SAXSdb — 7rnv

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide exchange factor VAV2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 665–774	片段：SH2 domain (UNP residues 665-774)	Actin, alpha skeletal muscle × 1 （P68133） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris hydrochloride, pH 8.5, 30% PEG4000	分辨率 2.15 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7RNV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DLZ Solution structure of the SH2 domain of human protein vav-2 提交 2006-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 663–767（105 aa）片段：sh2 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.16mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2DM1 Solution structure of the second SH3 domain of human protein vav-2 提交 2006-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 819–878（60 aa）片段：sh3 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.07mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LNW Identification and structural basis for a novel interaction between Vav2 and Arap3 提交 2012-01-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 659–771（113 aa）片段：UNP RESIDUES 659-771	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 3 mM entity_2-2, 5 mM potassium phosphate-3, 20 mM sodium phosphate-4, 5 mM DTT-5, 2 mM EDTA-6, 75 mM sodium chloride-7, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-8, 3 mM entity_2-9, 5 mM potassium phosphate-10, 75 mM sodium chloride-11, 5 mM DTT-12, 2 mM EDTA-13, 20 mM sodium phosphate-14, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2LNX Solution structure of Vav2 SH2 domain 提交 2012-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 659–771（113 aa）片段：UNP RESIDUES 659-771	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120 NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] entity-1, 5 mM DTT-2, 75 mM sodium chloride-3, 5 mM potassium phosphate-4, 20 mM sodium phosphate-5, 1 mM EDTA-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] entity-7, 75 mM sodium chloride-8, 5 mM DTT-9, 5 mM potassium phosphate-10, 20 mM sodium phosphate-11, 1 mM EDTA-12, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
4ROJ Crystal Structure of the VAV2 SH2 domain in complex with TXNIP phosphorylated peptide 提交 2014-10-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 667–782（116 aa）片段：UNP residues 667-782	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG550-MME, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M cacodylate pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.219
4ROJ Crystal Structure of the VAV2 SH2 domain in complex with TXNIP phosphorylated peptide 提交 2014-10-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 667–782（116 aa）片段：UNP residues 667-782	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG550-MME, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M cacodylate pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.219
4ROJ Crystal Structure of the VAV2 SH2 domain in complex with TXNIP phosphorylated peptide 提交 2014-10-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 667–782（116 aa）片段：UNP residues 667-782	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG550-MME, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M cacodylate pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.219
7WFY Crystal Structure of the VAV2 SH2 domain in complex with APP phosphorylated peptide 提交 2021-12-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 659–771（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；289 K；25% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M, Tris/HCl, pH 8.4	分辨率 2.45 Å R-free 0.268

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VAV2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–115； UniProt 665–774

Actin, alpha skeletal muscle

物种未注明

UniProt P68133

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 52–60	片段：UNP residues 52-60 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Guanine nucleotide exchange factor VAV2 × 1 （P52735） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris hydrochloride, pH 8.5, 30% PEG4000	分辨率 2.15 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7RNV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7RNS nSH2 domain of p85-alpha subunit of phosphatidylinositol 3-kinase in complex with an actin peptide with phosphorylated tyrosine 53 提交 2021-07-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 52–60（9 aa）片段：UNP residues 52-60	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.05 M cadmium sulfate hydrate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.0 M sodium acetate trihydrate	分辨率 1.14 Å R-free 0.147
7RNU nSH2 domain of p85-beta subunit of phosphatidylinositol 3-kinase in complex with an actin peptide with phosphorylated tyrosine 53 提交 2021-07-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 52–60（9 aa）片段：UNP residues 52-60	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；292 K；25% w/v PEG1500, 100 mM MIB, pH 5.0	分辨率 1.45 Å R-free 0.222
7RNU nSH2 domain of p85-beta subunit of phosphatidylinositol 3-kinase in complex with an actin peptide with phosphorylated tyrosine 53 提交 2021-07-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 52–60（9 aa）片段：UNP residues 52-60	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；292 K；25% w/v PEG1500, 100 mM MIB, pH 5.0	分辨率 1.45 Å R-free 0.222
7RNU nSH2 domain of p85-beta subunit of phosphatidylinositol 3-kinase in complex with an actin peptide with phosphorylated tyrosine 53 提交 2021-07-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 52–60（9 aa）片段：UNP residues 52-60	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；292 K；25% w/v PEG1500, 100 mM MIB, pH 5.0	分辨率 1.45 Å R-free 0.222
7RNU nSH2 domain of p85-beta subunit of phosphatidylinositol 3-kinase in complex with an actin peptide with phosphorylated tyrosine 53 提交 2021-07-29	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 52–60（9 aa）片段：UNP residues 52-60	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；292 K；25% w/v PEG1500, 100 mM MIB, pH 5.0	分辨率 1.45 Å R-free 0.222
9DUU Cryo-EM structure of recombinant wildtype ACTA1 phalloidin-stabilized F-actin 提交 2024-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 3–377（375 aa）链 B 3–377（375 aa）链 C 3–377（375 aa）链 D 3–377（375 aa）链 E 3–377（375 aa）链 F 3–377（375 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；25 mM KCl, 2 mM EGTA, 60 mM MOPS (pH7), 1 mM DTT, and 4 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9DUV Cryo-EM structure of recombinant R254H ACTA1 phalloidin-stabilized F-actin 提交 2024-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 3–377（375 aa）链 B 3–377（375 aa）链 C 3–377（375 aa）链 D 3–377（375 aa）链 E 3–377（375 aa）链 F 3–377（375 aa）	突变：R254H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：R254H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：R254H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：R254H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：R254H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：R254H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；25 mM KCl, 2 mM EGTA, 60 mM MOPS (pH7), 1 mM DTT, and 4 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACTS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–9； UniProt 52–60

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7rnv
沉积日期 deposition_date	2021-07-29
结构标题 title	SH2 domain of guanine nucleotide exchange factor Vav2 in complex with an actin peptide with phosphorylated tyrosine 53
关键词 keywords	phosphorylated tyrosine binding protein, actin peptide, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.96 Å
零角强度 I(0) i0	3418500.00
分子量 molecular_weight	12964.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16206 Å³
包络体积 envelope_volume	17812 Å³
水化壳体积 shell_volume	11561 Å³
包络直径 envelope_diameter	43.0 Å
壳层 Rg shell_rg	18.89 Å
包络 Rg envelope_rg	13.27 Å
形状 Rg shape_rg	12.95 Å
总 Rg total_rg	14.30 Å
总原子数 total_atoms	916
残基数 n_residues	109
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	45.3 Å
Rg (实空间) rg_real	14.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4180e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2150e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3419000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8874
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.027
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.378
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	715900.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.979

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide exchange factor VAV2
分子量 formula_weight	13807.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	955

GPLGSEIDYTAYPWFAGNMERQQTDNLLKSHASGTYLIRERPAEAERFAISIKFNDEVKHIKVVEKDNWIHITEAKKFDSLLELVEYYQCHSLKESFKQLDTTLKYPYKSRERSAGIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle
分子量 formula_weight	1064.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KDSYVGDEA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.492 Å
晶胞边长 b length_b	109.432 Å
晶胞边长 c length_c	41.867 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	21
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	26.800 Å
R 因子 r_factor	0.2339
R_work r_work	0.2297
R_free r_free	0.2719

fit	/app/data/saxs_computation/rn/7rnv/7rnv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rn/7rnv/7rnv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rn/7rnv/7rnv.dat

SH2 domain of guanine nucleotide exchange factor Vav2 in complex with an actin peptide with phosphorylated tyrosine 53

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide exchange factor VAV2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Actin, alpha skeletal muscle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)