SAXSdb — 7qf7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 132–264	片段：CBM21 domain (residues 132-264) 突变：First residue S derives from the expression tag	Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；3 M NaCl	分辨率 1.47 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7QF7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7QFA Monoclinic crystal structure of PTG CBM21 in complex with beta-cyclodextrin 提交 2021-12-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 132–264（133 aa）片段：CBM21 domain (residues 132-264)	突变：First residue S derives from the expression tag	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；25% PEG 1500	分辨率 2.00 Å R-free 0.212
7QFA Monoclinic crystal structure of PTG CBM21 in complex with beta-cyclodextrin 提交 2021-12-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 132–264（133 aa）片段：CBM21 domain (residues 132-264)	突变：First residue S derives from the expression tag	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；25% PEG 1500	分辨率 2.00 Å R-free 0.212
7QFA Monoclinic crystal structure of PTG CBM21 in complex with beta-cyclodextrin 提交 2021-12-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 132–264（133 aa）片段：CBM21 domain (residues 132-264)	突变：First residue S derives from the expression tag	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；25% PEG 1500	分辨率 2.00 Å R-free 0.212
7QFB Crystal structure of Protein Phosphatase 1 in complex with PP1-binding peptide from PTG 提交 2021-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 81–107（27 aa）片段：peptide 81-107	未记录	GOL GLYCEROL × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6 M Lithium sulfate, 1.4 M sodium malonate	分辨率 2.05 Å R-free 0.191
7QM2 Crystal structure of the PP1/PTG/beta-cyclodextrin ternary complex 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 70–264（195 aa）片段：residues 70-264)	突变：First residues GPLGS derive from the expression tag	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium acetate, 1 M sodium malonate	分辨率 2.69 Å R-free 0.213
7QM2 Crystal structure of the PP1/PTG/beta-cyclodextrin ternary complex 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 70–264（195 aa）片段：residues 70-264)	突变：First residues GPLGS derive from the expression tag	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；0.1 M sodium acetate, 1 M sodium malonate	分辨率 2.69 Å R-free 0.213

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPR3C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–134； UniProt 132–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7qf7
沉积日期 deposition_date	2021-12-04
结构标题 title	Orthorhombic crystal structure of PTG CBM21 in complex with beta-cyclodextrin
关键词 keywords	carbohydrate binding, immunoglobulin-like fold, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.56 Å
零角强度 I(0) i0	5031880.00
分子量 molecular_weight	16119.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20120 Å³
包络体积 envelope_volume	22988 Å³
水化壳体积 shell_volume	12944 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.3 Å
壳层 Rg shell_rg	20.86 Å
包络 Rg envelope_rg	15.88 Å
形状 Rg shape_rg	15.53 Å
总 Rg total_rg	16.65 Å
总原子数 total_atoms	1134
残基数 n_residues	129
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.8 Å
Rg (实空间) rg_real	16.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0320e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9780e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5032000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7928
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	19.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.343
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.196
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1024000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C
分子量 formula_weight	15647.5 kDa
突变 mutation	First residue S derives from the expression tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1276

SKNLILDFPQPSTDYLSFRSHFQKNFVCLENCSLQERTVTGTVKVKNVSFEKKVQIRITFDSWKNYTDVDCVYMKNVYGGTDSDTFSFAIDLPPVIPTEQKIEFCISYHANGQVFWDNNDGQNYRIVHVQWKPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose)
分子量 formula_weight	1153.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	134

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7qf7A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2440 — Carbohydrate binding type-21 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.593 Å
晶胞边长 b length_b	56.443 Å
晶胞边长 c length_c	70.553 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.470 Å
最低分辨率 resolution_low	44.074 Å
R 因子 r_factor	0.1765
R_work r_work	0.1755
R_free r_free	0.1953

fit	/app/data/saxs_computation/qf/7qf7/7qf7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qf/7qf7/7qf7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qf/7qf7/7qf7.dat

Orthorhombic crystal structure of PTG CBM21 in complex with beta-cyclodextrin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction