SAXSdb — 7ppa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone morphogenetic protein 10

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 317–424 链 B； UniProt 317–424	未记录	Bone morphogenetic protein receptor type-2 × 2 （Q13873） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；294.15 K；14% PEG 3350 0.19 M Ammonium citrate dibasic 0.02 M Sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 1.48 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7PPA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6SF1 Bone morphogenetic protein 10 (BMP10) complexed with extracellular domain of activin receptor-like kinase 1 (ALK1). 提交 2019-07-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 317–424（108 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；17% PEG 3350, 0.175 M NH4I, 0.1 M HEPES pH 7.8	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
6SF3 Bone morphogenetic protein 10 (BMP10) in complex with extracellular domain of activin receptor-like kinase 1 (ALK1) at 2.3 Angstrom 提交 2019-07-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 317–424（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.07 M Amino acids (0.014 M DL-Glutamic acids monohydrate; 0.014 M DL-Alanine; 0.014 M Glycine; 0.014 M DL-Lysine monohydrochloride; 0.014 M DL-Serine), 0.07 M Buffer System 3 (0.07 M Tris(base)/BICINE), 35% Precipitant Mix 4 (9% v/v MPD, 9% w/v PEG 1000, 9% w/ PEG3350)	分辨率 2.30 Å R-free 0.243
7POI Prodomain bound BMP10 crystal form 1 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 317–424（108 aa）链 B 317–424（108 aa）链 C 22–316（295 aa）链 D 22–316（295 aa）	未记录	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；294.15 K；19% PEG 3350 0.15 M Ammonium tartrate dibasic 0.02 M Sodium cacodylate trihydrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.268
7POJ Prodomain bound BMP10 crystal form 2 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 317–424（108 aa）链 B 317–424（108 aa）链 C 22–316（295 aa）链 D 22–316（295 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；294.15 K；20% PEG3350 0.2 M ammonium tartrate dibasic	分辨率 3.50 Å R-free 0.300
7PPB 2.4 angstrom crystal structure of bone morphogenetic protein receptor type II (BMPRII) extracellular domain in complex with BMP10 提交 2021-09-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 317–424（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294.15 K；14% PEG 3350 0.14 M KCl	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
7PPC Ternary signalling complex of BMP10 bound to ALK1 and BMPRII 提交 2021-09-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 317–424（108 aa）链 B 317–424（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294.15 K；20% PEG 3350 0.2 M Calcium acetate hydrate	分辨率 3.60 Å R-free 0.282
7PPC Ternary signalling complex of BMP10 bound to ALK1 and BMPRII 提交 2021-09-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 317–424（108 aa）链 D 317–424（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294.15 K；20% PEG 3350 0.2 M Calcium acetate hydrate	分辨率 3.60 Å R-free 0.282
9DPY BMP-10 with BMP-9 Crystal Contacts 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–424（105 aa）链 B 320–424（105 aa）	突变：N357F, Y358F, A374T, Y409L, F411Y 突变：N357F, Y358F, A374T, Y409L, F411Y	PO4 PHOSPHATE ION × 13 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；25% (v/v) 1,2-propanediol, 100 mM sodium phosphate dibasic/potassium phosphate monobasic pH 6.2, 10% (v/v) glycerol	分辨率 1.77 Å R-free 0.251

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMP10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 317–424 作者链 B； PDB构建体 1–108； UniProt 317–424

Bone morphogenetic protein receptor type-2

Homo sapiens

UniProt Q13873

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 27–150 链 D； UniProt 27–150	未记录	Bone morphogenetic protein 10 × 2 （O95393） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；294.15 K；14% PEG 3350 0.19 M Ammonium citrate dibasic 0.02 M Sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 1.48 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7PPA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3G2F Crystal structure of the kinase domain of bone morphogenetic protein receptor type II (BMPR2) at 2.35 A resolution 提交 2009-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 189–517（329 aa）片段：UNP residues 189-517, protein kinase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.3M ammonium_sulfate, 25% w/v PEG 8000, 0.1M Cacodylate pH6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.246
3G2F Crystal structure of the kinase domain of bone morphogenetic protein receptor type II (BMPR2) at 2.35 A resolution 提交 2009-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 189–517（329 aa）片段：UNP residues 189-517, protein kinase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.3M ammonium_sulfate, 25% w/v PEG 8000, 0.1M Cacodylate pH6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.246
6UNP Crystal structure of the kinase domain of BMPR2-D485G 提交 2019-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 188–529（342 aa）片段：kinase domain	突变：D485G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 7 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.1 M Na Cacodylate, pH 6.0, 0.3 M Ammonium sulfate, 22% w/v PEG 8000	分辨率 2.30 Å R-free 0.211
6UNP Crystal structure of the kinase domain of BMPR2-D485G 提交 2019-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 188–529（342 aa）片段：kinase domain	突变：D485G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 11 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.1 M Na Cacodylate, pH 6.0, 0.3 M Ammonium sulfate, 22% w/v PEG 8000	分辨率 2.30 Å R-free 0.211
7PPB 2.4 angstrom crystal structure of bone morphogenetic protein receptor type II (BMPRII) extracellular domain in complex with BMP10 提交 2021-09-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–150（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294.15 K；14% PEG 3350 0.14 M KCl	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
7PPC Ternary signalling complex of BMP10 bound to ALK1 and BMPRII 提交 2021-09-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 27–150（124 aa）链 J 27–150（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294.15 K；20% PEG 3350 0.2 M Calcium acetate hydrate	分辨率 3.60 Å R-free 0.282
7PPC Ternary signalling complex of BMP10 bound to ALK1 and BMPRII 提交 2021-09-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 K 27–150（124 aa）链 L 27–150（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294.15 K；20% PEG 3350 0.2 M Calcium acetate hydrate	分辨率 3.60 Å R-free 0.282
7U5O CRYSTAL STRUCTURE OF THE BONE MORPHOGENETIC PROTEIN RECEPTOR TYPE 2 LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVIN-B 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 27–137（111 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；294 K；175 mM Ammonium Sulfate 100 mM Bis Tris 14% PEG 3000	分辨率 3.45 Å R-free 0.284
7U5O CRYSTAL STRUCTURE OF THE BONE MORPHOGENETIC PROTEIN RECEPTOR TYPE 2 LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVIN-B 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 27–137（111 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；294 K；175 mM Ammonium Sulfate 100 mM Bis Tris 14% PEG 3000	分辨率 3.45 Å R-free 0.284
7U5O CRYSTAL STRUCTURE OF THE BONE MORPHOGENETIC PROTEIN RECEPTOR TYPE 2 LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH ACTIVIN-B 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 27–137（111 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；294 K；175 mM Ammonium Sulfate 100 mM Bis Tris 14% PEG 3000	分辨率 3.45 Å R-free 0.284

共 5 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMPR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–125； UniProt 27–150 作者链 D； PDB构建体 2–125； UniProt 27–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ppa
沉积日期 deposition_date	2021-09-13
结构标题 title	High resolution structure of bone morphogenetic protein receptor type II (BMPRII) extracellular domain in complex with BMP10
关键词 keywords	BMPRII BMP10 TGF-beta ligand and receptor Signalling complex, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.71 Å
零角强度 I(0) i0	35155600.00
分子量 molecular_weight	45342.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56276 Å³
包络体积 envelope_volume	78169 Å³
水化壳体积 shell_volume	23069 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.4 Å
壳层 Rg shell_rg	34.97 Å
包络 Rg envelope_rg	30.20 Å
形状 Rg shape_rg	29.74 Å
总 Rg total_rg	30.13 Å
总原子数 total_atoms	6207
残基数 n_residues	412
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.4 Å
Rg (实空间) rg_real	30.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35150000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7797
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.473
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.514
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4946000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.591; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.385; Smooth: 0.977

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bone morphogenetic protein 10
分子量 formula_weight	12177.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6812

NAKGNYCKRTPLYIDFKEIGWDSWIIAPPGYEAYECRGVCNYPLAEHLTPTKHAIIQALVHLKNSQKASKACCVPTKLEPISILYLDKGVVTYKFKYEGMAVSECGCR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Bone morphogenetic protein receptor type-2
分子量 formula_weight	13965.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.30
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSQNQERLCAFKDPYQQDLGIGESRISHENGTILCSKGSTCYGLWEKSKGDINLVKQGCWSHIGDPQECHYEECVVTTTPPSIQNGTYRFCCCSTDLCNVNFTENFPPPDTTPLSPPHSFNRDET

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	352

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	44.718 Å
晶胞边长 b length_b	47.228 Å
晶胞边长 c length_c	250.085 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.480 Å
最低分辨率 resolution_low	125.040 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1646
R_free r_free	0.2066

fit	/app/data/saxs_computation/pp/7ppa/7ppa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pp/7ppa/7ppa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pp/7ppa/7ppa.dat

High resolution structure of bone morphogenetic protein receptor type II (BMPRII) extracellular domain in complex with BMP10

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone morphogenetic protein 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Bone morphogenetic protein receptor type-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)