SAXSdb — 7saj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mCherry

Discosoma sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	nanobody LaM2 × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	nanobody LaM2 × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	nanobody LaM2 × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	nanobody LaM2 × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	nanobody LaM2 × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A366VY15_9GAMM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–237； UniProt 1–236 作者链 C； PDB构建体 4–237； UniProt 1–236 作者链 E； PDB构建体 4–237； UniProt 1–236 作者链 G； PDB构建体 4–237； UniProt 1–236 作者链 I； PDB构建体 4–237； UniProt 1–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7saj
沉积日期 deposition_date	2021-09-22
结构标题 title	Crystal Structure of LaM2 Nanobody bound to mCherry
关键词 keywords	Antibody, nanobody, affinity tag, fluorescent protein, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7saj__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7saj__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7saj__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.23 Å
Rg（电子密度）	21.26 Å
总 Rg	22.22 Å
原子数	5280
残基数	339
排除体积	47565 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7saj__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7saj__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7saj__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7saj__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`7saj__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	mCherry
分子量 formula_weight	26996.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I
原子数 atom_count	26588

SNGMVSKGEEDNMAIIKEFMRFKVHMEGSVNGHEFEIEGEGEGRPYEGTQTAKLKVTKGGPLPFAWDILSPQFXSKAYVKHPADIPDYLKLSFPEGFKWERVMNFEDGGVVTVTQDSSLQDGEFIYKVKLRGTNFPSDGPVMQKKTMGWEASSERMYPEDGALKGEIKQRLKLKDGGHYDAEVKTTYKAKKPVQLPGAYNVNIKLDITSHNEDYTIVEQYERAEGRHSTGGMDELYK

来源 Source

来源生物 organism	Discosoma sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	86600
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	nanobody LaM2
分子量 formula_weight	13850.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J

MAQVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCATSGFTFSDYAMGWFRQAPGKEREFVAAISWSGHVTDYADSVKGRFTISRDNVKNTVYLQMNSLKPEDTAVYSCAAAKSGTWWYQRSENDFGSWGQGTQVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	183

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	7sajB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sajD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sajF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sajH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7sajJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	171.437 Å
晶胞边长 b length_b	160.560 Å
晶胞边长 c length_c	88.786 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.370 Å
最低分辨率 resolution_low	71.000 Å
R 因子 r_factor	0.2081
R_work r_work	0.2076
R_free r_free	0.2341

Crystal Structure of LaM2 Nanobody bound to mCherry

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mCherry

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7saj__assembly_5__model_1

7saj__assembly_5__model_1 | I(q)

7saj__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of LaM2 Nanobody bound to mCherry

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mCherry

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7saj__assembly_5__model_1

7saj__assembly_5__model_1 | I(q)

7saj__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)