SAXSdb — 7s6b

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyketide synthase

Streptomyces lasalocidi

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–924 链 B； UniProt 1–924 链 C； UniProt 925–1468 链 D； UniProt 925–1468 链 E； UniProt 1469–1647	片段：KS and AT domains, residues 1-924 片段：KR domain, residues 925-1468 片段：ACP domain, residues 1469-1647	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.015 M magnesium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, and 22% polyacrylic acid 5100	分辨率 2.35 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7S6B	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7S6C CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 stalled at the condensation step and bound to antibody fragment 1B2, composite structure 提交 2021-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 38–1647（1610 aa）链 B 38–1647（1610 aa）链 C 38–1647（1610 aa）链 D 38–1647（1610 aa）	未记录	ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 5 seconds before plunging in liquid ethane.	分辨率 3.10 Å
7S6D CryoEM structure of modular PKS holo-Lsd14 bound to antibody fragment 1B2, composite structure 提交 2021-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 38–1647（1610 aa）链 B 38–1647（1610 aa）链 C 38–1647（1610 aa）	未记录	ATR 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 5 seconds before plunging in liquid ethane.	分辨率 3.10 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B6ZK67_STRLS
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–944； UniProt 1–924 作者链 B； PDB构建体 21–944； UniProt 1–924 作者链 C； PDB构建体 1–544； UniProt 925–1468 作者链 D； PDB构建体 1–544； UniProt 925–1468 作者链 E； PDB构建体 1–179； UniProt 1469–1647

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7s6b
沉积日期 deposition_date	2021-09-13
结构标题 title	Crystal structure of modular polyketide synthase apo-Lsd14 from the Lasalocid biosynthesis pathway, trapped in the transacylation step
关键词 keywords	Modular polyketide synthase, ketosynthase, acyltransferase, acyl carrier protein, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.02 Å
零角强度 I(0) i0	1382280000.00
分子量 molecular_weight	300270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	372380 Å³
包络体积 envelope_volume	529640 Å³
水化壳体积 shell_volume	88967 Å³
包络直径 envelope_diameter	185.5 Å
壳层 Rg shell_rg	52.33 Å
包络 Rg envelope_rg	50.35 Å
形状 Rg shape_rg	51.02 Å
总 Rg total_rg	51.07 Å
总原子数 total_atoms	41808
残基数 n_residues	2882
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.4 Å
Rg (实空间) rg_real	51.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3820e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6300e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1382000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8743
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	67.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.313
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.240
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	100100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.825

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polyketide synthase
分子量 formula_weight	100185.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	42675

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMADVVNTEDRLRDYLKRATADLSRVRRQLQETEAASREPIAIIGMACRLPGGVDSPEGLWELVDSGTDAIAGFPLDRGWDVEGMYDPDAEAPGKTYVKEAGFLYDAGEFDAGFFGISPREAVSMDPQQRLMLEASWEAFERAGLDPARQRGTATGVFVGATATGYVSPAAEVPEGAEGFAITGNMTAVTSGRISYTLGLQGPAVTIDTACSSSLVALHLACQSLRQGECTTALAGGVTVMPTPTAFTEFSRQRGLAPDGRCKSFAAAADGTNWAEGVAVLVVERLSDARRNGHRVLAVVRGTAINQDGASNGLSAPNDLAQERVIRSALDNAGLTASDVDAVEAHGTGTTLGDPIEAQALLAAYGHERPAHRPLRVGSLKSNIGHAGPAAGVAGVIKMVMAMRHGVLPRSLHIDEPTPQVDWSSGAVTLLTEPVDWPDSDRPRRAGVSAFGISGTNAHVILEQAPTQDPQQPAPPVPAAPWLLSAKTPAALRAQARRLHTHLARHPHPDPTDIAHALATTRTPHEHRAALVTDDHGTRGPALAALAEGAPDACLISGTALSKGRTVFVFPGQGSQWTGMGRELLHTSPEFAAYIAECETALNDFVDWSLTDVLRGTEGAPGYDRVDVVQPALFAVMVSLARLWQHHGIHPDAVIGHSQGEIAAAHIAGALSLQDAARIVALRSQALLPLAGLGGMTSLALPHDQALQLIQPWGQDLSIASVNGPHSTVVSGTTHALDELHTTCDTQGVRARRIPVDYASHSAQVESIRDTVLQAATGINPQPTTIPLYSTVTGQPIDGTQLDADYWYTNLRHTVRFEETTRALLGSGHRHFIETTAHPVLALALEETIEATGSDARVTGTLRRDHGDLTQLHTALATAWTHGIDVDWTAVLGDRRTPFELPTYAFQRQRYWLEPGAGVGVPVGG

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces lasalocidi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	324833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polyketide synthase
分子量 formula_weight	56170.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

TSAEARFWDAVEDEDLEALVAAIGADGDDASWAGVLPALAGWRRRQREQSALDDLRYKVTWKPTAVADGASATGTWLVVVPESLAGGGWPVVVARAVDQAGGRPVVLSVDAADGADRSRLGLRIHEALGEGPVPDAVVSLLALDPSALPGLPDVPQALASTAALVQALLDLGLEARLWCVTSGAVSVSGADGPSAPEQAAVWGFGRVAGLEHPHLWAGLVDLPPEADERTAARLVGVLAGAGGEDQVALRSSGVFVRRLVRAPASEVPAVRSWKPGGTVLVTGGTGGLGRQVARWLARGGADHLLLVSRRGVDAPGADELVDELTDLGARVTVAACDVADRDAVQRLLSEQVPSDAPLTAVIHTAAVLDDGVIDSLSPERMEQVLRVKVGGAVHLYELTRESDLSAFVLFSSFGSTFGLPGLGNYAPGNAALEALAEQWRAEGRPATAVGWGTWAGGGMADGGVGERGRTHGIHELEPALATAALEQALERDESSPVIIDIDWERFAVAFHAKRPTRGFELVPEAQAALEAADGGPGPDGGAGD

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces lasalocidi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	324833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polyketide synthase
分子量 formula_weight	19525.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

PSELLDRLAALPDAERDRALLEVVRGNAASVMSHGAMRTATLEAVEPTRAFRDLGFDSLMAVELRNRIGAATGLRLAPTLVFDHPTPEAVVRHLRAELGLEGDGAPDPVFDELDGLERALSSYTPDTDTRVKITKRLESLLWEWTRSEADAPDPVDAADLAAVSDDEMFELIDRELGSA

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces lasalocidi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	324833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	829

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	7s6bA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	7s6bB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	7s6bE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	87.740 Å
晶胞边长 b length_b	92.850 Å
晶胞边长 c length_c	107.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	99.63 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	106.07 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	39.200 Å
R 因子 r_factor	0.2076
R_work r_work	0.2059
R_free r_free	0.2411

fit	/app/data/saxs_computation/s6/7s6b/7s6b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s6/7s6b/7s6b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s6/7s6b/7s6b.dat

Crystal structure of modular polyketide synthase apo-Lsd14 from the Lasalocid biosynthesis pathway, trapped in the transacylation step

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyketide synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)