作者链 B； PDB构建体 1–180； UniProt 3–182 作者链 C； PDB构建体 1–180； UniProt 3–182 作者链 D； PDB构建体 1–180； UniProt 3–182 作者链 E； PDB构建体 1–180； UniProt 3–182 作者链 F； PDB构建体 1–180； UniProt 3–182

Protein unc-119 homolog B

Homo sapiens

UniProt A6NIH7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-ribosylation factor-like protein 3 × 1 （Q9WUL7） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-ribosylation factor-like protein 3 × 1 （Q9WUL7） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-ribosylation factor-like protein 3 × 1 （Q9WUL7） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-ribosylation factor-like protein 3 × 1 （Q9WUL7） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	U119B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–183； UniProt 66–248 作者链 H； PDB构建体 1–183； UniProt 66–248 作者链 I； PDB构建体 1–183； UniProt 66–248 作者链 J； PDB构建体 1–183； UniProt 66–248 作者链 K； PDB构建体 1–183； UniProt 66–248 作者链 L； PDB构建体 1–183； UniProt 66–248

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ok7
沉积日期 deposition_date	2021-05-17
结构标题 title	Crystal structure of the UNC119B ARL3 complex
关键词 keywords	Complex, g-protein, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ok7__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ok7__assembly_6__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ok7__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.74 Å
Rg（电子密度）	17.02 Å
总 Rg	18.13 Å
原子数	1419
残基数	180
排除体积	25139 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ok7__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7ok7__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7ok7__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7ok7__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`7ok7__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`7ok7__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`7ok7__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`7ok7__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor-like protein 3
分子量 formula_weight	20728.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	17127

LLSILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLASEDISHITPTQGFNIKSVQSQGFKLNVWDIGGQRKIRPYWRSYFENTDILIYVIDSADRKRFEETGQELTELLEEEKLSCVPVLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTIRDRVWQIQSCSALTGEGVQDGMNWVCKNVNAKKKEHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein unc-119 homolog B
分子量 formula_weight	21610.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

DTIRPEHVLRLSRVTENYLCKPEDNIYSIDFTRFKIRDLETGTVLFEIAKPCVSDQEEDEEEGGGDVDISAGRFVRYQFTPAFLRLRTVGATVEFTVGDKPVSNFRMIERHYFREHLLKNFDFDFGFCIPSSRNTCEHIYEFPQLSEDVIRLMIENPYETRSDSFYFVDNKLIMHNKADYAYN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d7ok7a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d7ok7b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d7ok7b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d7ok7c1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d7ok7c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d7ok7d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d7ok7e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d7ok7f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

▶

晶胞边长 a length_a	110.270 Å
晶胞边长 b length_b	152.190 Å
晶胞边长 c length_c	171.840 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	74.820 Å
R 因子 r_factor	0.2239
R_work r_work	0.2214
R_free r_free	0.2699

Crystal structure of the UNC119B ARL3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor-like protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein unc-119 homolog B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ok7__assembly_6__model_1

7ok7__assembly_6__model_1 | I(q)

7ok7__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the UNC119B ARL3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor-like protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein unc-119 homolog B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ok7__assembly_6__model_1

7ok7__assembly_6__model_1 | I(q)

7ok7__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

7. 引用文献 (1)