7slz

CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH BPF023596

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucose-induced degradation protein 4 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 124–289	未记录	9QU N-[(1s,4s)-4-(1H-benzimidazol-2-yl)cyclohexyl]-N~2~-[(1H-indol-2-yl)methyl]glycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；35% PEG 3350, 0.2M CaAC	分辨率 1.97 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7SLZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6CCR Selenomethionyl derivative of a GID4 fragment 提交 2018-02-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 116–300（185 aa）片段：residues 116-300	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UNX UNKNOWN LIGAND × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；10% 2-propanol, 20% PEG4K and 0.1M Na-HEPES	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
6CCT Fragment of GID4 in complex with a short peptide 提交 2018-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）片段：residues 124-289	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 2% Tacsimate pH 7.0 and 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.260
6CCU Complex between a GID4 fragment and a short peptide 提交 2018-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 116–300（185 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350 and 0.03M Citric acid	分辨率 1.75 Å R-free 0.236
6CD8 Complex of GID4 fragment with short peptide 提交 2018-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）片段：residues 124-289	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；30% PEG2000 and 0.1M KSCN	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
6CD8 Complex of GID4 fragment with short peptide 提交 2018-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 124–289（166 aa）片段：residues 124-289	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；30% PEG2000 and 0.1M KSCN	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
6CD9 GID4 in complex with a peptide 提交 2018-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）片段：residues 124-289	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 46	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；24% PEG3350, 2.8% Tacsimate pH 7.0 and 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.193
6CDC GID4 in complex with a tetrapeptide 提交 2018-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）片段：residues 124-289	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；30%PEG3350, 0.2M NaCl and 0.1M Tris pH 8.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.239
6CDG GID4 fragment in complex with a peptide 提交 2018-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）片段：residues 124-289	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2M sodium bromide	分辨率 1.60 Å R-free 0.248
6WZX GID4 in complex with IGLWKS peptide 提交 2020-05-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；20% (w/v) PEG 3350 and 8% (v/v) Tacsimate pH 7.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6WZX GID4 in complex with IGLWKS peptide 提交 2020-05-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 124–289（166 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；20% (w/v) PEG 3350 and 8% (v/v) Tacsimate pH 7.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6WZZ GID4 in complex with VGLWKS peptide 提交 2020-05-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.03 M Citric acid, pH 7.6 and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
7NSC Substrate receptor scaffolding module of human CTLH E3 ubiquitin ligase 提交 2021-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–300（300 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7Q4Y human Gid4 bound to a Gly/N-peptide 提交 2021-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 100–300（201 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；18% PEG 3350, 0.2 M ammonium nitrate, 0.1 M Bis-Tris pH 7	分辨率 3.08 Å R-free 0.265
7Q4Y human Gid4 bound to a Gly/N-peptide 提交 2021-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 100–300（201 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；18% PEG 3350, 0.2 M ammonium nitrate, 0.1 M Bis-Tris pH 7	分辨率 3.08 Å R-free 0.265
7Q50 human Gid4 bound to a Phe/N-peptide 提交 2021-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–290（170 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.1 M Sodium malonate, 0.3% Jeffamine ED-2001 pH 7, 0.1 M HEPES pH 7	分辨率 3.16 Å R-free 0.293
7U3E GID4 in complex with compound 1 提交 2022-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	L4O tert-butyl (1S,4S)-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium acetate	分辨率 1.85 Å R-free 0.234
7U3E GID4 in complex with compound 1 提交 2022-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 124–289（166 aa）	未记录	L4O tert-butyl (1S,4S)-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium acetate	分辨率 1.85 Å R-free 0.234
7U3F GID4 in complex with compound 4 提交 2022-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 L5L (4R)-4-(4-methoxyphenyl)-4,5,6,7-tetrahydrothieno[3,2-c]pyridine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG5000 MME, 0.1 M Bis-tris	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
7U3G GID4 in complex with compound 67 提交 2022-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	L6F (1R)-1-phenyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-5-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium acetate	分辨率 2.24 Å R-free 0.240
7U3H GID4 in complex with compound 7 提交 2022-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	L6O (5R)-N-(4-fluorophenyl)-5-methyl-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；14% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium formate	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
7U3I GID4 in complex with compound 16 提交 2022-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	L5X 3-{[(5S)-5-methyl-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl]amino}phenol × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；16% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium formate	分辨率 1.99 Å R-free 0.230
7U3I GID4 in complex with compound 16 提交 2022-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 124–289（166 aa）	未记录	L5X 3-{[(5S)-5-methyl-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl]amino}phenol × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；16% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium formate	分辨率 1.99 Å R-free 0.230
7U3J GID4 in complex with compound 88 提交 2022-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 L6U (2S)-2-{[(2S)-2-({N-[(2,4-dimethoxyphenyl)methyl]glycyl}amino)-2-(thiophen-2-yl)acetyl]amino}-N-methyl-4-phenylbutanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；18% PEG6000, 0.1 M HEPES	分辨率 1.64 Å R-free 0.202
7U3K GID4 in complex with compound 89 提交 2022-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	L73 N-butylglycyl-4-tert-butyl-D-phenylalanyl-3-methoxy-N-methyl-L-phenylalaninamide × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG6000, 0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.313
7U3L GID4 in complex with compound 91 提交 2022-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	L4X Nalpha-{(2R,4E)-2-[(N-benzylglycyl)amino]-5-phenylpent-4-enoyl}-N,4-dimethyl-L-phenylalaninamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium fluoride	分辨率 2.29 Å R-free 0.249
8V1P CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH UBF9092 提交 2023-11-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）片段：Residues 124-289	未记录	98C N,N~2~-bis[(4-methoxyphenyl)methyl]glycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris-HCl 8.5, 30% PEG3350, 0.2 M MgCl2	分辨率 2.21 Å R-free 0.278
8X7G Crystal structure of the ternary complex of GID4-PROTAC(NEP108)-BRD4(BD1). 提交 2023-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	YAX 2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]-~{N}-[2-[2-[[2-[4-[2-(1~{H}-indol-2-ylmethylamino)ethanoylamino]cyclohexyl]-3~{H}-benzimidazol-5-yl]oxy]ethoxy]ethyl]ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% (v/v) polyethylene glycol 300, 30% (v/v) galactose	分辨率 2.70 Å R-free 0.266
8X7H Crystal structure of the ternary complex of GID4-PROTAC(NEP162)-BRD4(BD1). 提交 2023-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	YBI ~{N}-[4-[6-[3-[4-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propoxy]-1~{H}-benzimidazol-2-yl]cyclohexyl]-2-(1~{H}-indol-2-ylmethylamino)ethanamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10% (w/v) polyethylene glycol 10000	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
8X7H Crystal structure of the ternary complex of GID4-PROTAC(NEP162)-BRD4(BD1). 提交 2023-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 124–289（166 aa）	未记录	YBI ~{N}-[4-[6-[3-[4-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propoxy]-1~{H}-benzimidazol-2-yl]cyclohexyl]-2-(1~{H}-indol-2-ylmethylamino)ethanamide × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10% (w/v) polyethylene glycol 10000	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
8X7H Crystal structure of the ternary complex of GID4-PROTAC(NEP162)-BRD4(BD1). 提交 2023-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 124–289（166 aa）	未记录	YBI ~{N}-[4-[6-[3-[4-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propoxy]-1~{H}-benzimidazol-2-yl]cyclohexyl]-2-(1~{H}-indol-2-ylmethylamino)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10% (w/v) polyethylene glycol 10000	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
8X7H Crystal structure of the ternary complex of GID4-PROTAC(NEP162)-BRD4(BD1). 提交 2023-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 124–289（166 aa）	未记录	YBI ~{N}-[4-[6-[3-[4-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propoxy]-1~{H}-benzimidazol-2-yl]cyclohexyl]-2-(1~{H}-indol-2-ylmethylamino)ethanamide × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10% (w/v) polyethylene glycol 10000	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
9OK4 GID4 in complex with CLEO4-88 and ACAA1 提交 2025-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 124–289（166 aa）链 D 124–289（166 aa）	未记录	L6U (2S)-2-{[(2S)-2-({N-[(2,4-dimethoxyphenyl)methyl]glycyl}amino)-2-(thiophen-2-yl)acetyl]amino}-N-methyl-4-phenylbutanamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.5 and 0.2 M NaF	分辨率 2.28 Å R-free 0.230
9QDX GID4 in complex with Compound 1 提交 2025-03-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	A1I6C ~{N}'-phenylpiperidine-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.26 Å R-free 0.296
9QDY GID4 in complex with Compound 9 提交 2025-03-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	A1I6B ~{N}-[3-fluoranyl-5-(5-methylfuran-2-yl)phenyl]-4-methyl-piperidine-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Na HEPES pH 7.0, 15% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.254
9QDZ GID4 in complex with Compound 14 提交 2025-03-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	A1I6F ~{N}-[3-fluoranyl-5-(5-methyl-4-piperidin-1-ylcarbonyl-furan-2-yl)phenyl]-4,4-dimethyl-piperidine-1-carboximidamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.1 M Na HEPES 7.5, 7.5% 2-propanol, 20% PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.244
9QZG GID4 in complex with Compound 18 提交 2025-04-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	A1JCC ~{N}-[3-fluoranyl-5-[4-(4-methoxypiperidin-1-yl)carbonyl-5-methyl-furan-2-yl]phenyl]-4,4-dimethyl-piperidine-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Na HEPES pH 7.0,0.1 M lithium sulfate, 22.5% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.336
9QZH GID4 in complex with Compound 33 提交 2025-04-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.1 M Na HEPES pH 7.0,0.1 M lithium sulfate, 20% PEG 4000	分辨率 2.19 Å R-free 0.220
9QZH GID4 in complex with Compound 33 提交 2025-04-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 124–289（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.1 M Na HEPES pH 7.0,0.1 M lithium sulfate, 20% PEG 4000	分辨率 2.19 Å R-free 0.220
9QZH GID4 in complex with Compound 33 提交 2025-04-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 124–289（166 aa）	未记录	A1JCD ~{N}-[3-fluoranyl-5-[4-[4-(methoxymethyl)piperidin-1-yl]carbonyl-5-methyl-furan-2-yl]phenyl]-4,4-dimethyl-piperidine-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.1 M Na HEPES pH 7.0,0.1 M lithium sulfate, 20% PEG 4000	分辨率 2.19 Å R-free 0.220
9QZH GID4 in complex with Compound 33 提交 2025-04-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 124–289（166 aa）	未记录	A1JCD ~{N}-[3-fluoranyl-5-[4-[4-(methoxymethyl)piperidin-1-yl]carbonyl-5-methyl-furan-2-yl]phenyl]-4,4-dimethyl-piperidine-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.1 M Na HEPES pH 7.0,0.1 M lithium sulfate, 20% PEG 4000	分辨率 2.19 Å R-free 0.220
9QZI GID4 in complex with Compound 21 提交 2025-04-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	A1JCE ~{N}-[3-fluoranyl-5-[4-[(3~{S})-3-[2-(2-methoxyethoxy)ethyl]piperidin-1-yl]carbonyl-5-methyl-furan-2-yl]phenyl]-4,4-dimethyl-piperidine-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Na HEPES pH 7.5,0.1 M lithium sulfate, 22.5% PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.253

共 30 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GID4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–167； UniProt 124–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7slz
沉积日期 deposition_date	2021-10-25
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH BPF023596
关键词 keywords	Pro/N-degron, protein degradation, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.31 Å
零角强度 I(0) i0	5876250.00
分子量 molecular_weight	18146.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22851 Å³
包络体积 envelope_volume	25742 Å³
水化壳体积 shell_volume	14206 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.4 Å
壳层 Rg shell_rg	21.24 Å
包络 Rg envelope_rg	15.76 Å
形状 Rg shape_rg	15.30 Å
总 Rg total_rg	16.48 Å
总原子数 total_atoms	1295
残基数 n_residues	159
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8760e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6820e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5876000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8617
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.275
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.101
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.745; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glucose-induced degradation protein 4 homolog
分子量 formula_weight	19604.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1339

GSGSKFRGHQKSKGNSYDVEVVLQHVDTGNSYLCGYLKIKGLTEEYPTLTTFFEGEIISKKHPFLTRKWDADEDVDRKHWGKFLAFYQYAKSFNSDDFDYEELKNGDYVFMRWKEQFLVPDHTIKDISGASFAGFYYICFQKSAASIEGYYYHRSSEWYQSLNLTHV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[(1s,4s)-4-(1H-benzimidazol-2-yl)cyclohexyl]-N~2~-[(1H-indol-2-yl)methyl]glycinamide
分子量 formula_weight	401.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	38

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.264 Å
晶胞边长 b length_b	40.264 Å
晶胞边长 c length_c	202.958 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.970 Å
最低分辨率 resolution_low	39.490 Å
R 因子 r_factor	0.2080
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2460

fit	/app/data/saxs_computation/sl/7slz/7slz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sl/7slz/7slz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sl/7slz/7slz.dat