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7smh

Structure of SASG A-domain (residues 163-419) from Staphylococcus aureus

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Surface protein G

Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47)

UniProt Q2G2B2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 144–423 片段：A domain (UNP residues 144-423) CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, pH 5.0 分辨率 1.65 Å R-free 0.226
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 144–423 片段：A domain (UNP residues 144-423) CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, pH 5.0 分辨率 1.65 Å R-free 0.226
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 144–423 片段：A domain (UNP residues 144-423) CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, pH 5.0 分辨率 1.65 Å R-free 0.226
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 144–423 片段：A domain (UNP residues 144-423) CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate, pH 5.0 分辨率 1.65 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7SMH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3TIP Crystal structure of Staphylococcus aureus SasG E-G52 module 提交 2011-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 502–629（128 aa） 片段：UNP Residues 498-629
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；0.2M ammonium chloride, 20% PEG3350, pH 7.4, vapor diffusion sitting drop, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
3TIQ Crystal structure of Staphylococcus aureus SasG G51-E-G52 module 提交 2011-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 419–629（211 aa） 片段：UNP Residues 419-629
未记录 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2M magnesium chloride, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, vapor diffusion sitting drop, temperature 293K
分辨率 1.87 Å R-free 0.266
3TIQ Crystal structure of Staphylococcus aureus SasG G51-E-G52 module 提交 2011-08-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 419–629（211 aa） 片段：UNP Residues 419-629
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2M magnesium chloride, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, vapor diffusion sitting drop, temperature 293K
分辨率 1.87 Å R-free 0.266
4WVE Crystal structure of the Staphylococcus aureus SasG G52-E2-G53 module 提交 2014-11-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 545–757（213 aa） 片段：UNP residues 545-757
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, 30% PEG400, pH 7.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.249
4WVE Crystal structure of the Staphylococcus aureus SasG G52-E2-G53 module 提交 2014-11-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 545–757（213 aa） 片段：UNP residues 545-757
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, 30% PEG400, pH 7.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.249
5DBL Crystal structure of the Staphylococcus aureus SasG E1-G52 Y625W mutant 提交 2015-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 502–629（128 aa） 片段：UNP residues 498-629
突变：Y625W 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；100 mM citrate pH 5, 20% PEG 6000
分辨率 1.60 Å R-free 0.207

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SASG_STAA8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–280； UniProt 144–423 作者链 B； PDB构建体 1–280； UniProt 144–423 作者链 C； PDB构建体 1–280； UniProt 144–423 作者链 D； PDB构建体 1–280； UniProt 144–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7smh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7smh
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7smh
沉积日期 deposition_date2021-10-25
结构标题 titleStructure of SASG A-domain (residues 163-419) from Staphylococcus aureus
关键词 keywordsCELL ADHESION, L-type lectin; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.14 Å
零角强度 I(0) i0207810000.00
分子量 molecular_weight111940.0 kDa
排除体积 excluded_volume138250 ų
包络体积 envelope_volume179070 ų
水化壳体积 shell_volume43237 ų
包络直径 envelope_diameter109.7 Å
壳层 Rg shell_rg41.58 Å
包络 Rg envelope_rg33.25 Å
形状 Rg shape_rg34.11 Å
总 Rg total_rg34.75 Å
总原子数 total_atoms7894
残基数 n_residues1022
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.5 Å
Rg (实空间) rg_real34.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal207800000.0000
解质量估计 total_estimate0.9031
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary51.1 Å
偏度 Skewness skewness0.094
峰度 Kurtosis kurtosis-0.678
角度范围 angular_range— – 0.2250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha89150000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.932
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)