7scb

B-cylinder of Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome, complex with OCP - local refinement

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allophycocyanin alpha chain

物种未注明

UniProt Q01951

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Sll1873 protein × 1 （P74135） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHAA_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AA； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AC； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AH； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AJ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AN； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AP； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AR； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AU； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AW； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AY； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Allophycocyanin beta chain

物种未注明

UniProt Q01952

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Sll1873 protein × 1 （P74135） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	APCB_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 AB； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AD； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AF； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AI； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AL； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AO； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AQ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AS； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AV； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AX； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AZ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Allophycocyanin subunit alpha-B

物种未注明

UniProt P72870

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Sll1873 protein × 1 （P74135） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	APCD_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 AE； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Allophycocyanin subunit beta-18

物种未注明

UniProt P74551

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Sll1873 protein × 1 （P74135） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	APCF_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 AK； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

物种未注明

UniProt Q01950

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Sll1873 protein × 1 （P74135） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PYC1_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 BB； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67 作者链 BC； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

Phycobiliprotein ApcE

物种未注明

UniProt Q55544

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Sll1873 protein × 1 （P74135） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	APCE_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 BE； PDB构建体 1–896； UniProt 1–896

Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG

物种未注明

UniProt P73093

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） Sll1873 protein × 1 （P74135） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PYG_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 BG； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

Orange carotenoid-binding protein

Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa

UniProt P74102

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Sll1873 protein × 1 （P74135） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	OCP_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 BH； PDB构建体 1–317； UniProt 1–317

Sll1873 protein

物种未注明

UniProt P74135

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Allophycocyanin alpha chain × 10 （Q01951） Allophycocyanin beta chain × 11 （Q01952） Allophycocyanin subunit alpha-B × 1 （P72870） Allophycocyanin subunit beta-18 × 1 （P74551） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 2 （Q01950） Phycobiliprotein ApcE × 1 （Q55544） Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG × 1 （P73093） Orange carotenoid-binding protein × 1 （P74102） PHYCOCYANOBILIN × 24 beta,beta-carotene-4,4'-dione × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P74135_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 BI； PDB构建体 1–121； UniProt 1–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7scb
沉积日期 deposition_date	2021-09-27
结构标题 title	B-cylinder of Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome, complex with OCP - local refinement
关键词 keywords	Complex, light harvesting, pigment, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7scb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7scb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7scb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.53 Å
Rg（电子密度）	48.74 Å
总 Rg	49.13 Å
原子数	37229
残基数	4743
排除体积	665210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7scb__assembly_1__model_1`	29-meric （29）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Allophycocyanin alpha chain
分子量 formula_weight	17429.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,AC,AH,AJ,AN,AP,AR,AU,AW,AY
原子数 atom_count	37229

MSIVTKSIVNADAEARYLSPGELDRIKAFVTGGAARLRIAETLTGSRETIVKQAGDRLFQKRPDIVSPGGNAYGEEMTATCLRDMDYYLRLVTYGVVSGDVTPIEEIGLVGVREMYRSLGTPIEAVAQSVREMKEVASGLMSSDDAAEASAYFDFVIGKMS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Allophycocyanin beta chain
分子量 formula_weight	17231.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AB,AD,AF,AI,AL,AO,AQ,AS,AV,AX,AZ

MQDAITAVINSADVQGKYLDGAAMDKLKSYFASGELRVRAASVISANAATIVKEAVAKSLLYSDVTRPGGNMYTTRRYAACIRDLDYYLRYATYAMLAGDASILDERVLNGLKETYNSLGVPISSTVQAIQAIKEVTASLVGADAGKEMGVYLDYICSGLS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Allophycocyanin subunit alpha-B
分子量 formula_weight	17940.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AE

MSVVSQVILQADDQLRYPTSGELKGIQAFLTTGAQRIRIAETLAENEKKIVDQAQKQLFKKHPEYRAPGGNAYGQRQYNQCLRDYGWYLRLVTYGVLAGNKEPIETTGLIGVKEMYNSLNVPVPGMVDAVTVLKDAALGLLSAEDANETAPYFDYIIQFMS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Allophycocyanin subunit beta-18
分子量 formula_weight	18911.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AK

MRDAVTTLIKNYDLTGRYLDRNAMDELKAYFESGSARIAAAAMINANSATIVKRAAAQLFEEIPELIRPSGNAYTTRRFSACLRDMDYYLRYASYALIAADNNVLDERVLQGLRETYNSLGVPIGPTVRGIQIMKEMIEAMAEDSSLNSTDFIASPFDHMTRELSELSV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
分子量 formula_weight	7817.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BB,BC

MRMFRITACVPSQTRIRTQRELQNTYFTKLVPYDNWFREQQRIMKMGGKIVKVELATGRPGTNAGLA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Phycobiliprotein ApcE
分子量 formula_weight	100412.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.-.-.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BE

MSVKASGGSSLARPQLYQTVPVSAISQAEQQDRFLEGSELNELTAYFQSGALRLEIAETLTQNADLIVSRAANRIFTGGSPLSYLEKPVERQPALVGASSDSRNGSVTYAESNGSGGLFGGLRSVFSSTGPIPPGFRPINIARYGPSNMQKSLRDMSWFLRYTTYAIVAGDPNIIVVNTRGLKEVIENACSIDATIVAIQEMRAASADYFRNNAQAKEIVLQYFDILLSEFKAPTPANKVRQGPSNDIQGLELPQSYFNAAAKRQKYAMKPGLSALEKNAVIKAAYRQIFERDITKAYSQSISYLESQVRNGDISMKEFVRRLAKSPLYRKQFFEPFINSRALELAFRHILGRGPSSREEVQKYFSIVSSGGLPALVDALVDSQEYADYFGEETVPYLRGLGVEAQECRNWGMQQDLFSYSAPFRKVPQFITTFAQYDRPLPDQHVYGSGNDPLEIQFGAIFPKETRNPSKRPAPFNKDTKRILIHRGPAVNNQVGNPSAVGEFPGSLGAKVFRLNGGLPGAKVGKNTGTSVKFGESSTQALIRAAYRQVFGRDLYEGQRLSVAEIQLENGDISVREFIKRLAKSELFLKLYWAPHYVCKAIEYMHRRLLGRPTYGRQEMNQYFDIASKQGFYAVVEAMIDSKEYSDAFGEDTVPYERYLTPGGLQMRSARVGSLREDIGQRVDKEVTPRFVELGQVSAIRTEPEIAYRSNQGVTRQRQQTKVFKLVSTYDKVAVKNAIRAAYRQVFERDLEPYIINSEFTALESKLSNNEINVKEFIEGLGTSELYMKEFYAPYPNTKVIEMGTKHFLGRAPLNQKEIQQYNQILASQGLKAFIGAMVNGMEYLQTFGEDTVPYRRFPTLPAANFPNTERLYNKLTKQDKELVVPSFTPVVKVGG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG
分子量 formula_weight	28938.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BG

MALPLLNYAPKSQNVRVEGYEIGSEEKPVVFTTENILSSSDMDNLIEAAYRQIFFHAFKWDREKVLESQLRNGQITVRDFVRGLLLSNTFRNSFYEKNSNYRFVEHCVQKILGRDVYSEREKIAWSIVVATKGYQGLIDDLLNSDEYLNNFGYDTVPYQRRRNLPGREAGELPFNIKSPRYDAYHRRQLGFPQIVWQNEVRRFIPQEKKLTAGNPMNFLGMARSINPAANTIPKVSAQNINIEASVPRR

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Orange carotenoid-binding protein
分子量 formula_weight	34684.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BH

MPFTIDSARGIFPNTLAADVVPATIARFSQLNAEDQLALIWFAYLEMGKTLTIAAPGAASMQLAENALKEIQAMGPLQQTQAMCDLANRADTPLCRTYASWSPNIKLGFWYRLGELMEQGFVAPIPAGYQLSANANAVLATIQGLESGQQITVLRNAVVDMGFTAGKDGKRIAEPVVPPQDTASRTKVSIEGVTNATVLNYMDNLNANDFDTLIELFTSDGALQPPFQRPIVGKENVLRFFREECQNLKLIPERGVTEPAEDGFTQIKVTGKVQTPWFGGNVGMNIAWRFLLNPEGKIFFVAIDLLASPKELLNFAR

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Sll1873 protein
分子量 formula_weight	12928.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BI

MLKKLFGAKKEFYVQLDESQAPAQVEEADVAIVKSEVAPVEKPAPTTSKKTSIKKKSATKAAAPVETPASAPVAPAPKAKVDPSQVAFASGDPIPQNVARRTPGPSLNRFKEMARQVKVKR

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	beta,beta-carotene-4,4'-dione
分子量 formula_weight	564.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	340838

B-cylinder of Synechocystis PCC 6803 Phycobilisome, complex with OCP - local refinement

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allophycocyanin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Allophycocyanin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Allophycocyanin subunit alpha-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Allophycocyanin subunit beta-18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobiliprotein ApcE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Orange carotenoid-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sll1873 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7scb__assembly_1__model_1

7scb__assembly_1__model_1 | I(q)

7scb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment