SAXSdb — 7qvr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoaspartyl peptidase

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Beta-aspartyl-peptidase × 2 （A0A0A1A394） SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IAAA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AAA； PDB构建体 1–178； UniProt 1–178 作者链 CCC； PDB构建体 1–178； UniProt 1–178

Beta-aspartyl-peptidase

Escherichia coli

UniProt A0A0A1A394

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Isoaspartyl peptidase × 2 （P37595） SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0A1A394_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 BBB； PDB构建体 1–143； UniProt 179–321 作者链 DDD； PDB构建体 1–143； UniProt 179–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7qvr
沉积日期 deposition_date	2022-01-23
结构标题 title	Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-37 (G206S, R207T, D210S)
关键词 keywords	L-asparaginase, Ntn-hydrolase, EcAIII, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7qvr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7qvr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7qvr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.48 Å
Rg（电子密度）	23.55 Å
总 Rg	24.33 Å
原子数	4256
残基数	586
排除体积	75612 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7qvr__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoaspartyl peptidase
分子量 formula_weight	19013.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,CCC
原子数 atom_count	4833

MGKAVIAIHGGAGAISRAQMSLQQELRYIEALSAIVETGQKMLEAGESALDVVTEAVRLLEECPLFNAGIGAVFTRDETHELDACVMDGNTLKAGAVAGVSHLRNPVLAARLVMEQSPHVMMIGEGAENFAFARGMERVSPEIFSTSLRYEQLLAARKEGATVLDHSGAPLDEKQKMG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-aspartyl-peptidase
分子量 formula_weight	14374.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.5
突变 mutation	G206S, R207T, D210S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BBB,DDD

TVGAVALDLDGNLAAATSTGGMTNKLPSTVGSSPLVGAGCYANNASVAVSCTGTGEVFIRALAAYDIAALMDYGGLSLAEACERVVMEKLPALGGSGGLIAIDHEGNVALPFNTEGMYRAWGYAGDTPTTGIYREKGDTVATQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	526

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晶胞边长 a length_a	51.224 Å
晶胞边长 b length_b	74.112 Å
晶胞边长 c length_c	147.766 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.281 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2228
R_free r_free	0.2883

Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-37 (G206S, R207T, D210S)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoaspartyl peptidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-aspartyl-peptidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7qvr__assembly_1__model_1

7qvr__assembly_1__model_1 | I(q)

7qvr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Structure of E.coli Class 2 L-asparaginase EcAIII, mutant RDM1-37 (G206S, R207T, D210S)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoaspartyl peptidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-aspartyl-peptidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7qvr__assembly_1__model_1

7qvr__assembly_1__model_1 | I(q)

7qvr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)