7t0y

The Ribosomal RNA Processing 1B Protein Phosphatase-1 Holoenzyme

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt P62136

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 7–300 突变:Q20R Ribosomal RNA processing protein 1 homolog B × 1 (Q14684) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 F FLUORIDE ION × 1 BR BROMIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;289 K;20% ethylene glycol; 10% PEG8000, 0.1 M imidazole; MES acid, 0.09 M Sodium fluoride; 0.09 M Sodium bromide; 0.09 M Sodium iodide 分辨率 1.80 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 7–300 突变:Q20R Ribosomal RNA processing protein 1 homolog B × 1 (Q14684) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 MN MANGANESE (II) ION × 2 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;289 K;20% ethylene glycol; 10% PEG8000, 0.1 M imidazole; MES acid, 0.09 M Sodium fluoride; 0.09 M Sodium bromide; 0.09 M Sodium iodide 分辨率 1.80 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 45 个其他 PDB 条目、87 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–299; UniProt 7–300 作者链 C; PDB构建体 6–299; UniProt 7–300

Ribosomal RNA processing protein 1 homolog B

Homo sapiens

UniProt Q14684

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 682–727 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 F FLUORIDE ION × 1 BR BROMIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;289 K;20% ethylene glycol; 10% PEG8000, 0.1 M imidazole; MES acid, 0.09 M Sodium fluoride; 0.09 M Sodium bromide; 0.09 M Sodium iodide 分辨率 1.80 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 682–727 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 MN MANGANESE (II) ION × 2 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;289 K;20% ethylene glycol; 10% PEG8000, 0.1 M imidazole; MES acid, 0.09 M Sodium fluoride; 0.09 M Sodium bromide; 0.09 M Sodium iodide 分辨率 1.80 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RRP1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–47; UniProt 682–727 作者链 D; PDB构建体 2–47; UniProt 682–727

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7t0y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7t0y
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7t0y
沉积日期 deposition_date2021-11-30
结构标题 titleThe Ribosomal RNA Processing 1B Protein Phosphatase-1 Holoenzyme
关键词 keywordsProtein Binding, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.97
零角强度 I(0) i0100945000.00
分子量 molecular_weight79474.0 kDa
排除体积 excluded_volume99470 ų
包络体积 envelope_volume118980 ų
水化壳体积 shell_volume35117 ų
包络直径 envelope_diameter95.2
壳层 Rg shell_rg35.69
包络 Rg envelope_rg27.92
形状 Rg shape_rg27.94
总 Rg total_rg28.81
总原子数 total_atoms5556
残基数 n_residues690
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.0
Rg (实空间) rg_real28.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.65
I(0) (实空间) i0_real1.0090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal100900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8997
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.1
偏度 Skewness skewness0.318
峰度 Kurtosis kurtosis-0.504
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha33170000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.941

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7t0yA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id7t0yC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)