7srs

5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 1B of Beta-arrestin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Anti-5HT2BR Fab light chain × 1 Anti-5HT2BR Fab heavy chain × 1 5-hydroxytryptamine receptor 2B × 1 Fab30 heavy chain × 1 Fab30 light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 (8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARRB1_HUMAN
Isoform	P49407-2
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–367； UniProt 2–368

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7srs
沉积日期 deposition_date	2021-11-08
结构标题 title	5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
关键词 keywords	5-HT2B receptor, serotonin receptor, beta-arrestin1, arrestin, GPCR, Lysergic acid diethylamide, LSD, cryoEM, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7srs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7srs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7srs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.89 Å
Rg（电子密度）	47.14 Å
总 Rg	47.08 Å
原子数	8361
残基数	1100
排除体积	150130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7srs__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Anti-5HT2BR Fab light chain
分子量 formula_weight	22719.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P
原子数 atom_count	8361

DIVLIQSPAIMSASPGEKVTITCSASSSVSYMHWFQQKPGTSPKLWIYSTSNLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISRMEAEDAATYYCQQRSSYPLTFGAGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLPVTKSFNRG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Anti-5HT2BR Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23487.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

EVQLQQSGPELVKPGASVKLSCKASGYTFTSSWMHWVKQRPGQGLEWIGNIYPSNGGTNYNERFKSKATLTVDRSSNTAYMQLSSLTSEDSAVYFCARFGSFITTILTTYYNPVDYWGQGTTLTVSSASTKGPSVFPLAPSTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPASSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5-hydroxytryptamine receptor 2B
分子量 formula_weight	37722.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

TESIPEEMKQIVEEQGNKLHWAALLILMVIIPTIGGNTLVILAVSLEKKLQYATNYFLMSLAVADLLVGLFVMPIALLTIMFEAMWPLPLVLCPAWLFLDVLFSTASIWHLCAISVDRYIAIKKPIQANQYNSRATAFIKITVVWLISIGIAIPVPIKGIETDVDNPNNITCVLTKERFGDFMLFGSLAAFFTPLAIMIVTYFLTIHALQKVRLLSGSRQTISNLQRASKVLGIVFFLFLLMWCPFFITNITLVLCDSCNQTTLQMLLEIFVWIGYVSSGVNPLVYTLFNKTFRDAFGRYITCNYRATKSVKTPMRLRSSTIQSSSIILLDTL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Isoform 1B of Beta-arrestin-1
分子量 formula_weight	41345.3 kDa
突变 mutation	R169E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GDKGTRVFKKASPNGKLTVYLGKRDFVDHIDLVDPVDGVVLVDPEYLKERRVYVTLTCAFRYGREDLDVLGLTFRKDLFVANVQSFPPAPEDKKPLTRLQERLIKKLGEHAYPFTFEIPPNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDYEVKAFCAENLEEKIHKRNSVRLVIEKVQYAPERPGPQPTAETTRQFLMSDKPLHLEASLDKEIYYHGEPISVNVHVTNNTNKTVKKIKISVRQYADICLFNTAQYKCPVAMEEADDTVAPSSTFCKVYTLTPFLANNREKRGLALDGKLKHEDTNLASSTLLREGANREILGIIVSYKVKVKLVVSRGGDVAVELPFTLMHPKPKEEPPHREVPENETPVDTNL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Fab30 heavy chain
分子量 formula_weight	13063.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

VQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVYSSSIHWVRQAPGKGLRWVASISSYYGYTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARSRQFWYSGLDYWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Fab30 light chain
分子量 formula_weight	11500.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYKYVPVTFGQGTKVEI

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	(8alpha)-N,N-diethyl-6-methyl-9,10-didehydroergoline-8-carboxamide
分子量 formula_weight	323.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	7srsC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	840 —

结构域编号 domain_id	7srsC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	640 —

结构域编号 domain_id	7srsH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7srsL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7srsP01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7srsQ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7srsR01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

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分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	126485

5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 1B of Beta-arrestin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7srs__assembly_1__model_1

7srs__assembly_1__model_1 | I(q)

7srs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

5-HT2B receptor bound to LSD in complex with beta-arrestin1 obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 1B of Beta-arrestin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7srs__assembly_1__model_1

7srs__assembly_1__model_1 | I(q)

7srs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)