7pil

Cryo-EM structure of the Rhodobacter sphaeroides RC-LH1-PufXY monomer complex at 2.5 A

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Light-harvesting protein B-875 alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Light-harvesting protein B-875 beta chain × 14 （Q3J1A3） Reaction center protein H chain × 1 （Q3J170） Reaction center protein L chain × 1 （Q3J1A5） Reaction center protein M chain × 1 （Q3J1A6） RC-Y × 1 （U5NME9） Intrinsic membrane protein PufX × 1 （P13402） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 32 SPHEROIDENE × 26 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 UBIQUINONE-1 × 1 ;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ; × 1 FE (III) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHA1_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AA； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AB； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AC； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AD； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AE； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AF； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AG； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AH； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AI； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AJ； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AK； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AL； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AM； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 AN； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55

Light-harvesting protein B-875 beta chain

物种未注明

UniProt Q3J1A3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 14 （Q3J1A4） Reaction center protein H chain × 1 （Q3J170） Reaction center protein L chain × 1 （Q3J1A5） Reaction center protein M chain × 1 （Q3J1A6） RC-Y × 1 （U5NME9） Intrinsic membrane protein PufX × 1 （P13402） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 32 SPHEROIDENE × 26 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 UBIQUINONE-1 × 1 ;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ; × 1 FE (III) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LHB1_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 BA； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BB； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BC； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BD； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BE； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BF； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BG； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BH； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BI； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BJ； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BK； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BL； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BM； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49 作者链 BN； PDB构建体 1–43； UniProt 7–49

Reaction center protein H chain

物种未注明

UniProt Q3J170

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 14 （Q3J1A4） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 14 （Q3J1A3） Reaction center protein L chain × 1 （Q3J1A5） Reaction center protein M chain × 1 （Q3J1A6） RC-Y × 1 （U5NME9） Intrinsic membrane protein PufX × 1 （P13402） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 32 SPHEROIDENE × 26 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 UBIQUINONE-1 × 1 ;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ; × 1 FE (III) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RCEH_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246

Reaction center protein L chain

物种未注明

UniProt Q3J1A5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 14 （Q3J1A4） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 14 （Q3J1A3） Reaction center protein H chain × 1 （Q3J170） Reaction center protein M chain × 1 （Q3J1A6） RC-Y × 1 （U5NME9） Intrinsic membrane protein PufX × 1 （P13402） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 32 SPHEROIDENE × 26 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 UBIQUINONE-1 × 1 ;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ; × 1 FE (III) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RCEL_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–281； UniProt 2–282

Reaction center protein M chain

物种未注明

UniProt Q3J1A6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 14 （Q3J1A4） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 14 （Q3J1A3） Reaction center protein H chain × 1 （Q3J170） Reaction center protein L chain × 1 （Q3J1A5） RC-Y × 1 （U5NME9） Intrinsic membrane protein PufX × 1 （P13402） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 32 SPHEROIDENE × 26 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 UBIQUINONE-1 × 1 ;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ; × 1 FE (III) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RCEM_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–307； UniProt 2–308

RC-Y

物种未注明

UniProt U5NME9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 14 （Q3J1A4） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 14 （Q3J1A3） Reaction center protein H chain × 1 （Q3J170） Reaction center protein L chain × 1 （Q3J1A5） Reaction center protein M chain × 1 （Q3J1A6） Intrinsic membrane protein PufX × 1 （P13402） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 32 SPHEROIDENE × 26 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 UBIQUINONE-1 × 1 ;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ; × 1 FE (III) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	U5NME9_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 UU； PDB构建体 1–49； UniProt 3–51

Intrinsic membrane protein PufX

物种未注明

UniProt P13402

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Light-harvesting protein B-875 alpha chain × 14 （Q3J1A4） Light-harvesting protein B-875 beta chain × 14 （Q3J1A3） Reaction center protein H chain × 1 （Q3J170） Reaction center protein L chain × 1 （Q3J1A5） Reaction center protein M chain × 1 （Q3J1A6） RC-Y × 1 （U5NME9） BACTERIOCHLOROPHYLL A × 32 SPHEROIDENE × 26 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 4 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 UBIQUINONE-10 × 2 UBIQUINONE-1 × 1 ;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ; × 1 FE (III) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PUFX_RHOS4
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–55； UniProt 15–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7pil
沉积日期 deposition_date	2021-08-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Rhodobacter sphaeroides RC-LH1-PufXY monomer complex at 2.5 A
关键词 keywords	Photosynthetic bacteria, light harvesting complex, Cryo-EM, RC-LH1, RC-LH1-PufX, RC-LH1-PufX-Y, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7pil__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7pil__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7pil__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.31 Å
Rg（电子密度）	43.87 Å
总 Rg	44.34 Å
原子数	22476
残基数	2291
排除体积	423170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7pil__assembly_1__model_1`	33-meric （33）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (17)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-875 alpha chain
分子量 formula_weight	6516.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,AB,AC,AD,AE,AF,AG,AH,AI,AJ,AK,AL,AM,AN
原子数 atom_count	22480

MSKFYKIWMIFDPRRVFVAQGVFLFLLAVMIHLILLSTPSYNWLEISAAKYNRVA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Light-harvesting protein B-875 beta chain
分子量 formula_weight	4943.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BA,BB,BC,BD,BE,BF,BG,BH,BI,BJ,BK,BL,BM,BN

LGYTGLTDEQAQELHSVYMSGLWLFSAVAIVAHLAVYIWRPWF

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein H chain
分子量 formula_weight	26544.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MVGVTAFGNFDLASLAIYSFWIFLAGLIYYLQTENMREGYPLENEDGTPAANQGPFPLPKPKTFILPHGRGTLTVPGPESEDRPIALARTAVSEGFPHAPTGDPMKDGVGPASWVARRDLPELDGHGHNKIKPMKAAAGFHVSAGKNPIGLPVRGCDLEIAGKVVDIWVDIPEQMARFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGGLMYAAP

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	31346.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAPLAKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSNTGYTYGNFHYNPAHMIAISFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLSAVFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	34398.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

AEYQNIFSQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAGWNPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMVLGFIRPILMGSWSEAVPYGIFSHLDWTNNFSLVHGNLFYNPFHGLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGERELEQIADRGTAAERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAIWMAVLVTLTGGIGILLSGTVVDNWYVWGQNHGMAPLN

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RC-Y
分子量 formula_weight	5126.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	UU

EVSEFAFRLMMAAVIFVGVGIMFAFAGGHWFVGLVVGGLVAAFFAATPN

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Intrinsic membrane protein PufX
分子量 formula_weight	5980.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

PKTNLRLWVAFQMMKGAGWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGLMLPIQENQAPAPNITG

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	SPHEROIDENE
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-1
分子量 formula_weight	250.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	;(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate ;
分子量 formula_weight	1241.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 17 Entity 17 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	250613

Cryo-EM structure of the Rhodobacter sphaeroides RC-LH1-PufXY monomer complex at 2.5 A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Light-harvesting protein B-875 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Light-harvesting protein B-875 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein H chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein L chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Reaction center protein M chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RC-Y

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Intrinsic membrane protein PufX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7pil__assembly_1__model_1

7pil__assembly_1__model_1 | I(q)

7pil__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (17)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer