SAXSdb — 7ouh

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

Simian T-lymphotropic virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 6 DNA 4 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 600–896 链 B； UniProt 600–896 链 D； UniProt 600–896 链 E； UniProt 600–896	突变：A219E	PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 2 ;DNA (5'-D(APCPTPGPTPGPTPTPTPGPGPCPGPCPTPTPCPTPCPTPC)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(GPAPGPAPGPAPAPGPCPGPCPCPAPAPAPCPAPCPA)-3') ; × 2 ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 KLQ Bictegravir × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7OUH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7OUF Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor XZ450 提交 2021-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 597–896（300 aa）链 B 597–896（300 aa）链 D 597–896（300 aa）链 E 597–896（300 aa）	突变：A219E 突变：A219E 突变：A219E 突变：A219E	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 1L0 4-azanyl-~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-6-[3-(dimethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7OUG STLV-1 intasome:B56 in complex with the strand-transfer inhibitor raltegravir 提交 2021-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 597–896（300 aa）链 B 597–896（300 aa）链 D 597–896（300 aa）链 E 597–896（300 aa）	突变：A219E 突变：A219E 突变：A219E 突变：A219E	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 RLT N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di hydropyrimidine-4-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7PEL CryoEM structure of simian T-cell lymphotropic virus intasome in complex with PP2A regulatory subunit B56 gamma 提交 2021-08-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 600–896（297 aa）链 B 600–896（297 aa）链 D 600–896（297 aa）链 E 600–896（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4QY51_9STL1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–301； UniProt 600–896 作者链 B； PDB构建体 5–301； UniProt 600–896 作者链 D； PDB构建体 5–301； UniProt 600–896 作者链 E； PDB构建体 5–301； UniProt 600–896

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ouh
沉积日期 deposition_date	2021-06-11
结构标题 title	Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor bictegravir
关键词 keywords	integrase, intasome, HTLV, STLV, integration, strand-transfer inhibitors, INSTI, bictegravir, BIC, drug, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.73 Å
零角强度 I(0) i0	759591000.00
分子量 molecular_weight	215020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	263700 Å³
包络体积 envelope_volume	387480 Å³
水化壳体积 shell_volume	71246 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.9 Å
壳层 Rg shell_rg	49.33 Å
包络 Rg envelope_rg	45.36 Å
形状 Rg shape_rg	45.77 Å
总 Rg total_rg	45.75 Å
总原子数 total_atoms	15082
残基数 n_residues	1744
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.7 Å
Rg (实空间) rg_real	44.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	759400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8443
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.520
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.221
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	93790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.711; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.873

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integrase
分子量 formula_weight	33943.5 kDa
突变 mutation	A219E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,A,B
原子数 atom_count	15088

GPEFQLSPAKLHSFTHCGQAALTLHGATTTEALNILHSCHACRKNNPQHQMPRGHIRRGLLPNHIWQGDITHFKYKNTLYRLHVWVDTFSGSVSATHKKRETSSEAISSLLHAIAHLGRPSHINTDNGPAYASQEFQHACTSLAIRHTTHIPYNPTSSGLVERTNGILKTLLYKYFSDNPNLPMDNALSVALWTINHLNVLTHCQKTRWQLHHSPRLPPIPEEKPVTTSKTHWYYFKIPGLNSRQWKGPQRALQEAAGAALIPVSDTAAQWIPWKLLKRAVCPRLAGDTADPKERDHQHHG

来源 Source

来源生物 organism	Simian T-lymphotropic virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33747
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
分子量 formula_weight	80394.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C

SMTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNEGLWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVETEEAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQKEEDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQEEQMETEFMVVDAANSNGPFQPVVLLHIRDVPPADQEKLFIQKLRQCCVLFDFVSDPLSDLKWKEVKRAALSEMVEYITHNRNVITEPIYPEVVHMFAVNMFRTLPPSSNPTGAEFDPEEDEPTLEAAWPHLQLVYEFFLRFLESPDFQPNIAKKYIDQKFVLQLLELFDSEDPRERDFLKTTLHRIYGKFLGLRAYIRKQINNIFYRFIYETEHHNGIAELLEILGSIINGFALPLKEEHKIFLLKVLLPLHKVKSLSVYHPQLAYCVVQFLEKDSTLTEPVVMALLKYWPKTHSPKEVMFLNELEEILDVIEPSEFVKIMEPLFRQLAKCVSSPHFQVAERALYYWNNEYIMSLISDNAAKILPIMFPSLYRNSKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPTPGPTPGPTPTPTPGPGPCPGPCPTPTPCPTPCPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	9221.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,K

ACTGTGTTTGGCGCTTCTCTCCCGGAGAGA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPGPAPGPAPAPGPCPGPCPCPAPAPAPCPAPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	8593.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,L

TCTCTCCGGGAGAGAAGCGCCAAACACA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	Bictegravir
分子量 formula_weight	449.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7ouhA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	7ouhB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	7ouhD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	7ouhE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	39731

fit	/app/data/saxs_computation/ou/7ouh/7ouh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ou/7ouh/7ouh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ou/7ouh/7ouh.dat

Structure of the STLV intasome:B56 complex bound to the strand-transfer inhibitor bictegravir

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)