SAXSdb — 7s3g

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ornithine decarboxylase

Homo sapiens

UniProt P11926

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–424 链 B； UniProt 1–424	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM tri-sodium citrate pH 5.0 and 30% polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 1.66 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7S3G	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D7K CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ORNITHINE DECARBOXYLASE AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1999-10-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–427（421 aa）链 B 7–427（421 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；20% PEG 3350, 0.2M NaCl, 5mM DTT, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 16K	分辨率 2.10 Å R-free 0.288
2ON3 A structural insight into the inhibition of human and Leishmania donovani ornithine decarboxylases by 3-aminooxy-1-aminopropane 提交 2007-01-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–461（461 aa）链 B 1–461（461 aa）	未记录	XAP 3-AMINOOXY-1-AMINOPROPANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；288.15 K；25% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, 2 mM APA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.293
2OO0 A structural insight into the inhibition of human and Leishmania donovani ornithine decarboxylases by 3-aminooxy-1-aminopropane 提交 2007-01-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–461（461 aa）链 B 1–461（461 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 3 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 XAP 3-AMINOOXY-1-AMINOPROPANE × 2 N2P PENTANE-1,5-DIAMINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；288.15 K；25% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, O.1M MES, 2mM XAP, 0.3 % cadaverine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4ZGY STRUCTURE of HUMAN ORNITHINE DECARBOXYLASE IN COMPLEX WITH A C-TERMINAL FRAGMENT OF ANTIZYME 提交 2015-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–421（420 aa）片段：UNP RESIDUES 2-421	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；100MM MAGNESIUM ACETATE, 50MM MES PH 5.6, 20% 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL(MPD), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K	分辨率 2.63 Å R-free 0.256
5BWA Crystal structure of ODC-PLP-AZ1 ternary complex 提交 2015-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–461（461 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；288 K；0.2 M di-Ammonium tartrate, 20% PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.289
7S3F Structure of cofactor pyridoxal 5-phosphate bound human ornithine decarboxylase in complex with its inhibitor 1-amino-oxy-3-aminopropane 提交 2021-09-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）链 B 1–424（424 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 XAP 3-AMINOOXY-1-AMINOPROPANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；2% tacsimate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, and 16% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 2.49 Å R-free 0.208
7U6P Structure of an intellectual disability-associated ornithine decarboxylase variant G84R 提交 2022-03-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）链 B 1–424（424 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.225
7U6U Structure of an intellectual disability-associated ornithine decarboxylase variant G84R in complex with PLP 提交 2022-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）链 B 1–424（424 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.204
9B8M Crystal structure of ornithine decarboxylase in complex with a novel inhibitor 提交 2024-03-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–422（422 aa）链 B 1–422（422 aa）	未记录	A1AQO O-{[(3R)-pyrrolidin-3-yl]methyl}hydroxylamine × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Not available	分辨率 2.90 Å R-free 0.223
9B8N Crystal structure of ornithine decarboxylase in complex with a novel inhibitor (10-S) 提交 2024-03-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）链 B 1–424（424 aa）	未记录	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 A1AQP O-{[(3S)-pyrrolidin-3-yl]methyl}hydroxylamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；not available	分辨率 2.00 Å R-free 0.208

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCOR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–424； UniProt 1–424 作者链 B； PDB构建体 1–424； UniProt 1–424

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7s3g
沉积日期 deposition_date	2021-09-06
结构标题 title	Structure of cofactor pyridoxal 5-phosphate bound human ornithine decarboxylase in complex with citrate at the catalytic center
关键词 keywords	pyridoxal 5-phosphate, human ornithine decarboxylase, citrate, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.51 Å
零角强度 I(0) i0	126882000.00
分子量 molecular_weight	90212.0 kDa
排除体积 excluded_volume	113300 Å³
包络体积 envelope_volume	137350 Å³
水化壳体积 shell_volume	39119 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.70 Å
包络 Rg envelope_rg	28.48 Å
形状 Rg shape_rg	28.50 Å
总 Rg total_rg	29.30 Å
总原子数 total_atoms	6340
残基数 n_residues	803
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	126900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9027
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.455
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	49760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.927

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ornithine decarboxylase
分子量 formula_weight	47241.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6859

MNNFGNEEFDCHFLDEGFTAKDILDQKINEVSSSDDKDAFYVADLGDILKKHLRWLKALPRVTPFYAVKCNDSKAIVKTLAATGTGFDCASKTEIQLVQSLGVPPERIIYANPCKQVSQIKYAANNGVQMMTFDSEVELMKVARAHPKAKLVLRIATDDSKAVCRLSVKFGATLRTSRLLLERAKELNIDVVGVSFHVGSGCTDPETFVQAISDARCVFDMGAEVGFSMYLLDIGGGFPGSEDVKLKFEEITGVINPALDKYFPSDSGVRIIAEPGRYYVASAFTLAVNIIAKKIVLKEQTGSDDEDESSEQTFMYYVNDGVYGSFNCILYDHAHVKPLLQKRPKPDEKYYSSSIWGPTCDGLDRIVERCDLPEMHVGDWMLFENMGAYTVAAASTFNGFQRPTIYYVMSGPAWQLMQQFQNPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	501

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.540 Å
晶胞边长 b length_b	86.470 Å
晶胞边长 c length_c	154.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.660 Å
最低分辨率 resolution_low	43.250 Å
R 因子 r_factor	0.1798
R_work r_work	0.1785
R_free r_free	0.1975

fit	/app/data/saxs_computation/s3/7s3g/7s3g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s3/7s3g/7s3g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s3/7s3g/7s3g.dat

Structure of cofactor pyridoxal 5-phosphate bound human ornithine decarboxylase in complex with citrate at the catalytic center

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ornithine decarboxylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction