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7prn

E1M, D97A, E99A MUTANT OF RH. BLASTICA PORIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PORIN

Rhodobacter blasticus

UniProt P39767

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–289 突变：E1M, D97A, E99A C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.8；pH 7.8 分辨率 2.25 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7PRN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BH3 E1M, A116K MUTANT OF RH. BLASTICA PORIN 提交 1998-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–289（288 aa）
突变：E1M, A116K C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；DROP: PROTEIN 5MG/ML, TRISCL 20MM PH=7.2, LICL 300MM, NAN3 3 MM, PEG600 10-18% RESERVOIR: PEG600 30-38%
分辨率 2.19 Å R-free 0.181
1H6S Asymmetric conductivity of engineered proteins 提交 2001-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 1 1–203（203 aa）
链 1 204–289（86 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.8；50 MM NAOAC PH 4.75, 100 MM (NH4)2SO4, 5.5 % PEG4000
分辨率 3.00 Å R-free 0.210
1PRN REFINED STRUCTURE OF PORIN FROM RHODOPSEUDOMONAS BLASTICA AND COMPARISON WITH THE PORIN FROM RHODOBACTER CAPSULATUS 提交 1994-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–289（289 aa）
未记录 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 9 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.96 Å
2PRN RHODOPSEUDOMONAS BLASTICA PORIN, TRIPLE MUTANT E1M, E99W, A116W 提交 1998-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–289（288 aa）
突变：E1M, E99W, A116W MG MAGNESIUM ION × 3 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8
分辨率 1.93 Å R-free 0.205
3PRN E1M, A104W MUTANT OF RH. BLASTICA PORIN 提交 1998-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–289（288 aa）
突变：E1M, A104W MG MAGNESIUM ION × 3 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8
分辨率 1.90 Å R-free 0.190
5PRN E1M, Y96W, S119W MUTANT OF RH. BLASTICA PORIN 提交 1998-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–289（288 aa）
突变：E1M, Y96W, S119W C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8
分辨率 2.00 Å R-free 0.188
6PRN E1M, K50A, R52A MUTANT OF RH. BLASTICA PORIN 提交 1998-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–289（288 aa）
突变：E1M, K50A, R52A C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8
分辨率 2.04 Å R-free 0.186
8PRN E1M, K50A, R52A, D97A, E99A MUTANT OF RH. BLASTICA PORIN 提交 1998-06-12 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–289（288 aa）
突变：E1M, K50A, R52A, D97A, E99A C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2
分辨率 2.30 Å R-free 0.215

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PORI_RHOBL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–289； UniProt 2–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7prn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7prn
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7prn
沉积日期 deposition_date1998-06-12
结构标题 titleE1M, D97A, E99A MUTANT OF RH. BLASTICA PORIN
关键词 keywordsINTEGRAL MEMBRANE PROTEIN, PORIN, PORE EYELET MUTANT, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.96 Å
零角强度 I(0) i017287100.00
分子量 molecular_weight30779.0 kDa
排除体积 excluded_volume38077 ų
包络体积 envelope_volume48702 ų
水化壳体积 shell_volume20218 ų
包络直径 envelope_diameter70.3 Å
壳层 Rg shell_rg26.74 Å
包络 Rg envelope_rg19.79 Å
形状 Rg shape_rg19.94 Å
总 Rg total_rg20.94 Å
总原子数 total_atoms2177
残基数 n_residues289
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.5 Å
Rg (实空间) rg_real20.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17290000.0000
解质量估计 total_estimate0.8499
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6 Å
偏度 Skewness skewness0.064
峰度 Kurtosis kurtosis-0.321
角度范围 angular_range— – 0.3850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2108000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.682; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd7prna_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.1 — Porin

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7prnA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Porin
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)