SAXSdb — 7sol

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin × 1 （P69326） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin × 1 （P69326） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBA6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–1020； UniProt 37–1052 作者链 C； PDB构建体 5–1020； UniProt 37–1052

Ubiquitin

Triticum aestivum

UniProt P69326

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 × 1 （A0AVT1） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 × 1 （A0AVT1） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBIQ_WHEAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76 作者链 D； PDB构建体 8–83； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7sol
沉积日期 deposition_date	2021-10-31
结构标题 title	Crystal Structures of the bispecific ubiquitin/FAT10 activating enzyme, Uba6
关键词 keywords	;UBIQUITIN, E1, ADENYLATION, THIOESTER BOND, E2, FAT10, IP6, LIGASE, ATP-binding, nucleotide binding, conformational change, SIGNALING PROTEIN, SIGNALING PROTEIN-Ligase complex ;; SIGNALING PROTEIN/Ligase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7sol__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7sol__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7sol__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.80 Å
Rg（电子密度）	34.08 Å
总 Rg	34.59 Å
原子数	8749
残基数	1094
排除体积	155970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7sol__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7sol__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
分子量 formula_weight	114760.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.45
突变 mutation	C625A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	17964

GAMGVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMAKSHVFLSGMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEKCQAWDLGTNFFLSEDDVVNKRNRAEAVLKHIAELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPPIKFISADVHGIWSRLFCDFGDEFEVLDTTGEEPKEIFISNITQANPGIVTCLENHPHKLETGQFLTFREINGMTGLNGSIQQITVISPFSFSIGDTTELEPYLHGGIAVQVKTPKTVFFESLERQLKHPKCLIVDFSNPEAPLEIHTAMLALDQFQEKYSRKPNVGCQQDSEELLKLATSISETLEEKPDVNADIVHWLSWTAQGFLSPLAAAVGGVASQEVLKAVTGKFSPLCQWLYLEAADIVESLGKPECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGCEMLKNFALLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKINSQIKIDAHLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGTMGTKGHTEVIVPHLTESYNSHRDPPEEEIPFATLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFSHKPSLFNKFWQTYSSAEEVLQKIQSGHSLEGCFQVIKLLSRRPRNWSQCVELARLKFEKYFNHKALQLLHCFPLDIRLKDGSLFWQSPKRPPSPIKFDLNEPLHLSFLQNAAKLYATVYCIPFAEEDLSADALLNILSEVKIQEFKPSNKVVQTDETARKPDHVPISSEDERNAIFQLEKAILSNEATKSDLQMAVLSFEKDDDHNGHIDFITAASNLRAKMYSIEPADRFKTKRIAGKIIPAIATTTATVSGLVALEMIKVTGGYPFEAYKNCFLNLAIPIVVFTETTEVRKTKIRNGISFTIWDRWTVHGKEDFTLLDFINAVKEKYGIEPTMVVQGVKMLYVPVMPGHAKRLKLTMHKLVKPTTEKKYVDLTVSFAPDIDGDEDLPGPPVRYYFSHDTD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	9692.9 kDa
突变 mutation	K6R, K11R, K27R, K29R, K33R, K48R, K63R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MHHHHHHMQIFVRTLTGRTITLEVESSDTIDNVRARIQDREGIPPDQQRLIFAGRQLEDGRTLADYNIQRESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Triticum aestivum
通用名 common_name	Wheat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4565
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	847

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7solA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain

结构域编号 domain_id	7solA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain

结构域编号 domain_id	7solB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	7solD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

▶

晶胞边长 a length_a	248.572 Å
晶胞边长 b length_b	101.317 Å
晶胞边长 c length_c	122.921 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	118.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	45.905 Å
R 因子 r_factor	0.1664
R_work r_work	0.1658
R_free r_free	0.2057

Crystal Structures of the bispecific ubiquitin/FAT10 activating enzyme, Uba6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7sol__assembly_1__model_1

7sol__assembly_1__model_1 | I(q)

7sol__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structures of the bispecific ubiquitin/FAT10 activating enzyme, Uba6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7sol__assembly_1__model_1

7sol__assembly_1__model_1 | I(q)

7sol__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)