SAXSdb — 7t20

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative DNA helicase

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 6 DNA 1 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–471 链 B； UniProt 1–471 链 C； UniProt 1–471 链 D； UniProt 1–471 链 E； UniProt 1–471 链 F； UniProt 1–471	未记录	;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ; × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP. cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.	分辨率 4.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7T20	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B79 N-TERMINAL DOMAIN OF DNA REPLICATION PROTEIN DNAB 提交 1999-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–129（114 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.293
1B79 N-TERMINAL DOMAIN OF DNA REPLICATION PROTEIN DNAB 提交 1999-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 16–129（114 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.293
1B79 N-TERMINAL DOMAIN OF DNA REPLICATION PROTEIN DNAB 提交 1999-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 16–129（114 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.293
1B79 N-TERMINAL DOMAIN OF DNA REPLICATION PROTEIN DNAB 提交 1999-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 16–129（114 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.293
1JWE NMR Structure of the N-Terminal Domain of E. Coli Dnab Helicase 提交 1999-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–137（114 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；305 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM；压力 1	分辨率未提供
6QEM E. coli DnaBC complex bound to ssDNA 提交 2019-01-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	未记录	08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7T21 E. coli DnaB bound to ssDNA and ADP-AlF4 提交 2021-12-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.	分辨率 5.40 Å
7T22 E. coli DnaB bound to three DnaG C-terminal domains, ssDNA, ADP and AlF4 提交 2021-12-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.	分辨率 4.20 Å
8V9T Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:5 stoichiometry ratio 提交 2023-12-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na-HEPES pH 7.5, 450mM NaCl, 2mM DTT, 0.5mM MgCl2, 0.2mM ATP, 0.25% Glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Protein BP (1.5 uM) and DNA (1.875 uM) was mixed in a 1.25 molar excess. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees celsius, 100 percent humidity, blot force 4, blot time 4s, wait time 30s, total blots 1, and plunge-frozen into liquid nitrogen-cooled ethane.	分辨率 2.84 Å
9ECO E. coli DnaB bound to three DnaG C-terminal domains, ssDNA, ADP and AlF4 提交 2024-11-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C 突变：F103C	ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.25 mM EDTA and 100 micromolar ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microL of sample was applied to glow-discharged grids. Grids were blotted at 6 degrees C for 3.5 s with no extra blot force.	分辨率 2.83 Å
9OA1 Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:5 stoichiometry ratio. 提交 2025-04-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na-HEPES pH 7.5, 450mM NaCl, 2mM DTT, 0.5mM MgCl2, 0.2mM ATP, 0.25% Glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Protein BP (1.5 uM) and DNA (1.875 uM) was mixed in a 1.25 molar excess. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees celsius, 100 percent humidity, blot force 4, blot time 4s, wait time 30s, total blots 1, and plunge-frozen into liquid nitrogen-cooled ethane.	分辨率 2.66 Å
9OA2 Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:6 stoichiometry ratio. 提交 2025-04-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）链 D 1–471（471 aa）链 E 1–471（471 aa）链 F 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Na-HEPES pH 7.5, 450mM NaCl, 2mM DTT, 0.5mM MgCl2, 0.2mM ATP, 0.25% Glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Protein BP (1.5 uM), ssDNA (1.875 uM), and LO-156-299-NHis (2.25 uM) was mixed at 1.25 and 1.5 molar excess, respectively. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees celsius, 100 percent humidity, blot force 4, blot time 4s, wait time 30s, total blots 1, and plunge-frozen into liquid nitrogen-cooled ethane.	分辨率 3.85 Å

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNAB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 B； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 C； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 D； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 E； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 F； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7t20
沉积日期 deposition_date	2021-12-02
结构标题 title	E. coli DnaB bound to ssDNA and AMPPNP
关键词 keywords	helicase, SF4, AAA+, REPLICATION-DNA complex; REPLICATION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.39 Å
零角强度 I(0) i0	1429340000.00
分子量 molecular_weight	300950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	371870 Å³
包络体积 envelope_volume	526430 Å³
水化壳体积 shell_volume	92923 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.7 Å
壳层 Rg shell_rg	54.06 Å
包络 Rg envelope_rg	43.71 Å
形状 Rg shape_rg	45.44 Å
总 Rg total_rg	45.54 Å
总原子数 total_atoms	21106
残基数 n_residues	2671
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.9 Å
Rg (实空间) rg_real	45.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4290e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2110e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1430000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8908
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.039
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.529
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	131500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.877

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Replicative DNA helicase
分子量 formula_weight	52450.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	21106

MAGNKPFNKQQAEPRERDPQVAGLKVPPHSIEAEQSVLGGLMLDNERWDDVAERVVADDFYTRPHRHIFTEMARLQESGSPIDLITLAESLERQGQLDSVGGFAYLAELSKNTPSAANISAYADIVRERAVVREMISVANEIAEAGFDPQGRTSEDLLDLAESRVFKIAESRANKDEGPKNIADVLDATVARIEQLFQQPHDGVTGVNTGYDDLNKKTAGLQPSDLIIVAARPSMGKTTFAMNLVENAAMLQDKPVLIFSLEMPSEQIMMRSLASLSRVDQTKIRTGQLDDEDWARISGTMGILLEKRNIYIDDSSGLTPTEVRSRARRIAREHGGIGLIMIDYLQLMRVPALSDNRTLEIAEISRSLKALAKELNVPVVALSQLNRSLEQRADKRPVNSDLRESGSIEQDADLIMFIYRDEVYHENSDLKGIAEIIIGKQRNGPIGTVRLTFNGQWSRFDNYAGPQYDDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6038.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	373620

fit	/app/data/saxs_computation/t2/7t20/7t20.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t2/7t20/7t20.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t2/7t20/7t20.dat

E. coli DnaB bound to ssDNA and AMPPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative DNA helicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)