7p0n

Crystal structure of L-Trp/Indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (hIDO1) complex with the JK-loop refined in the open conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 N'-Formylkynurenine × 1 PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 6 OXYGEN MOLECULE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 GLYCEROL × 6 OXYGEN MOLECULE × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 N'-Formylkynurenine × 1 PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 7 TRYPTOPHAN × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 N'-Formylkynurenine × 2 GLYCEROL × 2 OXYGEN MOLECULE × 1 TRYPTOPHAN × 2 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I23O1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 17–405； UniProt 15–403 作者链 B； PDB构建体 17–405； UniProt 15–403 作者链 C； PDB构建体 17–405； UniProt 15–403 作者链 D； PDB构建体 17–405； UniProt 15–403

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7p0n
沉积日期 deposition_date	2021-06-30
结构标题 title	Crystal structure of L-Trp/Indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (hIDO1) complex with the JK-loop refined in the open conformation
关键词 keywords	L-Trp metabolism, hemoprotein, dynamics loop, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7p0n__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7p0n__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7p0n__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.79 Å
Rg（电子密度）	21.61 Å
总 Rg	22.56 Å
原子数	3076
残基数	375
排除体积	55135 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7p0n__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7p0n__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7p0n__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7p0n__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
分子量 formula_weight	45300.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.52
突变 mutation	K116A, K117A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12712

MGSSHHHHHHSSGSAAYHIDEEVGFALPNPQENLPDFYNDWMFIAKHLPDLIESGQLRERVEKLNMLSIDHLTDHKSQRLARLVLGCITMAYVWGKGHGDVRKVLPRNIAVPYCQLSAALELPPILVYADCVLANWKKKDPNKPLTYENMDVLFSFRDGDCSKGFFLVSLLVEIAAASAIKVIPTVFKAMQMQERDTLLKALLEIASCLEKALQVFHQIHDHVNPKAFFSVLRIYLSGWKGNPQLSDGLVYEGFWEDPKEFAGGSAGQSSVFQCFDVLLGIQQTAGGGHAAQFLQDMRRYMPPAHRNFLCSLESNPSVREFVLSKGDAGLREAYDACVKALVSLRSYHLQIVTKYILIPASQQPKENKTSEDPSKLEAKGTGGTDLMNFLKTVRSTTEKSLLKEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N'-Formylkynurenine
分子量 formula_weight	236.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TRYPTOPHAN
分子量 formula_weight	204.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	492

▶

晶胞边长 a length_a	81.360 Å
晶胞边长 b length_b	114.570 Å
晶胞边长 c length_c	220.980 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	49.290 Å
R 因子 r_factor	0.2182
R_work r_work	0.2151
R_free r_free	0.2788

Crystal structure of L-Trp/Indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (hIDO1) complex with the JK-loop refined in the open conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7p0n__assembly_4__model_1

7p0n__assembly_4__model_1 | I(q)

7p0n__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of L-Trp/Indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (hIDO1) complex with the JK-loop refined in the open conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7p0n__assembly_4__model_1

7p0n__assembly_4__model_1 | I(q)

7p0n__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)