7onm

Carbonic anhydrase II mutant (N67G-E69R-I91C) dually binding an IrCp* complex to generate an artificial transfer hydrogenase (ATHase)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbonic anhydrase 2

Homo sapiens

UniProt P00918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–260 突变:N67G, E69R, I91C 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ZN ZINC ION × 1 VKZ 4-[2-(4-azanyl-9-chloranyl-2',3',4',5',6'-pentamethyl-7-oxidanylidene-spiro[1$l^{4},8-diaza-9$l^{8}-iridabicyclo[4.3.0]nona-1,3,5-triene-9,1'-1$l^{8}-iridapentacyclo[2.2.0.0^{1,3}.0^{1,5}.0^{2,6}]hexane]-8-yl)ethyl]benzenesulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293 K;0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 20% w/v polyethylene glycol 6,000 分辨率 1.77 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1239 个其他 PDB 条目、1272 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAH2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–260; UniProt 3–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7onm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7onm
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7onm
沉积日期 deposition_date2021-05-25
结构标题 titleCarbonic anhydrase II mutant (N67G-E69R-I91C) dually binding an IrCp* complex to generate an artificial transfer hydrogenase (ATHase)
关键词 keywordsartificial metalloenzyme, artificial transfer hydrogenase, metal binding protein, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.41
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.20
零角强度 I(0) i015546200.00
分子量 molecular_weight29796.0 kDa
排除体积 excluded_volume37208 ų
包络体积 envelope_volume41344 ų
水化壳体积 shell_volume19371 ų
包络直径 envelope_diameter59.0
壳层 Rg shell_rg24.08
包络 Rg envelope_rg17.63
形状 Rg shape_rg17.20
总 Rg total_rg18.19
总原子数 total_atoms2092
残基数 n_residues255
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.5
Rg (实空间) rg_real18.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32
I(0) (实空间) i0_real1.5550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15550000.0000
解质量估计 total_estimate0.8163
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.2
偏度 Skewness skewness0.077
峰度 Kurtosis kurtosis-0.446
角度范围 angular_range— – 0.4300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3045000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)