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7rsa

STRUCTURE OF PHOSPHATE-FREE RIBONUCLEASE A REFINED AT 1.26 ANGSTROMS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBONUCLEASE A

物种未注明

UniProt P00656

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 27–150 未记录 TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.26 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7RSA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D5D The role of phenylalanine 8 in the stabilization of the s protein-s peptide interaction: packing and cavities 提交 1999-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 50–150（101 aa） 片段：RESIDUES 21-124
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.75；293 K；3M CSCL, 35% AMMONIUM SULFATE. 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K
分辨率 2.25 Å R-free 0.218
1D5E The role of phenylalanine 8 in the stabilization of the S protein-S peptide interaction: Packing and cavities 提交 1999-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 50–150（101 aa） 片段：RESIDUES 24-124
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.75；293 K；3M CsCl, 35% Ammonium Sulfate. 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.25 Å R-free 0.231
1D5H Rnase s(f8a). mutant ribonucleasE S. 提交 1999-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 50–150（101 aa） 片段：RESIDUES 24-124
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.75；293 K；3M CsCl, 35% Ammonium Sulfate. 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K
分辨率 2.25 Å R-free 0.257
1GV7 ARH-I, an angiogenin/RNase A chimera 提交 2002-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 85–97（13 aa）
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.8；289 K；VAPOUR DIFFUSION, 16 C 10 MG/ML PROTEIN, 15 % PEG 4000, 8 % TERT-BUTANOL, 0.3 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE BUFFER, PH 5.8
分辨率 2.10 Å R-free 0.274
1UN5 ARH-II, AN ANGIOGENIN/RNASE A CHIMERA 提交 2003-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 64–68（5 aa）
突变：YES CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.4；10% PEG 6000, PH 5.4 0.2M SODIUM POTASSIUM TARTRATE, 0.02M SODIUM CITRATE BUFFER
分辨率 2.60 Å R-free 0.237
2RLN THERMODYNAMIC AND STRUCTURAL CONSEQUENCES OF CHANGING A SULPHUR ATOM TO A METHYLENE GROUP IN THE M13NLE MUTATION IN RIBONUCLEASE S 提交 1994-07-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 42–150（109 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.85 Å
6RSA NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND NEUTRON DIFFRACTION STUDIES OF THE COMPLEX OF RIBONUCLEASE*A WITH URIDINE VANADATE, A TRANSITION-STATE ANALOGUE 提交 1986-02-25 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–150（124 aa）
未记录 UVC URIDINE-2',3'-VANADATE × 1 实验方法未声明 mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RNP_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–124； UniProt 27–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7rsa

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7rsa
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7rsa
沉积日期 deposition_date1988-06-10
结构标题 titleSTRUCTURE OF PHOSPHATE-FREE RIBONUCLEASE A REFINED AT 1.26 ANGSTROMS
关键词 keywordsHYDROLASE (PHOSPHORIC DIESTER); HYDROLASE (PHOSPHORIC DIESTER)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.38 Å
零角强度 I(0) i04449080.00
分子量 molecular_weight13768.0 kDa
排除体积 excluded_volume16714 ų
包络体积 envelope_volume19390 ų
水化壳体积 shell_volume11691 ų
包络直径 envelope_diameter50.4 Å
壳层 Rg shell_rg19.71 Å
包络 Rg envelope_rg14.65 Å
形状 Rg shape_rg14.38 Å
总 Rg total_rg15.42 Å
总原子数 total_atoms1875
残基数 n_residues124
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.4 Å
Rg (实空间) rg_real15.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real4.4490e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0050e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4449000.0000
解质量估计 total_estimate0.8855
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.6 Å
偏度 Skewness skewness0.231
峰度 Kurtosis kurtosis-0.403
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha983800.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.989
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd7rsaa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.5 — RNase A-like
超家族 Superfamily superfamilyd.5.1 — RNase A-like
家族 Family familyd.5.1.1 — Ribonuclease A-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7rsaA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology130 — P-30 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease A-like domain
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8. 引用文献 (4)

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9. 文件与曲线 (10)