7ra9

Designed StabIL-2 seq1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 52.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-2

Homo sapiens

UniProt P60568

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–153 突变:G27M, I28L, K32D, M39L, E52S, V69A, L72A, Q74G, S75D, K76D, N77P, F78K, H79T, L80I, delta81-82, L85V, I86V, I92F, V115I PO4 PHOSPHATE ION × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 10.5;295 K;0.2 M Li2SO4, 0.1 M CAPS pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4, and 0.8 M K2HPO4 分辨率 2.20 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、77 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–132; UniProt 21–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ra9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ra9
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ra9
沉积日期 deposition_date2021-06-30
结构标题 titleDesigned StabIL-2 seq1
关键词 keywordssynthetic protein, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.06
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.66
零角强度 I(0) i04459700.00
分子量 molecular_weight15046.0 kDa
排除体积 excluded_volume18863 ų
包络体积 envelope_volume21624 ų
水化壳体积 shell_volume12655 ų
包络直径 envelope_diameter52.4
壳层 Rg shell_rg20.33
包络 Rg envelope_rg15.09
形状 Rg shape_rg14.61
总 Rg total_rg15.93
总原子数 total_atoms1048
残基数 n_residues126
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.1
Rg (实空间) rg_real16.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.11
I(0) (实空间) i0_real4.4000e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4280e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4460000.0000
解质量估计 total_estimate0.6760
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary19.8
偏度 Skewness skewness0.305
峰度 Kurtosis kurtosis-0.130
角度范围 angular_range— – 0.4950 −1
当前正则化参数 α current_alpha8.7910
最高正则化参数 α highest_alpha609500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 0.925; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.397

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)