7qbf

TC:CD320 in complex with nanobody TC-Nb34

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcobalamin-2

Homo sapiens

UniProt P20062

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CD320 antigen × 1 （Q9NPF0） Anti-transcobalamin-2 nanobody TC-Nb34 × 1 IODIDE ION × 16 1,2-ETHANEDIOL × 27 CYANOCOBALAMIN × 1 CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TCO2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–409； UniProt 19–427

CD320 antigen

Homo sapiens

UniProt Q9NPF0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Transcobalamin-2 × 1 （P20062） Anti-transcobalamin-2 nanobody TC-Nb34 × 1 IODIDE ION × 16 1,2-ETHANEDIOL × 27 CYANOCOBALAMIN × 1 CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD320_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–147； UniProt 52–198

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7qbf
沉积日期 deposition_date	2021-11-19
结构标题 title	TC:CD320 in complex with nanobody TC-Nb34
关键词 keywords	Transcobalamin, TC2, CD320, TCblR, B12, nanobody, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7qbf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7qbf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7qbf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.13 Å
Rg（电子密度）	27.31 Å
总 Rg	27.84 Å
原子数	9600
残基数	612
排除体积	88312 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7qbf__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcobalamin-2
分子量 formula_weight	45679.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10278

EMCEIPEMDSHLVEKLGQHLLPWMDRLSLEHLNPSIYVGLRLSSLQAGTKEDLYLHSLKLGYQQCLLGSAFSEDDGDCQGKPSMGQLALYLLALRANCEFVRGHKGDRLVSQLKWFLEDEKRAIGHDHKGHPHTSYYQYGLGILALCLHQKRVHDSVVDKLLYAVEPFHQGHHSVDTAAMAGLAFTCLKRSNFNPGRRQRITMAIRTVREEILKAQTPEGHFGNVYSTPLALQFLMTSPMRGAELGTACLKARVALLASLQDGAFQNALMISQLLPVLNHKTYIDLIFPDCLAPRVMLEPAAETIPQTQEIISVTLQVLSLLPPYRQSISVLAGSTVEDVLKKAHELGGFTYETQASLSGPYLTSVMGKAAGEREFWQLLRDPNTPLLQGIADYRPKDGETIELRLVSW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CD320 antigen
分子量 formula_weight	15613.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSCPPTKFQCRTSGLCVPLTWRCDRDLDCSDGSDEEECRIEPCTQKGQCPPPPGLPCPCTGVSDCSGGTDKKLRNCSRLACLAGELRCTLSDDCIPLTWRCDGHPDCPDSSDELGCGTNEILPEGDATTMGPPVTLESVTSLRNATT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Anti-transcobalamin-2 nanobody TC-Nb34
分子量 formula_weight	14898.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QWQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGSTFSSYAMGWYRQAPGKECELVAAISRAGGSTNYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCNAAAEGETGSNWSLCEEYDYWGKGTRVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	27

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CYANOCOBALAMIN
分子量 formula_weight	1356.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	407

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7qbfB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	104.822 Å
晶胞边长 b length_b	104.822 Å
晶胞边长 c length_c	167.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	49.270 Å
R 因子 r_factor	0.1759
R_work r_work	0.1744
R_free r_free	0.2048

TC:CD320 in complex with nanobody TC-Nb34

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcobalamin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CD320 antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7qbf__assembly_1__model_1

7qbf__assembly_1__model_1 | I(q)

7qbf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

TC:CD320 in complex with nanobody TC-Nb34

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcobalamin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CD320 antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7qbf__assembly_1__model_1

7qbf__assembly_1__model_1 | I(q)

7qbf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)