SAXSdb — 7p99

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUMO-specific isopeptidase USPL1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 213–516	未记录	Small ubiquitin-related modifier × 1 （A0A6J0CIQ7） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；311 K；0.2M Potassium thiocyanate, 0.1M Sodium Acetate pH 5.0, 8% PEG20000, 8% PEG500MME	分辨率 1.80 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7P99	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7ZJU Structure of human USPL1 in covalent complex with SUMO3-2Br probe 提交 2022-04-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 218–502（285 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 OXU 2-bromanylethanamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；100 mM Tris pH 8.8, 19% PEG6000, 200 mM CaCl2	分辨率 2.17 Å R-free 0.238
7ZJU Structure of human USPL1 in covalent complex with SUMO3-2Br probe 提交 2022-04-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 218–502（285 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 OXU 2-bromanylethanamine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；100 mM Tris pH 8.8, 19% PEG6000, 200 mM CaCl2	分辨率 2.17 Å R-free 0.238
7ZJV Structure of human USPL1 in covalent complex with DeltaN-SUMO2/3-PA probe 提交 2022-04-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 218–502（285 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；293 K；100 mM CHES pH 8.9, 34% PEG600	分辨率 2.40 Å R-free 0.258

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	USPL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 35–338； UniProt 213–516

Small ubiquitin-related modifier

Peromyscus maniculatus bairdii

UniProt A0A6J0CIQ7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 19–99	未记录	SUMO-specific isopeptidase USPL1 × 1 （Q5W0Q7） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；311 K；0.2M Potassium thiocyanate, 0.1M Sodium Acetate pH 5.0, 8% PEG20000, 8% PEG500MME	分辨率 1.80 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6J0CIQ7_PERMB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 21–101； UniProt 19–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7p99
沉积日期 deposition_date	2021-07-26
结构标题 title	Structure of human USPL1 in complex with SUMO2
关键词 keywords	USPL1, SUMO2, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.95 Å
零角强度 I(0) i0	27141400.00
分子量 molecular_weight	40179.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50328 Å³
包络体积 envelope_volume	58605 Å³
水化壳体积 shell_volume	23371 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.7 Å
壳层 Rg shell_rg	27.79 Å
包络 Rg envelope_rg	21.18 Å
形状 Rg shape_rg	20.89 Å
总 Rg total_rg	22.01 Å
总原子数 total_atoms	2824
残基数 n_residues	345
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8715
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.283
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.230
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5115000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SUMO-specific isopeptidase USPL1
分子量 formula_weight	38686.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3000

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSPLESKCTSFPQALCVQWKNAYALCWLDCILSALVHSEELKNTVTGLCSKEESIFWRLLTKYNQANTLLYTSQLSGVKDGDCKKLTSEIFAEIETCLNEVRDEIFISLQPQLRCTLGDMESPVFAFPLLLKLETHIEKLFLYSFSWDFECSQCGHQYQNRHMKSLVTFTNVIPEWHPLNAAHFGPCNNCNSKSQIRKMVLEKVSPIFMLHFVEGLPQNDLQHYAFHFEGCLYQITSVIQYRANNHFITWILDADGSWLECDDLKGPCSERHKKFEVPASEIHIVIWERKISQVTDKEAACLPLKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small ubiquitin-related modifier
分子量 formula_weight	11494.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHNDHINLKVAGQDGSVVQFKIKRHTPLSKLMKAYSERQGLSMRQIRFRFDGQPINETDTPAQLEMEDEDTIDVFQQQTGAVY

来源 Source

来源生物 organism	Peromyscus maniculatus bairdii
通用名 common_name	Prairie deer mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	230844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	176

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.709 Å
晶胞边长 b length_b	69.884 Å
晶胞边长 c length_c	53.643 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	41.040 Å
R 因子 r_factor	0.1756
R_work r_work	0.1745
R_free r_free	0.1974

fit	/app/data/saxs_computation/p9/7p99/7p99.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p9/7p99/7p99.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p9/7p99/7p99.dat

Structure of human USPL1 in complex with SUMO2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUMO-specific isopeptidase USPL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small ubiquitin-related modifier

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)