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7p93

Crystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus in complex with a sulfated ACKR1 N-terminal peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucotoxin LukEv

Staphylococcus aureus

UniProt Q2FXB0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 7–306 未记录 Atypical chemokine receptor 1 × 2 （Q16570） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.1 M Imidazole.HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG 4000 分辨率 1.55 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7P93 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3ROH Crystal Structure of Leukotoxin (LukE) from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL. 提交 2011-04-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–306（306 aa）
未记录 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；Protein: 7mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris, pH 8.3. Screen: JCSG+, D7, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, 40% v/v PEG 400. VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.20 Å R-free 0.224
7P8S Crystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus at 1.9 Angstrom resolution 提交 2021-07-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–306（300 aa）
未记录 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 MHA (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Ammonium sulfate, 0.05 M Magnesium sulfate heptahydrate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5 and 22.5 % v/v PEG Smear Medium
分辨率 1.90 Å R-free 0.203
7P8T Crystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus at 1.5 Angstrom resolution 提交 2021-07-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–306（300 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Imidazole.HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG 4000
分辨率 1.46 Å R-free 0.194
7P8U Crystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus in complex with p-cresyl sulfate 提交 2021-07-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–306（300 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 6EI (4-methylphenyl) hydrogen sulfate × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.1 M Imidazole.HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG 4000
分辨率 1.60 Å R-free 0.205
7P8X Crystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus in complex with a doubly sulfated CCR2 N-terminal peptide 提交 2021-07-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 7–306（300 aa）
未记录 IMD IMIDAZOLE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.1 M Imidazole.HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG 4000
分辨率 1.40 Å R-free 0.198

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LUKEV_STAA8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–301； UniProt 7–306

Atypical chemokine receptor 1

物种未注明

UniProt Q16570

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 34–46 链 M； UniProt 34–46 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Leucotoxin LukEv × 1 （Q2FXB0） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293.15 K；0.1 M Imidazole.HCl pH 8.0, 30% (w/v) MPD, 10% (w/v) PEG 4000 分辨率 1.55 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7P93 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4NUU Heterotrimer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 14–43（30 aa） 片段：unp residues 14-43
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4
分辨率 1.95 Å R-free 0.202
4NUV Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 14–43（30 aa） 片段：unp residues 14-43
链 D 14–43（30 aa） 片段：unp residues 14-43
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4
分辨率 2.60 Å R-free 0.233
4NUV Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 14–43（30 aa） 片段：unp residues 14-43
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4
分辨率 2.60 Å R-free 0.233
4NUV Heterotetramer structure of Region II from Plasmodium vivax Duffy Binding Protein (PvDBP) bound to the ectodomain of the Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC) 提交 2013-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 14–43（30 aa） 片段：unp residues 14-43
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；0.1 M HEPES and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 7.4
分辨率 2.60 Å R-free 0.233
8JPS Structure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7 (Composite map) 提交 2023-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 46–312（267 aa）
链 B 46–312（267 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.65 Å
8YNF Structure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CXCL8 提交 2024-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2–336（335 aa）
链 B 2–336（335 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.65 Å

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACKR1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 2–14； UniProt 34–46 作者链 M； PDB构建体 2–14； UniProt 34–46

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7p93

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7p93
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7p93
沉积日期 deposition_date2021-07-23
结构标题 titleCrystal Structure of leukotoxin LukE from Staphylococcus aureus in complex with a sulfated ACKR1 N-terminal peptide
关键词 keywordsleukotoxin, beta barrel pore forming toxin, cytolysis, hemolysis, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.27 Å
零角强度 I(0) i019924100.00
分子量 molecular_weight33511.0 kDa
排除体积 excluded_volume41718 ų
包络体积 envelope_volume48910 ų
水化壳体积 shell_volume19454 ų
包络直径 envelope_diameter83.9 Å
壳层 Rg shell_rg27.86 Å
包络 Rg envelope_rg22.87 Å
形状 Rg shape_rg22.25 Å
总 Rg total_rg23.06 Å
总原子数 total_atoms2369
残基数 n_residues296
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.0 Å
Rg (实空间) rg_real23.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19920000.0000
解质量估计 total_estimate0.8146
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.7 Å
偏度 Skewness skewness0.582
峰度 Kurtosis kurtosis-0.158
角度范围 angular_range— – 0.3450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6783000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.625; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.736; Smooth: 0.982
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7p93A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology240 — Leukocidin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leukocidin/porin MspA
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)