SAXSdb — 7t6i

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen DP alpha chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 32–211	未记录	MHC class II antigen × 1 （S6B6U4） pp65 peptide × 1 （P06725） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLY GLYCINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5 25% w/v PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7T6I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3L3D Crystal structure of HLA-B4402 in complex with the F3A mutant of a self-peptide derived from DPA0201 提交 2009-12-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 77–85（9 aa）	突变：F3A	ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M tri-sodium citrate dihydrate, 12-30% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
3L3G Crystal structure of HLA-B4402 in complex with the R5A mutant of a self-peptide derived from DPA0201 提交 2009-12-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 77–85（9 aa）	突变：R5A	ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M tri-sodium citrate dihydrate, 12-30% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.264
3L3I Crystal structure of HLA-B4402 in complex with the F7A mutant of a self-peptide derived from DPA0201 提交 2009-12-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 77–85（9 aa）	突变：F7A	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M tri-sodium citrate dihydrate, 12-30% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.242
3L3J Crystal structure of HLA-B4402 in complex with the F3A/R5A double mutant of a self-peptide derived from DPA0201 提交 2009-12-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 77–85（9 aa）	突变：F3A,R5A	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M tri-sodium citrate dihydrate, 12-30% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.289
3L3K Crystal structure of HLA-B4402 in complex with the R5A/F7A double mutant of a self-peptide derived from DPA0201 提交 2009-12-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 77–85（9 aa）	突变：R5A,F7A	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M tri-sodium citrate dihydrate, 12-30% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.275

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q95HB9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–180； UniProt 32–211

MHC class II antigen

Homo sapiens

UniProt S6B6U4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 30–217	未记录	HLA class II histocompatibility antigen DP alpha chain × 1 （Q95HB9） pp65 peptide × 1 （P06725） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLY GLYCINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5 25% w/v PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S6B6U4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–188； UniProt 30–217

pp65 peptide

物种未注明

UniProt P06725

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 142–158	片段：residues 142-158	HLA class II histocompatibility antigen DP alpha chain × 1 （Q95HB9） MHC class II antigen × 1 （S6B6U4） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLY GLYCINE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5 25% w/v PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7T6I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2X4R Crystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to Cytomegalovirus (CMV) pp65 epitope 提交 2010-02-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 495–503（9 aa）片段：EPITOPE, RESIDUES 495-503	未记录	GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 20% PEG1500	分辨率 2.30 Å R-free 0.220
2X4R Crystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to Cytomegalovirus (CMV) pp65 epitope 提交 2010-02-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 495–503（9 aa）片段：EPITOPE, RESIDUES 495-503	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 20% PEG1500	分辨率 2.30 Å R-free 0.220
2X4T Crystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to a Peiodate- cleavable peptide 提交 2010-02-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 495–503（9 aa）片段：EPITOPE, RESIDUES 495-503	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 22% PEG1500	分辨率 2.30 Å R-free 0.236
2X4T Crystal structure of MHC CLass I HLA-A2.1 bound to a Peiodate- cleavable peptide 提交 2010-02-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 495–503（9 aa）片段：EPITOPE, RESIDUES 495-503	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 22% PEG1500	分辨率 2.30 Å R-free 0.236
3BW9 Crystal Structure of HLA B*3508 in complex with a HCMV 12-mer peptide from the pp65 protein 提交 2008-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 103–114（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；0.2M ammonium acetate, 16% PEG 3350, pH 7.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.235
3BWA Crystal Structure of HLA B*3508 in complex with a HCMV 8-mer peptide from the pp65 protein 提交 2008-01-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 188–195（8 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；0.2M ammonium acetate, 16% PEG 3350, pH 7.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 1.30 Å R-free 0.209

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PP65_HCMVA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–17； UniProt 142–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7t6i
沉积日期 deposition_date	2021-12-13
结构标题 title	Crystal structure of HLA-DP1 in complex with pp65 peptide in reverse orientation
关键词 keywords	Antigen presentation, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.29 Å
零角强度 I(0) i0	32722400.00
分子量 molecular_weight	43556.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54157 Å³
包络体积 envelope_volume	65698 Å³
水化壳体积 shell_volume	23887 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.4 Å
壳层 Rg shell_rg	29.82 Å
包络 Rg envelope_rg	23.55 Å
形状 Rg shape_rg	23.26 Å
总 Rg total_rg	24.18 Å
总原子数 total_atoms	3082
残基数 n_residues	381
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8755
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.355
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.310
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.954

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HLA class II histocompatibility antigen DP alpha chain
分子量 formula_weight	21020.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3273

IKADHVSTYAAFVQTHRPTGEFMFEFDEDEQFYVDLDKKETVWHLEEFGRAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQRSNHTQAANDPPEVTVFPKEPVELGQPNTLICHIDRFFPPVLNVTWLCNGEPVTEGVAESLFLPRTDYSFHKFHYLTFVPSAEDVYDCRVEHWGLDQPLLKHWEATSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect expression vector pBlueBacmsGCA1His

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MHC class II antigen
分子量 formula_weight	22173.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

RATPENYVYQGRQECYAFNGTQRFLERYIYNREEYARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRVCRHNYELDEAVTLQRRVQPKVNVSPSKKGPLQHHNLLVCHVTDFYPGSIQVRWFLNGQEETAGVVSTNLIRNGDWTFQILVMLEMTPQQGDVYICQVEHTSLDSPVTVEWKATGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect expression vector pBlueBacmsGCB1His

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	pp65 peptide
分子量 formula_weight	1853.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

LPVADAVIHASGKQMWQ

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	191

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	112.360 Å
晶胞边长 b length_b	62.364 Å
晶胞边长 c length_c	72.796 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	43.910 Å
R 因子 r_factor	0.1830
R_work r_work	0.1809
R_free r_free	0.2240

fit	/app/data/saxs_computation/t6/7t6i/7t6i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t6/7t6i/7t6i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t6/7t6i/7t6i.dat

Crystal structure of HLA-DP1 in complex with pp65 peptide in reverse orientation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen DP alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MHC class II antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

pp65 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)