7q42

Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of chromatin reader BAZ2B

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

Homo sapiens

UniProt O95714

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2938–3342 未记录 Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B × 1 (Q9UIF8) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293.15 K;hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate 分辨率 1.95 Å R-free 0.206
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2938–3342 未记录 Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B × 1 (Q9UIF8) CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293.15 K;hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate 分辨率 1.95 Å R-free 0.206
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 2938–3342 未记录 Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B × 1 (Q9UIF8) CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293.15 K;hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate 分辨率 1.95 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HERC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–405; UniProt 2938–3342 作者链 C; PDB构建体 1–405; UniProt 2938–3342 作者链 E; PDB构建体 1–405; UniProt 2938–3342

Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

物种未注明

UniProt Q9UIF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 649–663 未记录 E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 × 1 (O95714) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293.15 K;hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate 分辨率 1.95 Å R-free 0.206
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 649–663 未记录 E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 × 1 (O95714) CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293.15 K;hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate 分辨率 1.95 Å R-free 0.206
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 649–663 未记录 E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 × 1 (O95714) CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293.15 K;hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate 分辨率 1.95 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 263 个其他 PDB 条目、269 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAZ2B_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–15; UniProt 649–663 作者链 D; PDB构建体 1–15; UniProt 649–663 作者链 F; PDB构建体 1–15; UniProt 649–663

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7q42

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7q42
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7q42
沉积日期 deposition_date2021-10-29
结构标题 titleCrystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of chromatin reader BAZ2B
关键词 keywords;7-bladed beta-propeller E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 RCC1-like Domain2 RLD2 BAZ2B chromatin reader DXDKDED motif, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.76
零角强度 I(0) i0238034000.00
分子量 molecular_weight120500.0 kDa
排除体积 excluded_volume149400 ų
包络体积 envelope_volume180470 ų
水化壳体积 shell_volume44082 ų
包络直径 envelope_diameter107.0
壳层 Rg shell_rg40.58
包络 Rg envelope_rg33.62
形状 Rg shape_rg33.72
总 Rg total_rg34.35
总原子数 total_atoms8472
残基数 n_residues1132
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.8
Rg (实空间) rg_real33.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80
I(0) (实空间) i0_real2.3800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.98
I(0) (倒空间) i0_reciprocal238000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8373
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary35.4
偏度 Skewness skewness0.134
峰度 Kurtosis kurtosis-0.743
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66490000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)