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7sd1

Crystal structure of SHOC2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 163.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat protein SHOC-2

Homo sapiens

UniProt Q9UQ13

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–582 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；100 mM Tris 8.5, 200 mM MgCl2, 14% (w/v) PEG 4000 分辨率 3.19 Å R-free 0.238
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 2–582 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；100 mM Tris 8.5, 200 mM MgCl2, 14% (w/v) PEG 4000 分辨率 3.19 Å R-free 0.238
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–582 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；100 mM Tris 8.5, 200 mM MgCl2, 14% (w/v) PEG 4000 分辨率 3.19 Å R-free 0.238
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 2–582 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289 K；100 mM Tris 8.5, 200 mM MgCl2, 14% (w/v) PEG 4000 分辨率 3.19 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7SD1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7SD0 Cryo-EM structure of the SHOC2:PP1C:MRAS complex 提交 2021-09-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–582（581 aa）
未记录 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Used the "perpetually hydrated" method of applying graphene oxide. (Cheung et al., 2018)
分辨率 2.95 Å
7T7A Crystal Structure of Human SHOC2: A Leucine-Rich Repeat Protein 提交 2021-12-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 88–581（494 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；281 K；400 mM magnesium nitrate 200 mM Tris PH 8.5 23-30% PEG 4K
分辨率 1.79 Å R-free 0.241
7T7A Crystal Structure of Human SHOC2: A Leucine-Rich Repeat Protein 提交 2021-12-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 88–581（494 aa）
未记录 NO3 NITRATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；281 K；400 mM magnesium nitrate 200 mM Tris PH 8.5 23-30% PEG 4K
分辨率 1.79 Å R-free 0.241
7TVF Crystal structure of the SHOC2-MRAS-PP1CA (SMP) complex to a resolution of 2.17 Angstrom 提交 2022-02-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 2–582（581 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 7 SO4 SULFATE ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；Crystals originally grown in 15% PEG 1500, 0.1M MIB pH 4.2 (15mg/ml of SMP) were used to make seeds. Microseeded into a condition with a reservoir consisting of 17.8% PEG 3350, 136mM sodium sulfate with 1:10 dilution of seeds (7.5mg/ml of SMP) using a ratio of 200nl protein:133nl reservoir:67nl diluted seeds
分辨率 2.17 Å R-free 0.226
7TVF Crystal structure of the SHOC2-MRAS-PP1CA (SMP) complex to a resolution of 2.17 Angstrom 提交 2022-02-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–582（581 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；Crystals originally grown in 15% PEG 1500, 0.1M MIB pH 4.2 (15mg/ml of SMP) were used to make seeds. Microseeded into a condition with a reservoir consisting of 17.8% PEG 3350, 136mM sodium sulfate with 1:10 dilution of seeds (7.5mg/ml of SMP) using a ratio of 200nl protein:133nl reservoir:67nl diluted seeds
分辨率 2.17 Å R-free 0.226
7TVG Crystal Structure of SHOC2 to a resolution of 2.4 Angstrom 提交 2022-02-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 59–564（506 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；1.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate pH 5.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
7TXH Human MRas Q71R in complex with human Shoc2 LRR domain M173I and human PP1Ca 提交 2022-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 80–582（503 aa）
突变：M173I GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M NaH2PO4 pH 6.5, 12% PEG 8000
分辨率 1.95 Å R-free 0.210
7TXH Human MRas Q71R in complex with human Shoc2 LRR domain M173I and human PP1Ca 提交 2022-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 80–582（503 aa）
突变：M173I GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M NaH2PO4 pH 6.5, 12% PEG 8000
分辨率 1.95 Å R-free 0.210
7TYG Structure of the human leucine rich repeat protein SHOC2, residues 80-582 提交 2022-02-13 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 80–582（503 aa） 片段：residues 80-582
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；0.1M Tris-Cl(8.0), 0.2 M MgCl2, 11% PEG4K, 2.5% 1,5-diaminopentane
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
7TYG Structure of the human leucine rich repeat protein SHOC2, residues 80-582 提交 2022-02-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 80–582（503 aa） 片段：residues 80-582
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；0.1M Tris-Cl(8.0), 0.2 M MgCl2, 11% PEG4K, 2.5% 1,5-diaminopentane
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
7UPI Cryo-EM structure of SHOC2-PP1c-MRAS holophosphatase complex 提交 2022-04-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–582（582 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Fluorinated octyl maltoside added immediately prior to vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
9BTM NRas 1-169 Q61R in Complex with Shoc2 80-582 提交 2024-05-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 80–582（503 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.1 M Hepes pH 7, 15% PEG 4000
分辨率 2.73 Å R-free 0.238
9BTN Structure of human SHOC2 in complex with a cyclic peptide 提交 2024-05-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 80–582（503 aa） 片段：residues 80-582
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.05 M Hepes pH 7.5, 35% v/v pentaerythritol propoxylate 5/4 PO/OH (PP 5/4 PO/OH), 0.2M KCl
分辨率 2.04 Å R-free 0.252
9BTP Structure of human SHOC2 in complex with a small molecule inhibitor (S)-5 提交 2024-05-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 80–582（503 aa） 片段：residues 80-582
未记录 A1ATZ (2S)-{2-[(4-chloro[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]phenyl}[(2-oxo-2,3-dihydro-1,3-benzoxazol-5-yl)amino]acetic acid × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；See reference. Crystals of apo SHOC2 in space group p212121 were incubated with compound and harvested. 50 mM Tris pH 7.0, 200 mM KCl, 40% PP 5/4 PO/OH
分辨率 2.37 Å R-free 0.263
9O65 Cryo-EM structure of SHOC2-KRAS-PP1CA (SKP) complex 提交 2025-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–582（582 aa）
突变：M173I GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9OVJ Structure of human SHOC2 in complex with a small molecule inhibitor (R)-5 提交 2025-05-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 80–582（503 aa） 片段：residues 80-582
未记录 A1CF1 (2R)-{2-[(4-chloro[1,1'-biphenyl]-3-yl)methoxy]phenyl}[(2-oxo-2,3-dihydro-1,3-benzoxazol-5-yl)amino]acetic acid × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；See reference. Crystals of apo SHOC2 in space group p212121 were incubated with compound and harvested. 0.05 M Tris (7.0), 40% (v/v) Pentaerythritol Propoxylate 5/4 PO/OH, 0.2 M KCl
分辨率 2.68 Å R-free 0.275

共 12 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SHOC2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–582； UniProt 2–582 作者链 B； PDB构建体 2–582； UniProt 2–582 作者链 C； PDB构建体 2–582； UniProt 2–582 作者链 D； PDB构建体 2–582； UniProt 2–582

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7sd1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7sd1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7sd1
沉积日期 deposition_date2021-09-29
结构标题 titleCrystal structure of SHOC2
关键词 keywordsPP1C, RAS, Scaffold, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.91 Å
零角强度 I(0) i0707203000.00
分子量 molecular_weight224130.0 kDa
排除体积 excluded_volume283530 ų
包络体积 envelope_volume396950 ų
水化壳体积 shell_volume74379 ų
包络直径 envelope_diameter177.4 Å
壳层 Rg shell_rg48.44 Å
包络 Rg envelope_rg45.12 Å
形状 Rg shape_rg44.93 Å
总 Rg total_rg45.00 Å
总原子数 total_atoms15721
残基数 n_residues1997
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax163.0 Å
Rg (实空间) rg_real44.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.99 Å
I(0) (实空间) i0_real7.0720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal707000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8137
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.6 Å
偏度 Skewness skewness0.564
峰度 Kurtosis kurtosis-0.019
角度范围 angular_range— – 0.1750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha181000000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.573; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.920; Smooth: 0.937
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)