SAXSdb — 7ovb

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IcmO (DotL)

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	IcmP (DotM) × 1 （Q5ZYC7） IcmJ (DotN) × 1 （Q5ZYB7） DotZ × 1 （Q5ZV91） DotY × 1 （Q5ZYR7） ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZYC6_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–783； UniProt 1–783

IcmP (DotM)

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1

UniProt Q5ZYC7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	IcmO (DotL) × 1 （Q5ZYC6） IcmJ (DotN) × 1 （Q5ZYB7） DotZ × 1 （Q5ZV91） DotY × 1 （Q5ZYR7） ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZYC7_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380

IcmJ (DotN)

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1

UniProt Q5ZYB7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	IcmO (DotL) × 1 （Q5ZYC6） IcmP (DotM) × 1 （Q5ZYC7） DotZ × 1 （Q5ZV91） DotY × 1 （Q5ZYR7） ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZYB7_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–208； UniProt 7–214

DotZ

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1

UniProt Q5ZV91

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	IcmO (DotL) × 1 （Q5ZYC6） IcmP (DotM) × 1 （Q5ZYC7） IcmJ (DotN) × 1 （Q5ZYB7） DotY × 1 （Q5ZYR7） ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZV91_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–294； UniProt 1–294

DotY

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1

UniProt Q5ZYR7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	IcmO (DotL) × 1 （Q5ZYC6） IcmP (DotM) × 1 （Q5ZYC7） IcmJ (DotN) × 1 （Q5ZYB7） DotZ × 1 （Q5ZV91） ZINC ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZYR7_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–230； UniProt 1–230

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ovb
沉积日期 deposition_date	2021-06-14
结构标题 title	L. pneumophila Type IV Coupling Complex (T4CC) with density for DotY N-terminal and middle domains
关键词 keywords	;Type IV Coupling Complex, T4CC, Type IV Secretion System, T4SS, Membrane protein complex, Membrane complex, DotY, DotZ, DotL, DotM, DotN, IcmSW, Legionella, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7ovb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7ovb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7ovb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.81 Å
Rg（电子密度）	40.55 Å
总 Rg	40.71 Å
原子数	10854
残基数	1405
排除体积	193630 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7ovb__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	IcmO (DotL)
分子量 formula_weight	87601.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10854

MMRGIDSRHELDPTLLLRDTRTFTQRLADFFADPTNISIVLISLAAVSYYFSEAATFLLIMGGIFFLYSYTRKQKLPFRLPQISRAKDYNDLKPGINKPNIARGITFFGNDRKTGEELWFANDDMRTHALIFGSTGSGKTETLVSLSYNALVQGSGFIYVDGKGDNSLYAKVFSMVRSMGREDDLLLINFMTGARDIVGPQEKRLSNTLNPFCQGSSSMLTQLVVSLMGSSGQSSDGDMWKGRAIAFVEALMRLLVYMRDEGAILLDANTIRNYFDLQRLESIVIDKVFPRDDQESVNIETIPKLVTDPLRNYLNTLPGYNKEKKGKQVSQVLEQHGFITMQLVRSFSSLADTYGHIIRTNLAEVDFKDVVLNRRILVVLLPALEKSPDELSNLGKIIVSSLKAMMAAGLGEEVEGDYRDVILRKPTNAPTPYMCILDEYGYYAVQGFAVVPAQARSLGFSAIFAGQDLPAFQKASKEEAASIGANTNIKICMKLEDPTETWDFFTKTAGEAYVTKVDSFQTKETSIANSYMDTKSSSFEKRARVDLLDLKEQTEGEAHIFFKSKIVRARMFYANPKPVKQLKINQFLKVEPPPDDYLMKLQKQLASFQSILESGDLSINKAVENEEITLISKALKESTIVEPIERGVAALIAFHGQNEPEPVEDIVEEEVEGALTIFSKLRIDPNAPPILVADKEVFSEPLLPINETRNQMITIERLAGAKDKYAGTVANELIKDFQIATSYPPEERDVIDVQELTGIIRDLSAKISAEREKANKKAAEELT

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272624
宿主生物 host_organism	Legionella pneumophila

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	IcmP (DotM)
分子量 formula_weight	43858.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MYIEMAQQQQQSGSDNSMAPVWIVILLFITAYFVWALAHQYIVSFVFTINIWQARLVNLFLNNQLLANQIYLMQTLDPNTVNWDQMVTVMRAVGDYMRYPVICILVVLAFVLYNSNVTLKYRKTYDMKSLRAQEQFNWPAIMPIVKEDLVSQDVNKGPWAMALTPMEFARKYNLLRKDDALLDNPVPGEEMTAGIRRGDAKRVFTMQLGPYWDGFERCSPQAYALSAVFMARMNRDRDAANNILKVLDKTFVDGKPDFSVARPVMKKYQNSELVQEVVAKHAYVLTVIASLLEAAREDGVVPSSEFLWLKPVDRRLWYMLNCVGRQTPYSEVAGPFAHWKAEKEMGRRSLVPMIDEAIRALEIAVKEVRLTPRQMEELEP

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272624
宿主生物 host_organism	Legionella pneumophila

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	IcmJ (DotN)
分子量 formula_weight	23763.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MADNQQRCELKLIASPGSWRLYSARKIDERFKSYEQKIFQRDRYTCQFCGFQARLYQDIVNLDGDYTNNRLSNLVTACCFCAQCFFVESVGVGGYGGGTLIYLPELTQAELNSLCHVLFCAITNDTGYKSSAQNIYRSFKFRSQIVEEKFGEGTSDPAIFGQLMIDSGVNSEEIREKLFKNIRLLPSRAKFRKQIEKWAASALEEIAD

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272624
宿主生物 host_organism	Legionella pneumophila

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DotZ
分子量 formula_weight	33887.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MDEIKKDDELSQWLSTYGTITAERILGRYNISLPQDEILEAINIPSSFYRHLLQIPLKNVLNGIVIQQASDYHVYAQKLLIDYLLSGESSKEPDSQGAGTRESLEDERQRLVQLGDEFHKLELEQDNLIASSQASLMKISIDWNTKLETTLSKLNSLYKNTNSKIKKNAIRKALIKAFIHCDLVKDQSQKNKYQLIDKLNQTLAVSVGAELKESILTNLSELFQILEALNTKLDEFTDRTNHLSQQAKSFRTQFYEVILRIIELIKLLPEYKIDPAQDAINREPLYFDRTIGER

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272624
宿主生物 host_organism	Legionella pneumophila

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DotY
分子量 formula_weight	25551.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MPKYTLPTRDALLKAMQVGETSIEAAEYMATRFEQILTKAKLLPECNDMLEKIKEYAQFVKFKLLSSAQVWSGQERPTSDYQNTQENKAEFLASHLEGLPSGLKLEVAIGDDAKILRGFSSNGKMVEGDQLKTMDGLLEGWLAKNSLAISGGAVVKIDNTGNQTKVDPQEIRQLINDSEKGVAKYFADKGVGMEVAQRTYQEPKALETKREEIRQEIESGAEAPTTQSIR

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272624
宿主生物 host_organism	Legionella pneumophila

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.61 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	183397

L. pneumophila Type IV Coupling Complex (T4CC) with density for DotY N-terminal and middle domains

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IcmO (DotL)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IcmP (DotM)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IcmJ (DotN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DotZ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DotY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7ovb__assembly_1__model_1

7ovb__assembly_1__model_1 | I(q)

7ovb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)