7pcq

Human carboxyhemoglobin bound to Staphylococcus aureus hemophore IsdB - 1:1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 98.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin subunit alpha

物种未注明

UniProt P69905

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–142 链 C; UniProt 2–142 未记录 Hemoglobin subunit beta × 2 (P68871) Iron-regulated surface determinant protein B × 1 (Q8NX66) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2;CHAPSO was added immediately before plunge freezing to overcome preferred orientation of the particles in the vitreous ice. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.62 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、412 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–141; UniProt 2–142 作者链 C; PDB构建体 1–141; UniProt 2–142

Hemoglobin subunit beta

物种未注明

UniProt P68871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–147 链 D; UniProt 2–147 未记录 Hemoglobin subunit alpha × 2 (P69905) Iron-regulated surface determinant protein B × 1 (Q8NX66) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2;CHAPSO was added immediately before plunge freezing to overcome preferred orientation of the particles in the vitreous ice. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.62 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 343 个其他 PDB 条目、399 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HBB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–146; UniProt 2–147 作者链 D; PDB构建体 1–146; UniProt 2–147

Iron-regulated surface determinant protein B

Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2

UniProt Q8NX66

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 125–485 未记录 Hemoglobin subunit alpha × 2 (P69905) Hemoglobin subunit beta × 2 (P68871) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2;CHAPSO was added immediately before plunge freezing to overcome preferred orientation of the particles in the vitreous ice. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.62 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ISDB_STAAW
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 2–362; UniProt 125–485

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7pcq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7pcq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7pcq
沉积日期 deposition_date2021-08-03
结构标题 titleHuman carboxyhemoglobin bound to Staphylococcus aureus hemophore IsdB - 1:1 complex
关键词 keywordsIron acquisition, Hemophore, Hemoglobin, NEAT domain, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.73
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.73
零角强度 I(0) i0160691000.00
分子量 molecular_weight103690.0 kDa
排除体积 excluded_volume130970 ų
包络体积 envelope_volume163470 ų
水化壳体积 shell_volume43779 ų
包络直径 envelope_diameter100.0
壳层 Rg shell_rg38.46
包络 Rg envelope_rg30.47
形状 Rg shape_rg30.70
总 Rg total_rg31.54
总原子数 total_atoms7321
残基数 n_residues911
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.4
Rg (实空间) rg_real31.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real1.6070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal160700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9077
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.4
偏度 Skewness skewness0.152
峰度 Kurtosis kurtosis-0.562
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26120000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.966

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id7pcqE01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1850
结构域编号 domain_id7pcqE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1270
结构域编号 domain_id7pcqE03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1850

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)