SAXSdb — 7sul

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein Sec31A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–338 链 B； UniProt 1–338 链 C； UniProt 1–338 链 D； UniProt 1–338	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；30%(w/v)PEG4K,0.2M Sodium Acetat, 0.1M Tris HCL pH8.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7SUL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3WXA X-ray crystal structural analysis of the complex between ALG-2 and Sec31A peptide 提交 2014-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 837–848（12 aa）片段：ALG-2 binding site, UNP residues 837-848	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M Cacodylate, 20% MPD, 0.05M Zinc Acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.36 Å R-free 0.263
3WXA X-ray crystal structural analysis of the complex between ALG-2 and Sec31A peptide 提交 2014-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 837–848（12 aa）片段：ALG-2 binding site, UNP residues 837-848	未记录	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M Cacodylate, 20% MPD, 0.05M Zinc Acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.36 Å R-free 0.263

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SC31A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–356； UniProt 1–338 作者链 B； PDB构建体 19–356； UniProt 1–338 作者链 C； PDB构建体 19–356； UniProt 1–338 作者链 D； PDB构建体 19–356； UniProt 1–338

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7sul
沉积日期 deposition_date	2021-11-17
结构标题 title	Crystal structure of the WD-repeat domain of human SEC31A
关键词 keywords	;WD-repeat, WDR, SEC31A, KIAA0905, SEC31L1, ABP125, ABP130, HSPC275, HSPC334, SGC, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.21 Å
零角强度 I(0) i0	307521000.00
分子量 molecular_weight	141260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	176160 Å³
包络体积 envelope_volume	229840 Å³
水化壳体积 shell_volume	51514 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.2 Å
壳层 Rg shell_rg	43.31 Å
包络 Rg envelope_rg	36.46 Å
形状 Rg shape_rg	37.21 Å
总 Rg total_rg	37.57 Å
总原子数 total_atoms	9945
残基数 n_residues	1330
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.2 Å
Rg (实空间) rg_real	37.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	307500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8876
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.532
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	169800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.900

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7sulA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	7sulB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	7sulC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	7sulD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.180 Å
晶胞边长 b length_b	156.750 Å
晶胞边长 c length_c	85.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	44.370 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2370

描述 description	Protein transport protein Sec31A
分子量 formula_weight	39378.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10025

Crystal structure of the WD-repeat domain of human SEC31A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein Sec31A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	69

fit	/app/data/saxs_computation/su/7sul/7sul.fit
pddf	/app/data/pr_computation/su/7sul/7sul.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/su/7sul/7sul.dat