7pyv

Crystal structure of human UBA6 in complex with the ubiquitin-like modifier FAT10

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 146.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6,Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 1,Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

Homo sapiens

UniProt A0AVT1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–623 链 A; UniProt 900–1052 未记录 UBD × 1 (A0A1U9X8S9) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;277 K;0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.4, 25% PEG 6000 分辨率 3.27 Å R-free 0.239
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–623 链 B; UniProt 900–1052 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;277 K;0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.4, 25% PEG 6000 分辨率 3.27 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBA6_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–623; UniProt 1–623 作者链 A; PDB构建体 893–1045; UniProt 900–1052 作者链 B; PDB构建体 1–623; UniProt 1–623 作者链 B; PDB构建体 893–1045; UniProt 900–1052

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6,Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 1,Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

Homo sapiens

UniProt P22314

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 631–899 未记录 UBD × 1 (A0A1U9X8S9) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;277 K;0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.4, 25% PEG 6000 分辨率 3.27 Å R-free 0.239
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 631–899 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;277 K;0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.4, 25% PEG 6000 分辨率 3.27 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 624–892; UniProt 631–899 作者链 B; PDB构建体 624–892; UniProt 631–899

UBD

Homo sapiens

UniProt A0A1U9X8S9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 7–165 未记录 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6,Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 1,Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 × 1 (A0AVT1,P22314) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;277 K;0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.4, 25% PEG 6000 分辨率 3.27 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A1U9X8S9_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–159; UniProt 7–165

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7pyv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7pyv
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7pyv
沉积日期 deposition_date2021-10-11
结构标题 titleCrystal structure of human UBA6 in complex with the ubiquitin-like modifier FAT10
关键词 keywords;ubiquitin activating enzyme UBA6, human leukocyte antigen (HLA)-F adjacent transcript 10(FAT10), FAT10ylation, post-translational modification, ubiquitin-like modifier, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.04
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.75
零角强度 I(0) i0778620000.00
分子量 molecular_weight234320.0 kDa
排除体积 excluded_volume295080 ų
包络体积 envelope_volume430470 ų
水化壳体积 shell_volume79263 ų
包络直径 envelope_diameter155.8
壳层 Rg shell_rg50.25
包络 Rg envelope_rg44.13
形状 Rg shape_rg44.75
总 Rg total_rg44.99
总原子数 total_atoms32955
残基数 n_residues2092
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax146.4
Rg (实空间) rg_real44.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.89
I(0) (实空间) i0_real7.7860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal778700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8808
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary54.4
偏度 Skewness skewness0.314
峰度 Kurtosis kurtosis-0.260
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha101600000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.777

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7pyvC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id7pyvC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)