SAXSdb — 7sfy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Mis18-alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 191–233 链 B； UniProt 191–233	未记录	Protein Mis18-beta × 1 （O43482）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；Magnesium acetate, PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.280
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 191–233 链 E； UniProt 191–233	未记录	Protein Mis18-beta × 1 （O43482）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；Magnesium acetate, PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7SFY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7SFZ Crystal structure of Mis18a-yippee domain 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 77–190（114 aa）链 B 77–190（114 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；Ammonium sulfate, PEG 400, HEPES	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
7SFZ Crystal structure of Mis18a-yippee domain 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 77–190（114 aa）链 D 77–190（114 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；Ammonium sulfate, PEG 400, HEPES	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
7SFZ Crystal structure of Mis18a-yippee domain 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 77–190（114 aa）链 F 77–190（114 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；Ammonium sulfate, PEG 400, HEPES	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
7SFZ Crystal structure of Mis18a-yippee domain 提交 2021-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 77–190（114 aa）链 H 77–190（114 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；Ammonium sulfate, PEG 400, HEPES	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
8S30 Crystal structure of human PLK1 Polo-Box Domain in complex with Mis18 提交 2024-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 49–55（7 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.09 M Halogen mix (NaF, NaBr, NaI), 0.1 M buffer system 2 (Sodium HEPES and MOPS) (pH7.5), 37% precipitant mix MPD_P1K_P3350 (MPD (racemic), PEG 1K, PEG 3350)	分辨率 1.94 Å R-free 0.271

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MS18A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–46； UniProt 191–233 作者链 B； PDB构建体 4–46； UniProt 191–233 作者链 D； PDB构建体 4–46； UniProt 191–233 作者链 E； PDB构建体 4–46； UniProt 191–233

Protein Mis18-beta

Homo sapiens

UniProt O43482

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 188–229	未记录	Protein Mis18-alpha × 2 （Q9NYP9）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；Magnesium acetate, PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.280
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 188–229	未记录	Protein Mis18-alpha × 2 （Q9NYP9）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；Magnesium acetate, PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MS18B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–42； UniProt 188–229 作者链 F； PDB构建体 1–42； UniProt 188–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7sfy
沉积日期 deposition_date	2021-10-04
结构标题 title	Crystal structure of human Mis18ab_cc
关键词 keywords	Mis18ab complex, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.53 Å
零角强度 I(0) i0	9097850.00
分子量 molecular_weight	23295.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29774 Å³
包络体积 envelope_volume	36390 Å³
水化壳体积 shell_volume	16323 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.1 Å
壳层 Rg shell_rg	24.85 Å
包络 Rg envelope_rg	19.83 Å
形状 Rg shape_rg	19.53 Å
总 Rg total_rg	20.42 Å
总原子数 total_atoms	1627
残基数 n_residues	202
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0980e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9098000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6562
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.235
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.450
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3732000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.387; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein Mis18-alpha
分子量 formula_weight	5283.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E
原子数 atom_count	1643

SNAELFNLESRVEIEKSLTQMEDVLKALQMKLWEAESKLSFATCKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein Mis18-beta
分子量 formula_weight	4807.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

QNVPLSEKIAELKEKIVLTHNRLKSLMKILSEVTPDQSKPEN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.501 Å
晶胞边长 b length_b	101.815 Å
晶胞边长 c length_c	88.563 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	44.280 Å
R 因子 r_factor	0.2494
R_work r_work	0.2477
R_free r_free	0.2796

fit	/app/data/saxs_computation/sf/7sfy/7sfy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sf/7sfy/7sfy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sf/7sfy/7sfy.dat

Crystal structure of human Mis18ab_cc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Mis18-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein Mis18-beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)