7rie

Plasmodium falciparum M17 in complex with inhibitor MIPS2571

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M17 leucyl aminopeptidase

Plasmodium falciparum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	CARBONATE ION × 6 ZINC ION × 12 PENTAETHYLENE GLYCOL × 5 N-{(1R)-2-(hydroxyamino)-1-[4'-(hydroxymethyl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]-2-oxoethyl}-2,2-dimethylpropanamide × 6 SULFATE ION × 5 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	CARBONATE ION × 6 ZINC ION × 12 PENTAETHYLENE GLYCOL × 4 N-{(1R)-2-(hydroxyamino)-1-[4'-(hydroxymethyl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]-2-oxoethyl}-2,2-dimethylpropanamide × 6 SULFATE ION × 6 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8IL11_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 B； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 C； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 D； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 E； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 F； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 G； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 H； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 I； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 J； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 K； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605 作者链 L； PDB构建体 1–521； UniProt 85–605

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7rie
沉积日期 deposition_date	2021-07-19
结构标题 title	Plasmodium falciparum M17 in complex with inhibitor MIPS2571
关键词 keywords	Aminopeptidase, Enzyme, Malaria, PEPTIDE BINDING PROTEIN, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7rie__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7rie__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7rie__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.48 Å
Rg（电子密度）	42.74 Å
总 Rg	42.94 Å
原子数	23723
残基数	3089
排除体积	425700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7rie__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7rie__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	M17 leucyl aminopeptidase
分子量 formula_weight	58577.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	49071

ASEVPQVVSLDPTSIPIEYNTPIHDIKVQVYDIKGGCNVEEGLTIFLVNNPGKENGPVKISSKVNDKQVSEFLKDENMEKFNVKLGTSKHFYMFNDNKNSVAVGYVGCGSVADLSEADMKRVVLSLVTMLHDNKLSKLTVVFEINVDKNLFRFFLETLFYEYMTDERFKSTDKNVNMEYIKHLGVYINNADTYKEEVEKARVYYFGTYYASQLIAAPSNYCNPVSLSNAAVELAQKLNLEYKILGVKELEELKMGAYLSVGKGSMYPNKFIHLTYKSKGDVKKKIALVGKGITFDSGGYNLKAAPGSMIDLMKFDMSGCAAVLGCAYCVGTLKPENVEIHFLSAVCENMVSKNSYRPGDIITASNGKTIEVGNTDAEGRLTLADALVYAEKLGVDYIVDIATLTGAMLYSLGTSYAGVFGNNEELINKILQSSKTSNEPVWWLPIINEYRATLNSKYADINQISSSVKASSIVASLFLKEFVQNTAWAHIDIAGVSWNFKARKPKGFGVRLLTEFVLNDALHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CARBONATE ION
分子量 formula_weight	60.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	N-{(1R)-2-(hydroxyamino)-1-[4'-(hydroxymethyl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]-2-oxoethyl}-2,2-dimethylpropanamide
分子量 formula_weight	356.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1527

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	7rieA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	7rieA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	7rieB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	7rieB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	7rieC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	7rieC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	7rieD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	7rieD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	7rieE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	7rieE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	7rieF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	7rieF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	7rieG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	7rieG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	7rieH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	7rieH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	7rieI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	7rieI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	7rieJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	7rieJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	7rieK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	7rieK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	7rieL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	7rieL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

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晶胞边长 a length_a	175.290 Å
晶胞边长 b length_b	175.858 Å
晶胞边长 c length_c	234.679 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.490 Å
最低分辨率 resolution_low	48.750 Å
R 因子 r_factor	0.1969
R_work r_work	0.1953
R_free r_free	0.2286

Plasmodium falciparum M17 in complex with inhibitor MIPS2571

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M17 leucyl aminopeptidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7rie__assembly_1__model_1

7rie__assembly_1__model_1 | I(q)

7rie__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Plasmodium falciparum M17 in complex with inhibitor MIPS2571

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M17 leucyl aminopeptidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7rie__assembly_1__model_1

7rie__assembly_1__model_1 | I(q)

7rie__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)