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7rk2

Crystal structure of the human astrovirus serotype 8 capsid spike in complex with scFv 2D9, an astrovirus-neutralizing antibody, at 2.65-A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP25

Human astrovirus-8

UniProt Q9IFX1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 429–647 链 B； UniProt 429–647 未记录 scFv 2D9 × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295.15 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 16 % PEG 10,000 分辨率 2.65 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7RK2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3QSQ Crystal structure of the projection domain of the human astrovirus capsid protein 提交 2011-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–646（232 aa） 片段：UNP residues 415-646
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；298 K；28% PEG 3000, 0.1 M CHES, 0.1 M glycine, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.215
5IBV Crystal Structure of Human Astrovirus capsid protein 提交 2016-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 71–416（346 aa） 片段：unp residues 71-416
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 0.2 M ammoium phosphate, 22% PEG 4000
分辨率 2.15 Å R-free 0.246
7RK1 Crystal structure of the human astrovirus serotype 8 capsid spike in complex with scFv 3E8, an astrovirus-neutralizing antibody, at 2.05-A resolution 提交 2021-07-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 429–647（219 aa）
链 B 429–647（219 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；0.2 M lithium citrate tribasic, 18 % PEG 3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.238
9WYD Crystal structure of HAstV8 spike and FcRn 提交 2025-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 415–646（232 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；291.15 K；0.1 M BICINE pH 8.5, 8% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000
分辨率 2.65 Å R-free 0.232
9WYG Crystal structure of HAstV8 spike 提交 2025-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 415–646（232 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；291.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 30% w/v Polyethylene glycol 1,000
分辨率 1.44 Å R-free 0.203
9WYG Crystal structure of HAstV8 spike 提交 2025-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 415–646（232 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；291.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 30% w/v Polyethylene glycol 1,000
分辨率 1.44 Å R-free 0.203

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAPSD_HASV8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–221； UniProt 429–647 作者链 B； PDB构建体 3–221； UniProt 429–647

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7rk2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7rk2
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7rk2
沉积日期 deposition_date2021-07-21
结构标题 titleCrystal structure of the human astrovirus serotype 8 capsid spike in complex with scFv 2D9, an astrovirus-neutralizing antibody, at 2.65-A resolution
关键词 keywordsViral protein, Capsid protein, Icosahedral virus, Single chain variable fragment; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.27 Å
零角强度 I(0) i0149407000.00
分子量 molecular_weight98054.0 kDa
排除体积 excluded_volume122840 ų
包络体积 envelope_volume148930 ų
水化壳体积 shell_volume40165 ų
包络直径 envelope_diameter122.9 Å
壳层 Rg shell_rg37.88 Å
包络 Rg envelope_rg31.42 Å
形状 Rg shape_rg31.23 Å
总 Rg total_rg31.93 Å
总原子数 total_atoms6922
残基数 n_residues883
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.9 Å
Rg (实空间) rg_real31.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal149400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8499
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.1 Å
偏度 Skewness skewness0.371
峰度 Kurtosis kurtosis-0.146
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35940000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.712; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.946
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)