7op6

Bacteroides thetaiotaomicron mannosidase GH2 with beta-manno-configured cyclophellitol aziridine

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-mannosidase

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	BROMIDE ION × 6 1,2-ETHANEDIOL × 15 CHLORIDE ION × 6 SODIUM ION × 2 beta-D-manno-configured cyclophellitol aziridine, reacted form × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	BROMIDE ION × 4 1,2-ETHANEDIOL × 17 CHLORIDE ION × 8 SODIUM ION × 1 beta-D-manno-configured cyclophellitol aziridine × 1 (1~{R},2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-(hydroxymethyl)-7-azabicyclo[4.1.0]heptane-2,3,4-triol × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8AAK6_BACTN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–841； UniProt 26–864 作者链 B； PDB构建体 3–841； UniProt 26–864

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7op6
沉积日期 deposition_date	2021-05-29
结构标题 title	Bacteroides thetaiotaomicron mannosidase GH2 with beta-manno-configured cyclophellitol aziridine
关键词 keywords	mannosidase, cyclophellitol aziridine, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7op6__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7op6__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7op6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.71 Å
Rg（电子密度）	28.90 Å
总 Rg	29.78 Å
原子数	6849
残基数	839
排除体积	121740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7op6__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7op6__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-mannosidase
分子量 formula_weight	98291.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	14789

MGQGNDTSEVMLLDTGWEFSQSGTEKWMPATVPGTVHQDLISHELLPNPFYGMNEKKIQWVENEDWEYRTSFIVSEEQLNRDGIQLIFEGLDTYADVYLNGSLLLKADNMFVGYTLPVKSVLRKGENHLYIYFHSPIRQTLPQYASNGFNYPADNDHHEKHLSVFSRKAPYSYGWDWGIRMVTSGVWRPVTLRFYDIATISDYYVRQLSLTDENARLSNELIVNQIVPQKIPAEVRVNVSLNGTTVTEVKQQVTLQPGINHITLPAEVTNPVRWMPNGWGTPTLYDFSAQIACGDRIVAEQSHRIGLRTIRVVNEKDKDGESFYFEVNGIPMFAKGANYIPQDALLPNVTTERYQTLFRDMKEANMNMVRIWGGGTYENNLFYDLADENGILVWQDFMFACTPYPSDPTFLKRVEAEAVYNIRRLRNHASLAMWCGNNEILEALKYWGFEKKFTPEVYQGLMHGYDKLFRELLPSTVKEFDSDRFYVHSSPYLANWGRPESWGTGDSHNWGVWYGKKPFESLDTDLPRFMSEFGFQSFPEMKTIAAFAAPEDYQIESEVMNAHQKSSIGNSLIRTYMERDYIIPESFEDFVYVGLVLQGQGMRHGLEAHRRNRPYCMGTLYWQLNDSWPVVSWSSIDYYGNWKALHYQAKRAFAPVLINPIQQNDSLSVYLISDRLDTMEQMTLEMKVVDFDGKTLGKKIQVHSLEVPANTSKCVYRAKLDGWLTPEDCRRSFLKLILKDKSGHQVAESVHFFRKTKDLQLPPTSVSYQMKQTDGKCELTLFSSMLAKDIFIETPLQGARYSDNFFDLLPGERKKVIITSPRIKKGEELPVNIKHIRETYKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	226186
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	beta-D-manno-configured cyclophellitol aziridine, reacted form
分子量 formula_weight	193.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	beta-D-manno-configured cyclophellitol aziridine
分子量 formula_weight	175.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-(hydroxymethyl)-7-azabicyclo[4.1.0]heptane-2,3,4-triol
分子量 formula_weight	178.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	900

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晶胞边长 a length_a	91.920 Å
晶胞边长 b length_b	116.858 Å
晶胞边长 c length_c	100.844 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.15 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	92.190 Å
R 因子 r_factor	0.1877
R_work r_work	0.1854
R_free r_free	0.2333

Bacteroides thetaiotaomicron mannosidase GH2 with beta-manno-configured cyclophellitol aziridine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-mannosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7op6__assembly_2__model_1

7op6__assembly_2__model_1 | I(q)

7op6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

Bacteroides thetaiotaomicron mannosidase GH2 with beta-manno-configured cyclophellitol aziridine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-mannosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7op6__assembly_2__model_1

7op6__assembly_2__model_1 | I(q)

7op6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)